129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0027 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0160  major facilitator transporter  75.96 
 
 
462 aa  673    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0083  major facilitator transporter  84.85 
 
 
462 aa  775    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.339646  normal  0.26187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0022  major facilitator transporter  77.75 
 
 
463 aa  712    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0721  major facilitator transporter  84.52 
 
 
465 aa  741    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0192  major facilitator transporter  75.96 
 
 
469 aa  680    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0027  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
465 aa  899    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453112  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0322  major facilitator transporter  74.65 
 
 
467 aa  627  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.169916  normal  0.209035 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1429  major facilitator transporter  59.19 
 
 
466 aa  491  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.218982  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1817  hypothetical protein  48.09 
 
 
455 aa  402  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404559  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3914  major facilitator superfamily MFS_1  45.74 
 
 
462 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.133818 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4238  major facilitator superfamily MFS_1  47.03 
 
 
462 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.239966 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1085  major facilitator transporter  45.28 
 
 
493 aa  387  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.445039  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3421  major facilitator transporter  48.9 
 
 
466 aa  381  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.564111  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4369  hypothetical protein  46.93 
 
 
440 aa  379  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.486519  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3337  major facilitator superfamily (MFS) transporter  46.26 
 
 
443 aa  374  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3188  major facilitator transporter  46.26 
 
 
463 aa  360  3e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.988714 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0343  major facilitator transporter  43.24 
 
 
454 aa  340  4e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1317  major facilitator transporter  40.09 
 
 
474 aa  316  7e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.8065  hitchhiker  0.00000263926 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0020  major facilitator transporter  45.18 
 
 
456 aa  313  5.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.482167  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2658  major facilitator transporter  41 
 
 
469 aa  298  1e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.494745  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2130  major facilitator family transporter  39.05 
 
 
435 aa  298  2e-79  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0193  transporter, MFS superfamily  39.05 
 
 
460 aa  296  7e-79  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2937  major facilitator superfamily transporter  38.74 
 
 
435 aa  293  6e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.413148  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1010  major facilitator transporter  40.59 
 
 
429 aa  290  5.0000000000000004e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0030  major facilitator transporter  46 
 
 
456 aa  289  7e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550857  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1316  major facilitator transporter  38.39 
 
 
492 aa  287  4e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.387007  hitchhiker  0.0000142592 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1362  major facilitator transporter  45.77 
 
 
456 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0334  hypothetical protein  37.22 
 
 
424 aa  281  2e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3661  major facilitator transporter  41.27 
 
 
426 aa  276  8e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0315  hypothetical protein  37.64 
 
 
424 aa  275  1.0000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1842  major facilitator superfamily MFS_1  38.2 
 
 
451 aa  261  2e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2662  major facilitator transporter  36.85 
 
 
460 aa  251  1e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1522  major facilitator superfamily MFS_1  31.6 
 
 
426 aa  203  4e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.101861  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1654  major facilitator transporter  32.66 
 
 
416 aa  201  3e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2368  major facilitator superfamily MFS_1  33.19 
 
 
445 aa  197  3e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.854492  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1624  major facilitator superfamily MFS_1  32.67 
 
 
421 aa  197  3e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.767884  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1324  MFS transporter family protein  32.66 
 
 
425 aa  194  4e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3166  major facilitator superfamily MFS_1  34.05 
 
 
462 aa  194  4e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.704444  normal  0.18034 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0936  MFS transporter family protein  30.32 
 
 
458 aa  192  1e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3661  major facilitator superfamily MFS_1  32.12 
 
 
467 aa  192  1e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0635  major facilitator superfamily MFS_1  33.25 
 
 
456 aa  190  5.999999999999999e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.636916  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1012  major facilitator superfamily MFS_1  30.2 
 
 
428 aa  183  7e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.389524 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4202  hypothetical protein  30.43 
 
 
479 aa  182  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246317  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1472  major facilitator superfamily MFS_1  29.53 
 
 
419 aa  180  4.999999999999999e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.905727  normal  0.384031 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1700  major facilitator superfamily MFS_1  30.94 
 
 
472 aa  179  7e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3874  major facilitator transporter  32.62 
 
 
467 aa  179  1e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0574  major facilitator superfamily MFS_1  31.78 
 
 
440 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18980  major facilitator superfamily permease  31.95 
 
 
440 aa  169  8e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.273601  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0568  major facilitator superfamily MFS_1  29.89 
 
 
468 aa  165  2.0000000000000002e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00685546 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2546  major facilitator transporter  29.09 
 
