More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0072 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_1872  tryptophan synthase subunit beta  76.66 
 
 		 413 aa  657    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0911585 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0118  tryptophan synthase subunit beta  76.73 
 
 		 413 aa  657    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0055  tryptophan synthase subunit beta  75.37 
 
 		 414 aa  650    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.660106  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1693  tryptophan synthase subunit beta  81.31 
 
 		 405 aa  676    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738848  hitchhiker  0.000000703836 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0072  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 404 aa  831    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00296113  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0635  tryptophan synthase subunit beta  92.33 
 
 		 404 aa  780    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.874907  normal  0.0737735 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0201  tryptophan synthase subunit beta  77.48 
 
 		 413 aa  660    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.445286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0392  tryptophan synthase subunit beta  81.14 
 
 		 404 aa  695    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.491733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0197  tryptophan synthase subunit beta  92.82 
 
 		 404 aa  783    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0063  tryptophan synthase subunit beta  75.91 
 
 		 414 aa  665    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2204  tryptophan synthase subunit beta  80.35 
 
 		 406 aa  676    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.205862  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0176  tryptophan synthase subunit beta  76.24 
 
 		 430 aa  656    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0147  tryptophan synthase subunit beta  77.83 
 
 		 417 aa  668    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77335 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1990  tryptophan synthase subunit beta  77.48 
 
 		 414 aa  653    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663503 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0097  tryptophan synthase subunit beta  81.75 
 
 		 407 aa  690    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2507  tryptophan synthase subunit beta  80.6 
 
 		 406 aa  679    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.050152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1302  tryptophan synthase subunit beta  73.07 
 
 		 404 aa  627  1e-179  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.212962  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3585  tryptophan synthase subunit beta  75.38 
 
 		 409 aa  625  1e-178  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.855143  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3270  tryptophan synthase subunit beta  75.38 
 
 		 409 aa  625  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.244666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02120  tryptophan synthase subunit beta  73.93 
 
 		 406 aa  621  1e-177  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0143  tryptophan synthase subunit beta  76.01 
 
 		 405 aa  618  1e-176  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3427  tryptophan synthase subunit beta  72.5 
 
 		 408 aa  619  1e-176  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.76011  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3589  tryptophan synthase subunit beta  72.7 
 
 		 409 aa  618  1e-176  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.738122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0206  tryptophan synthase subunit beta  73.09 
 
 		 419 aa  617  1e-176  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.475237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2726  tryptophan synthase subunit beta  73.3 
 
 		 409 aa  615  1e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.521455  normal  0.616105 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1064  tryptophan synthase subunit beta  73.75 
 
 		 410 aa  615  1e-175  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1031  tryptophan synthase subunit beta  73.45 
 
 		 410 aa  617  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.466116  normal  0.300404 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3887  tryptophan synthase subunit beta  73.93 
 
 		 410 aa  615  1e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.85731 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3791  tryptophan synthase subunit beta  72.84 
 
 		 410 aa  617  1e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20895  normal  0.0231351 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0071  tryptophan synthase subunit beta  73.16 
 
 		 411 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0038  tryptophan synthase subunit beta  73.92 
 
 		 402 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.206234  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00450  tryptophan synthase subunit beta  73.42 
 
 		 402 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.236429 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0666  tryptophan synthase subunit beta  72.64 
 
 		 406 aa  610  1e-173  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0103  tryptophan synthase subunit beta  72.64 
 
 		 410 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1328  tryptophan synthase subunit beta  72.64 
 
 		 404 aa  607  9.999999999999999e-173  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000691779  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1966  tryptophan synthase subunit beta  72.22 
 
 		 411 aa  607  9.999999999999999e-173  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3237  tryptophan synthase subunit beta  71.22 
 
 		 406 aa  602  1.0000000000000001e-171  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3954  tryptophan synthase subunit beta  71.28 
 
 		 406 aa  597  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.291144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0020  tryptophan synthase subunit beta  70.97 
 
 		 406 aa  599  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0083  tryptophan synthase subunit beta  71.18 
 
 		 405 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0017562 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0158  tryptophan synthase, beta subunit  71.65 
 
 		 409 aa  594  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.994719  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4281  tryptophan synthase subunit beta  71.03 
 
 		 406 aa  595  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.486908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0098  tryptophan synthase subunit beta  71.43 
 
 		 405 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000284084 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0098  tryptophan synthase subunit beta  71.18 
 
 		 405 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2110  tryptophan synthase subunit beta  68.73 
 
 		 406 aa  592  1e-168  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0459587  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0034  tryptophan synthase subunit beta  71.97 
 
 		 409 aa  592  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0810  tryptophan synthase subunit beta  69.23 
 
 		 406 aa  592  1e-168  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2026  tryptophan synthase subunit beta  69.02 
 
 		 422 aa  590  1e-167  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00854562  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0101  tryptophan synthase subunit beta  70.1 
 
