More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3755 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 300 aa  594  1e-169  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  78.33 
 
 		 297 aa  478  1e-134  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  55.07 
 
 		 293 aa  291  7e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  47.12 
 
 		 291 aa  236  3e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  43.29 
 
 		 300 aa  230  3e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  43.29 
 
 		 300 aa  225  6e-58  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  43.16 
 
 		 308 aa  219  6e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  43.51 
 
 		 308 aa  216  2e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  40.97 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  48.79 
 
 		 293 aa  215  9e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  42.28 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  45.03 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  45.8 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  44.49 
 
 		 304 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  45.04 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  46.18 
 
 		 308 aa  210  3e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  43.31 
 
 		 304 aa  210  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  45.74 
 
 		 306 aa  209  4e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  42.59 
 
 		 308 aa  208  9e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  46.48 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  44.22 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  45.95 
 
 		 291 aa  206  5e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  43.11 
 
 		 307 aa  206  6e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  43.36 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  43.36 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  44.83 
 
 		 305 aa  202  4e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 		 294 aa  202  5e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 		 302 aa  202  6e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  43.73 
 
 		 308 aa  199  3e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  43.77 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  37.85 
 
 		 297 aa  198  7.999999999999999e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  45.58 
 
 		 297 aa  198  9e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  45.58 
 
 		 297 aa  198  9e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  40.94 
 
 		 304 aa  198  9e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  45.58 
 
 		 297 aa  198  9e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  46.33 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  43.85 
 
 		 313 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  45.04 
 
 		 339 aa  197  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  44.3 
 
 		 294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  47 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  36 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  39.38 
 
 		 280 aa  197  2.0000000000000003e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  44.83 
 
 		 241 aa  196  4.0000000000000005e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  42.43 
 
 		 322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 336 aa  196  6e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 305 aa  196  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  42.14 
 
 		 301 aa  195  6e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  44.13 
 
 		 310 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  41.81 
 
 		 301 aa  196  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 283 aa  195  7e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  44.52 
 
 		 313 aa  195  8.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  46.5 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  44.49 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  38.08 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  44.49 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  43.85 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 318 aa  193  3e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  49.04 
 
 		 323 aa  193  3e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  44.53 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  40.14 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  50.47 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  37.37 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 		 306 aa  192  7e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  49.76 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  43.77 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  43.28 
 
 		 327 aa  191  1e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  43.29 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  44.56 
 
 		 371 aa  191  1e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  43.73 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 313 aa  190  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  41.16 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  36.67 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 311 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  39.87 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  39.85 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  46.13 
 
 		 289 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  44.33 
 
 		 328 aa  189  4e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  39.85 
 
 		 309 aa  189  4e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  41.14 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  43.19 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  45.64 
 
 		 313 aa  189  5e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  39.1 
 
 		 307 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  40.79 
 
 		 314 aa  189  5.999999999999999e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  37.31 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  43.73 
 
 		 310 aa  188  7e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  38.64 
 
 		 359 aa  189  7e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  42.24 
 
 		 363 aa  189  7e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 315 aa  188  8e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  42.22 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  39.1 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  38.72 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>