274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0047 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0047  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 204 aa  417  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0174  3'-5' exonuclease  93.14 
 
 		 204 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0659  3'-5' exonuclease  90.69 
 
 		 204 aa  383  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.265112 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0419  3'-5' exonuclease  87.75 
 
 		 204 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0179  3'-5' exonuclease  83.01 
 
 		 206 aa  352  2e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00803697  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0125  putative 3'-5' exonuclease family protein  82.84 
 
 		 204 aa  350  5.9999999999999994e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00602859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0171  3'-5' exonuclease  82.52 
 
 		 206 aa  343  1e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5125  3'-5' exonuclease  75.86 
 
 		 207 aa  325  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0268839  normal  0.933758 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0068  3'-5' exonuclease  76.21 
 
 		 206 aa  321  5e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0572  3'-5' exonuclease  72.55 
 
 		 204 aa  312  2.9999999999999996e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0155  3'-5' exonuclease  73.89 
 
 		 204 aa  311  4.999999999999999e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.299764 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2425  3'-5' exonuclease  72.77 
 
 		 209 aa  307  8e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5275  3'-5' exonuclease  72.55 
 
 		 204 aa  305  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28449  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5922  3'-5' exonuclease  73.04 
 
 		 204 aa  304  7e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0196  3'-5' exonuclease  69.46 
 
 		 203 aa  301  6.000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.950897 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2497  3'-5' exonuclease  71.29 
 
 		 209 aa  296  2e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.325432  normal  0.308179 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0228  3'-5' exonuclease  68.97 
 
 		 203 aa  295  3e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2720  3'-5' exonuclease  70.79 
 
 		 209 aa  292  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.149721  normal  0.0609935 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0117  3'-5' exonuclease family protein  67.32 
 
 		 205 aa  288  4e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0135  3'-5' exonuclease  66.83 
 
 		 205 aa  286  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0120  3'-5' exonuclease family protein  66.83 
 
 		 205 aa  285  4e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.328382  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3464  3'-5' exonuclease  67.8 
 
 		 208 aa  285  4e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3589  3'-5' exonuclease  69.46 
 
 		 203 aa  282  2.0000000000000002e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3984  3'-5' exonuclease  67.8 
 
 		 205 aa  282  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0027  3'-5' exonuclease  66.18 
 
 		 204 aa  278  4e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.189554  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1219  3'-5' exonuclease domain-containing protein  66.01 
 
 		 206 aa  276  1e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000485799  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0120  ribonuclease D  65.85 
 
 		 208 aa  276  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.818192  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4028  3'-5' exonuclease  65.85 
 
 		 208 aa  276  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0109  3'-5' exonuclease  66.67 
 
 		 204 aa  271  5.000000000000001e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.378562  normal  0.35649 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2609  3'-5' exonuclease  65.69 
 
 		 204 aa  271  6e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2813  3'-5' exonuclease  66.18 
 
 		 204 aa  270  9e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1152  ribonuclease D  66.18 
 
 		 204 aa  270  1e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4358  3'-5' exonuclease  64.88 
 
 		 208 aa  270  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00583903 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2775  3'-5' exonuclease  65.69 
 
 		 204 aa  269  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4954  3'-5' exonuclease  64.39 
 
 		 205 aa  262  3e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.332898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0015  3'-5' exonuclease  63.37 
 
 		 206 aa  262  3e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2343  3'-5' exonuclease  63.41 
 
 		 205 aa  261  6e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.151538 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0333  3'-5' exonuclease  63.37 
 
 		 210 aa  259  2e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.273167  normal  0.287022 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3251  3'-5' exonuclease  61.95 
 
 		 205 aa  254  7e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1669  3'-5' exonuclease  62.32 
 
 		 218 aa  251  4.0000000000000004e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.335885  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2903  3'-5' exonuclease  63.73 
 
 		 205 aa  251  6e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.865613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1011  3'-5' exonuclease family protein  56.86 
 
 		 204 aa  247  7e-65  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0881939  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0816  3'-5' exonuclease  57.92 
 