 		 405 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.500434  hitchhiker  0.000655179 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0093  tryptophan synthase subunit beta  70.78 
 
 		 410 aa  590  1e-167  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4976  tryptophan synthase subunit beta  71.36 
 
 		 410 aa  577  1.0000000000000001e-163  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.986936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3062  tryptophan synthase subunit beta  67.94 
 
 		 403 aa  556  1e-157  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4374  tryptophan synthase subunit beta  67.18 
 
 		 397 aa  553  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2445  tryptophan synthase subunit beta  67.95 
 
 		 397 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.844513  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1983  tryptophan synthase subunit beta  68.22 
 
 		 403 aa  548  1e-155  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00755336 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1721  tryptophan synthase subunit beta  67.95 
 
 		 397 aa  550  1e-155  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0529  tryptophan synthase subunit beta  67.95 
 
 		 397 aa  550  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1049  tryptophan synthase subunit beta  65.82 
 
 		 397 aa  548  1e-155  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2307  tryptophan synthase subunit beta  67.69 
 
 		 397 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6842  tryptophan synthase subunit beta  66.92 
 
 		 397 aa  549  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.726467  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0769  tryptophan synthase subunit beta  67.69 
 
 		 397 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2125  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 397 aa  548  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  decreased coverage  0.00480263 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0679  tryptophan synthase subunit beta  67.44 
 
 		 397 aa  549  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.614528  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1858  tryptophan synthase subunit beta  67.95 
 
 		 397 aa  550  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.308005  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1649  tryptophan synthase subunit beta  67.95 
 
 		 397 aa  550  1e-155  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2495  tryptophan synthase subunit beta  67.69 
 
 		 405 aa  546  1e-154  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  66.75 
 
 		 409 aa  547  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1813  tryptophan synthase subunit beta  67.7 
 
 		 397 aa  544  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4409  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 397 aa  544  1e-154  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3570  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 397 aa  544  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2137  tryptophan synthase subunit beta  67.7 
 
 		 397 aa  544  1e-154  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4622  tryptophan synthase subunit beta  66.92 
 
 		 397 aa  546  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3958  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 397 aa  544  1e-154  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1291  tryptophan synthase subunit beta  66.16 
 
 		 397 aa  546  1e-154  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2306  tryptophan synthase subunit beta  65.9 
 
 		 397 aa  542  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3853  tryptophan synthase subunit beta  66.15 
 
 		 397 aa  541  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1020  tryptophan synthase subunit beta  66.93 
 
 		 394 aa  542  1e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1211  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 396 aa  543  1e-153  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2881  tryptophan synthase subunit beta  65.9 
 
 		 397 aa  544  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0438165  normal  0.707316 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2467  tryptophan synthase subunit beta  64.86 
 
 		 407 aa  543  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.379928 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0772  tryptophan synthase subunit beta  65.31 
 
 		 397 aa  543  1e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.482746  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3348  tryptophan synthase subunit beta  66.41 
 
 		 397 aa  542  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0451347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2482  tryptophan synthase subunit beta  65.65 
 
 		 396 aa  536  1e-151  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1236  tryptophan synthase subunit beta  65.73 
 
 		 411 aa  536  1e-151  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.617865  normal  0.527603 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1558  tryptophan synthase subunit beta  64.19 
 
 		 406 aa  535  1e-151  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1157  tryptophan synthase subunit beta  65.13 
 
 		 395 aa  533  1e-150  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1049  tryptophan synthase, beta subunit  65.55 
 
 		 402 aa  533  1e-150  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.644397  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1698  tryptophan synthase subunit beta  65.22 
 
 		 400 aa  533  1e-150  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.251029 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1334  tryptophan synthase, beta subunit  65.13 
 
 		 402 aa  532  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.999699  normal  0.825059 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2157  tryptophan synthase subunit beta  64.38 
 
 		 412 aa  534  1e-150  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.595682  normal  0.092632 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1757  tryptophan synthase subunit beta  65.48 
 
 		 402 aa  529  1e-149  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000013956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0870  tryptophan synthase subunit beta  66.41 
 
 		 399 aa  529  1e-149  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318108 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01270  tryptophan synthase subunit beta  64.14 
 
 		 405 aa  528  1e-149  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0803  tryptophan synthase subunit beta  63.94 
 
 		 401 aa  531  1e-149  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.118728  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2079  tryptophan synthase subunit beta  64.71 
 
 		 403 aa  531  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1159  tryptophan synthase subunit beta  63.54 
 
 		 418 aa  529  1e-149  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.445238  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1415  tryptophan synthase subunit beta  63.77 
 
 		 425 aa  525  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1912  tryptophan synthase subunit beta  64.77 
 
 		 398 aa  526  1e-148  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3288  tryptophan synthase subunit beta  63.87 
 
 		 397 aa  526  1e-148  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000135451  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2843  tryptophan synthase subunit beta  63.96 
 
 		 405 aa  526  1e-148  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>