More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0106 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 
533 aa  1091    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  84.02 
 
 
532 aa  947    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  60.36 
 
 
531 aa  651    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  66.6 
 
 
539 aa  738    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  56.98 
 
 
530 aa  632  1e-180  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  52.48 
 
 
530 aa  585  1e-166  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  41.49 
 
 
529 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  39.77 
 
 
529 aa  363  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  38.48 
 
 
529 aa  356  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.07 
 
 
539 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  36.2 
 
 
520 aa  313  3.9999999999999997e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  35.53 
 
 
522 aa  309  1.0000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  36.88 
 
 
544 aa  307  4.0000000000000004e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  38.12 
 
 
534 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.64 
 
 
534 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  35.1 
 
 
542 aa  303  5.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  37.29 
 
 
516 aa  298  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  36.98 
 
 
527 aa  296  6e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  36.22 
 
 
524 aa  295  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  34.77 
 
 
534 aa  294  2e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 
534 aa  294  3e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  37.32 
 
 
544 aa  293  6e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  34.58 
 
 
522 aa  292  1e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  34.99 
 
 
517 aa  291  3e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  34.02 
 
 
528 aa  291  3e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  35.76 
 
 
558 aa  286  5e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  36.15 
 
 
516 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  33.84 
 
 
536 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  35.17 
 
 
495 aa  283  8.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  35.41 
 
 
532 aa  282  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  36.17 
 
 
524 aa  280  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  31.71 
 
 
535 aa  280  7e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  32.34 
 
 
534 aa  279  8e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  35.41 
 
 
531 aa  279  1e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  32.14 
 
 
535 aa  276  5e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  36.46 
 
 
544 aa  276  6e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  33.27 
 
 
537 aa  275  2.0000000000000002e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  34.65 
 
 
537 aa  269  1e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.03 
 
 
529 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  34.18 
 
 
515 aa  266  8.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  36.08 
 
 
532 aa  263  8e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  33.33 
 
 
527 aa  257  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  32.27 
 
 
536 aa  256  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  37.2 
 
 
538 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  35.47 
 
 
538 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  34.01 
 
 
560 aa  253  6e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  32.82 
 
 
533 aa  251  3e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  35.34 
 
 
531 aa  251  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  35.68 
 
 
538 aa  250  4e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  34.27 
 
 
538 aa  250  5e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  33.62 
 
 
533 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  33.8 
 
 
531 aa  236  9e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  33.08 
 
 
528 aa  228  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  31.87 
 
 
534 aa  225  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 
555 aa  200  5e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  29.06 
 
 
540 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  28.75 
 
 
551 aa  197  6e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  30.07 
 
 
535 aa  195  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  29.7 
 
 
546 aa  191  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.63 
 
 
511 aa  189  1e-46  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  28.98 
 
 
576 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9144  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.33 
 
 
507 aa  177  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.215146  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
565 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 
538 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  30.9 
 
 
553 aa  173  5e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.34 
 
 
511 aa  172  9e-42  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  28.51 
 
 
535 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.35 
 
 
538 aa  172  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.66 
 
 
528 aa  171  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  30.19 
 
 
505 aa  172  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  29.21 
 
 
510 aa  171  3e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  28.63 
 
 
528 aa  169  8e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  28.63 
 
 
528 aa  169  8e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.44 
 
 
510 aa  169  8e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0398  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.19 
 
 
527 aa  169  2e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.63 
 
 
528 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.63 
 
 
528 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.69 
 
 
529 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.69 
 
 
528 aa  168  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 
559 aa  168  2.9999999999999998e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0389  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 
527 aa  167  5e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000716553  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  28.8 
 
 
514 aa  167  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.48 
 
 
529 aa  166  8e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  29.79 
 
 
509 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 
529 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.11 
 
 
511 aa  164  5.0000000000000005e-39  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 
526 aa  162  1e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.39 
 
 
511 aa  161  3e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  27.41 
 
 
508 aa  161  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.55 
 
 
511 aa  160  6e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  29.91 
 
 
575 aa  159  9e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.33 
 
 
532 aa  159  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  28.88 
 
 
534 aa  159  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.91 
 
 
575 aa  157  3e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  27.4 
 
 
533 aa  157  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  29.7 
 
 
555 aa  157  4e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 
510 aa  157  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 
521 aa  157  6e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  25.93 
 
 
509 aa  156  9e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.49 
 
 
575 aa  156  9e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>