 
449 aa  164  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.146508  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0146  major facilitator superfamily MFS_1  29.36 
 
 
414 aa  159  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.243784  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4097  major facilitator superfamily transporter  31.47 
 
 
443 aa  153  8e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2069  major facilitator transporter  31.24 
 
 
460 aa  152  8.999999999999999e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.692197  normal  0.259713 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25210  major facilitator superfamily permease  31.04 
 
 
449 aa  151  3e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.302409  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01490  major facilitator superfamily permease  26.83 
 
 
408 aa  148  2.0000000000000003e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0591182  normal  0.340851 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22460  major facilitator superfamily MFS_1  28.95 
 
 
421 aa  143  8e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0586  major facilitator superfamily MFS_1  29.2 
 
 
444 aa  141  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0179532 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1274  putative integral membrane protein  27.62 
 
 
430 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1090  putative permease  26.46 
 
 
425 aa  133  7.999999999999999e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0778903  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5316  major facilitator superfamily MFS_1  28.57 
 
 
572 aa  132  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2713  major facilitator superfamily MFS_1  28.01 
 
 
424 aa  132  2.0000000000000002e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3786  major facilitator superfamily MFS_1  25.9 
 
 
412 aa  131  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3637  major facilitator transporter  30.56 
 
 
454 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.35063  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3710  major facilitator superfamily transporter  30.56 
 
 
454 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.417195  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3642  major facilitator transporter  30.56 
 
 
454 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.266137  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0297  major facilitator superfamily MFS_1  28.27 
 
 
441 aa  130  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.321668  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2758  major facilitator transporter  26.84 
 
 
447 aa  129  9.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0379  major facilitator transporter  25.89 
 
 
427 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000550837  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12530  leucine and alanine rich integral membrane protein  28.09 
 
 
445 aa  126  8.000000000000001e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0104482 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2708  major facilitator superfamily MFS_1  28.35 
 
 
450 aa  126  9e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0342766  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1854  major facilitator superfamily permease/ BtlA-like  26.77 
 
 
440 aa  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000121925  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2014  major facilitator transporter  27.17 
 
 
426 aa  125  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.273868  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0458  hypothetical protein  25.28 
 
 
427 aa  124  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000401747  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2277  major facilitator superfamily MFS_1  25.91 
 
 
469 aa  122  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.419016  normal  0.219783 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1893  major facilitator superfamily MFS_1  29.27 
 
 
458 aa  122  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.117856  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1904  major facilitator superfamily MFS_1  26.19 
 
 
430 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0507  hypothetical protein  24.83 
 
 
427 aa  121  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.130258  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0507  hypothetical protein  24.49 
 
 
427 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3202  major facilitator superfamily MFS_1  23.8 
 
 
444 aa  119  9e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2301  major facilitator superfamily permease  27.98 
 
 
453 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.334509  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0373  major facilitator transporter  24.27 
 
 
427 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000110963  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4866  hypothetical protein  24.72 
 
 
427 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0379  hypothetical protein  24.1 
 
 
427 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000021693  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0370  major facilitator superfamily permease  24.1 
 
 
427 aa  117  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  6.902830000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0367  major facilitator superfamily permease  24.1 
 
 
427 aa  117  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714912  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0393  hypothetical protein  24.1 
 
 
427 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0437  hypothetical protein  24.1 
 
 
427 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3164  major facilitator superfamily permease  27.27 
 
 
453 aa  113  7.000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263181  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0030  permease  24.5 
 
 
437 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000345375  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5507  major facilitator superfamily permease/BtlA- like protein  27.67 
 
 
451 aa  112  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.462661  normal  0.0808457 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0390  major facilitator superfamily permease  28.7 
 
 
446 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.778281  normal  0.55351 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2515  major facilitator superfamily MFS_1  25.97 
 
 
433 aa  107  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0657  major facilitator transporter  29.91 
 
 
449 aa  106  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.651323  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21750  major facilitator superfamily permease  24.83 
 
 
474 aa  106  8e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.109771  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1758  putative transporter  26.15 
 
 
460 aa  106  8e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2251  major facilitator superfamily MFS_1  22.79 
 
 
439 aa  105  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0387  major facilitator transporter  27.87 
 
 
437 aa  103  5e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0133748  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0406  major facilitator superfamily MFS_1  27.19 
 
 
404 aa  103  6e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1838  major facilitator superfamily MFS_1  26.56 
 
 
439 aa  102  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.047376  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1276  hypothetical protein  24.95 
 
 
431 aa  101  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.322939  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>