 		 216 aa  244  6e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00362431  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0529  3'-5' exonuclease family protein  58.29 
 
 		 206 aa  240  1e-62  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0878  3'-5' exonuclease  56.1 
 
 		 206 aa  228  5e-59  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3799  3'-5' exonuclease  50.24 
 
 		 209 aa  211  5.999999999999999e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.954695 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0327  3'-5' exonuclease  55.05 
 
 		 213 aa  211  7.999999999999999e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1147  3'-5' exonuclease  52.5 
 
 		 210 aa  205  4e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.546163 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1118  3'-5' exonuclease  52.5 
 
 		 210 aa  205  4e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1914  3'-5' exonuclease  54.26 
 
 		 209 aa  202  2e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.194823 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2509  3'-5' exonuclease  52.53 
 
 		 209 aa  202  2e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0678  3'-5' exonuclease  51.96 
 
 		 211 aa  199  3e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1621  3'-5' exonuclease  51.55 
 
 		 207 aa  199  3e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.169628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0407  3'-5' exonuclease  55.25 
 
 		 214 aa  195  3e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.23143  normal  0.475558 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2246  3'-5' exonuclease  54.05 
 
 		 217 aa  195  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.520239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1922  3'-5' exonuclease  54.6 
 
 		 214 aa  192  3e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0431536  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17921  putative ribonuclease D  48.47 
 
 		 211 aa  186  2e-46  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1676  putative ribonuclease D  47.72 
 
 		 211 aa  185  3e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.137272  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17761  putative ribonuclease D  47.96 
 
 		 211 aa  185  4e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17711  putative ribonuclease D  45.92 
 
 		 213 aa  184  9e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.606229  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17051  putative ribonuclease D  48.39 
 
 		 214 aa  181  8.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20321  putative ribonuclease D  44.21 
 
 		 214 aa  169  3e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1157  putative ribonuclease D  43.68 
 
 		 214 aa  168  5e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22631  putative ribonuclease D  50.29 
 
 		 212 aa  167  1e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.528712 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1164  3'-5' exonuclease  40.12 
 
 		 550 aa  107  9.000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0638405  normal  0.521406 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  38.82 
 
 		 393 aa  98.6  5e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  37.74 
 
 		 392 aa  95.5  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  33.77 
 
 		 388 aa  91.3  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  34.42 
 
 		 389 aa  89.7  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  34.42 
 
 		 389 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  35.81 
 
 		 392 aa  88.6  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  33.12 
 
 		 394 aa  87  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  30.91 
 
 		 375 aa  86.7  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  33.12 
 
 		 395 aa  85.5  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  33.33 
 
 		 392 aa  85.5  5e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  33.76 
 
 		 385 aa  85.5  5e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  32.72 
 
 		 385 aa  84.7  8e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3636  3'-5' exonuclease  32.3 
 
 		 381 aa  84.7  9e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172491  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  29.67 
 
 		 381 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  33.77 
 
 		 384 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  33.77 
 
 		 384 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  35.57 
 
 		 405 aa  84  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  31.61 
 
 		 399 aa  83.2  0.000000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  33.54 
 
 		 385 aa  83.2  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  31.87 
 
 		 382 aa  82.8  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  33.55 
 
 		 386 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  34.59 
 
 		 386 aa  82.8  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  33.12 
 
 		 384 aa  82.4  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0186  ribonuclease D, putative  32.5 
 
 		 392 aa  82  0.000000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  32.91 
 
 		 381 aa  82  0.000000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  30.22 
 
 		 385 aa  80.9  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  29.44 
 
 		 384 aa  80.9  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  30.22 
 
 		 385 aa  80.9  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2009  ribonuclease D  35.62 
 
 		 362 aa  80.1  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.815664  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  30.3 
 
 		 392 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  34.87 
 
 		 358 aa  80.5  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  33.33 
 
 		 375 aa  79.7  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  33.14 
 
 		 396 aa  79.3  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  33.77 
 
 		 371 aa  79  0.00000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  33.11 
 
 		 388 aa  78.6  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>