172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4231 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4231  hypothetical protein  100 
 
 		 514 aa  1002    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00442876 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0460  hypothetical protein  84.27 
 
 		 513 aa  786    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.761759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4357  H+transporting two-sector ATPase delta/epsilon subunit  39.51 
 
 		 514 aa  282  1e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.155847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0790  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.15 
 
 		 521 aa  270  7e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0177  secretion protein HlyD family protein  39.36 
 
 		 514 aa  268  1e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.624945  normal  0.250507 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2316  secretion protein HlyD family protein  32.55 
 
 		 533 aa  194  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3151  secretion protein HlyD family protein  32 
 
 		 533 aa  184  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.29 
 
 		 381 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1203  RND family efflux transporter MFP subunit  29.09 
 
 		 621 aa  122  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4067  RND family efflux transporter MFP subunit  28.47 
 
 		 621 aa  110  7.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1675  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.76 
 
 		 608 aa  94  6e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  28.7 
 
 		 586 aa  93.2  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00117926 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3213  multidrug resistance efflux pump-like protein  28.8 
 
 		 502 aa  85.5  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.108943 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1602  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 641 aa  85.9  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0268  RND family efflux transporter MFP subunit  27 
 
 		 587 aa  82  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0795166 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0355  secretion protein HlyD family protein  29.57 
 
 		 520 aa  78.6  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000356343  hitchhiker  0.000000558214 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.42 
 
 		 432 aa  74.3  0.000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8877  Membrane-fusion protein-like protein  31.9 
 
 		 598 aa  65.1  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0841399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0500  secretion protein HlyD family protein  26.84 
 
 		 502 aa  64.3  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2709  multidrug resistance efflux pump-like protein  27.23 
 
 		 501 aa  64.3  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.64951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.15 
 
 		 353 aa  63.5  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1544  secretion protein HlyD family protein  25.9 
 
 		 504 aa  62  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2438  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.34 
 
 		 586 aa  60.5  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.38 
 
 		 397 aa  60.1  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.91 
 
 		 435 aa  59.7  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1450  RND family efflux transporter MFP subunit  28.17 
 
 		 622 aa  58.9  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.125039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  24.5 
 
 		 376 aa  58.2  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.39 
 
 		 462 aa  58.2  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0212  secretion protein HlyD family protein  29.15 
 
 		 536 aa  58.2  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  27.19 
 
 		 409 aa  57.4  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.19 
 
 		 598 aa  56.6  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.807091  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  28.49 
 
 		 405 aa  55.8  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.39 
 
 		 386 aa  55.8  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  27.75 
 
 		 399 aa  55.1  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  30.53 
 
 		 390 aa  55.1  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  25.88 
 
 		 405 aa  54.7  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  33.88 
 
 		 322 aa  54.3  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  28.18 
 
 		 431 aa  54.3  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.63 
 
 		 481 aa  54.3  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  32.79 
 
 		 449 aa  53.9  0.000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.8 
 
 		 467 aa  53.9  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.748472 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  28.99 
 
 		 351 aa  53.9  0.000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0336  secretion protein HlyD  24.86 
 
 		 324 aa  53.1  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0816826  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  23.92 
 
 		 400 aa  52.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.28 
 
 		 448 aa  53.1  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 413 aa  53.5  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.4 
 
 		 350 aa  53.1  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  28.99 
 
 		 351 aa  53.1  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  30.89 
 
 		 322 aa  52.4  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2879  hypothetical protein  25.56 
 
 		 355 aa  52.4  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  31.4 
 
 		 322 aa  52.8  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2001  secretion protein HlyD  29.47 
 
 		 375 aa  52.4  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.167131  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  25 
 
 		 421 aa  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.93 
 
 		 379 aa  52.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0198  RND family efflux transporter MFP subunit  23.36 
 
 		 521 aa  52.8  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3939  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 367 aa  51.2  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.407918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3301  RND family efflux transporter MFP subunit  28.11 
 
 		 381 aa  51.6  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.446472 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  23.56 
 
 		 431 aa  51.6  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3271  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.77 
 
 		 380 aa  51.2  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.525557  normal  0.197401 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  26.96 
 
 		 349 aa  51.2  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4302  secretion protein HlyD family protein  28.33 
 
 		 477 aa  50.8  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.358477  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  30.34 
 
 		 355 aa  50.4  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2026  secretion protein HlyD family protein  28.33 
 
 		 401 aa  50.4  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.705126  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3274  putative multidrug efflux system transmembrane protein  30.36 
 
 		 225 aa  50.4  0.00008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.668414  normal  0.104011 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0739  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.45 
 
 		 362 aa  50.1  0.00009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.941037  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  26.64 
 
 		 424 aa  49.7  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.58 
 
 		 445 aa  49.7  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3828  secretion protein HlyD  25.29 
 
 		 430 aa  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1441  RND family efflux transporter MFP subunit  24.12 
 
 		 634 aa  49.7  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0775  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.08 
 
 		 479 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  34.18 
 
 		 343 aa  50.1  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  27.54 
 
 		 509 aa  49.3  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  25.68 
 
 		 403 aa  48.9  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  27.61 
 
 		 380 aa  49.3  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.84 
 
 		 420 aa  49.3  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0319  RND family efflux transporter MFP subunit  25.66 
 
 		 417 aa  48.9  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1419  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.06 
 
 		 387 aa  48.9  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.267588  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.43 
 
 		 366 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.71 
 
 		 366 aa  48.5  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  28.46 
 
 		 607 aa  48.5  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1283  secretion protein HlyD  29.61 
 
 		 475 aa  48.5  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.277079  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6548  secretion protein HlyD family protein  29.61 
 
 		 475 aa  48.5  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  31.94 
 
 		 394 aa  48.5  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5197  hypothetical protein  30.95 
 
 		 411 aa  48.5  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0742487 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.94 
 
 		 509 aa  48.5  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6154  secretion protein HlyD family protein  29.61 
 
 		 470 aa  48.5  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.18096 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0769  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.86 
 
 		 322 aa  47.8  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.100875  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  28.43 
 
 		 366 aa  48.1  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003046  membrane-fusion protein  27.66 
 
 		 377 aa  47.8  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.88 
 
 		 448 aa  47.8  0.0005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1322  putative lipoprotein  35.14 
 
 		 300 aa  47.8  0.0005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  27.53 
 
 		 365 aa  47.4  0.0006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  26.7 
 
 		 354 aa  47.4  0.0006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4850  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 385 aa  47.4  0.0006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.87 
 
 		 516 aa  47.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3638  secretion protein HlyD family protein  26.52 
 
 		 503 aa  47.4  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.266214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  25.22 
 
 		 424 aa  47  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0616  secretion protein HlyD  28.99 
 
 		 388 aa  47  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.77466  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  26.56 
 
 		 373 aa  47.4  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.38 
 
 		 352 aa  47  0.0007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>