More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4592 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  100 
 
 		 624 aa  1174    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  74.06 
 
 		 556 aa  615  1e-175  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  71.26 
 
 		 567 aa  369  1e-101  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0787  pseudouridine synthase  57.97 
 
 		 728 aa  291  3e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000926536  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  46.04 
 
 		 680 aa  229  1e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  57.08 
 
 		 238 aa  215  1.9999999999999998e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  45.76 
 
 		 264 aa  215  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.9 
 
 		 237 aa  213  7.999999999999999e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  48.5 
 
 		 239 aa  212  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  51.88 
 
 		 251 aa  211  2e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  46.98 
 
 		 266 aa  211  4e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.28 
 
 		 247 aa  207  3e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  49.58 
 
 		 309 aa  208  3e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  46.55 
 
 		 266 aa  207  4e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.04 
 
 		 243 aa  206  9e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  45.82 
 
 		 271 aa  206  1e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  43.4 
 
 		 235 aa  203  8e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  49.38 
 
 		 250 aa  202  1.9999999999999998e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  46.53 
 
 		 253 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  47.48 
 
 		 694 aa  201  3e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  50.21 
 
 		 426 aa  201  3.9999999999999996e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.35 
 
 		 240 aa  200  5e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  47.6 
 
 		 252 aa  200  5e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  47.6 
 
 		 252 aa  200  5e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  47.92 
 
 		 274 aa  200  5e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.58 
 
 		 258 aa  200  6e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  48.96 
 
 		 375 aa  200  7.999999999999999e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  47.41 
 
 		 621 aa  199  9e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  46.12 
 
 		 230 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  47.66 
 
 		 403 aa  199  1.0000000000000001e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  45.3 
 
 		 238 aa  199  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  48.72 
 
 		 406 aa  198  3e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  47.84 
 
 		 274 aa  197  3e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 236 aa  197  5.000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  49.79 
 
 		 273 aa  197  7e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.01 
 
 		 249 aa  196  1e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  45.15 
 
 		 241 aa  196  1e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  46.15 
 
 		 254 aa  193  7e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.78 
 
 		 288 aa  193  8e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.01 
 
 		 236 aa  189  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4316  pseudouridine synthase  44.66 
 
 		 259 aa  189  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1616  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.33 
 
 		 250 aa  189  2e-46  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  0.0569453 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.17 
 
 		 236 aa  189  2e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  47.7 
 
 		 255 aa  188  3e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  46.19 
 
 		 318 aa  187  7e-46  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.4 
 
 		 238 aa  186  9e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.49 
 
 		 239 aa  186  1.0000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  43.17 
 
 		 236 aa  186  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  47.48 
 
 		 322 aa  185  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 516 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  42.44 
 
 		 247 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09831  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  45.26 
 
 		 244 aa  186  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0394  pseudouridine synthase  46.9 
 
 		 261 aa  184  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490996  normal  0.734579 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 329 aa  183  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 555 aa  183  9.000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 324 aa  183  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  48.13 
 
 		 251 aa  183  9.000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  49.12 
 
 		 241 aa  183  9.000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  50.64 
 
 		 250 aa  182  1e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  47.46 
 
 		 243 aa  182  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  43.25 
 
 		 354 aa  180  7e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11041  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  40.34 
 
 		 237 aa  179  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0249401  normal  0.321161 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  47.81 
 
 		 247 aa  179  2e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1293  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.94 
 
 		 254 aa  179  2e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.159925  normal  0.17953 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  44.39 
 
 		 690 aa  178  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1418  pseudouridine synthase  49.38 
 
 		 292 aa  178  2e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.126081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  43.46 
 
 		 256 aa  178  3e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  38.72 
 
 		 638 aa  177  4e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  44.83 
 
 		 245 aa  177  5e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  39.33 
 
 		 687 aa  177  6e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  45.42 
 
 		 243 aa  176  8e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  47.64 
 
 		 263 aa  176  9.999999999999999e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0829  pseudouridylate synthase  41.95 
 
 		 284 aa  176  9.999999999999999e-43  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  41.3 
 
 		 251 aa  175  1.9999999999999998e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.46 
 
 		 328 aa  175  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.78 
 
 		 269 aa  175  2.9999999999999996e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  48.91 
 
 		 306 aa  174  3.9999999999999995e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.91 
 
 		 620 aa  174  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.35 
 
 		 242 aa  174  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.64 
 
 		 251 aa  174  5.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  43.02 
 
 		 282 aa  173  9e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1958  pseudouridine synthase, Rsu  47.28 
 
 		 292 aa  173  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.347299  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  44.35 
 
 		 242 aa  173  1e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.35 
 
 		 242 aa  172  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  44.35 
 
 		 242 aa  172  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  44.35 
 
 		 242 aa  172  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.35 
 
 		 242 aa  172  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  42.92 
 
 		 387 aa  172  2e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.35 
 
 		 242 aa  172  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.35 
 
 		 242 aa  172  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.15 
 
 		 576 aa  171  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  42.91 
 
 		 466 aa  171  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  43.93 
 
 		 242 aa  171  4e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.28 
 
 		 247 aa  171  4e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.93 
 
 		 242 aa  171  4e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  47.62 
 
 		 250 aa  171  5e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  43.51 
 
 		 242 aa  171  5e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  43.78 
 
 		 284 aa  170  7e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  39.76 
 
 		 743 aa  170  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15310  pseudouridine synthase family protein  46.84 
 
 		 306 aa  170  9e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.226125  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>