More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3727 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3727  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
167 aa  340  8e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00887093 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3910  cyclic nucleotide-binding protein  88.02 
 
 
167 aa  305  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.34683  normal  0.175845 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0772  cyclic nucleotide-binding protein  63.41 
 
 
164 aa  220  7e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0306  cyclic nucleotide-binding protein  45.73 
 
 
166 aa  156  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.56 
 
 
226 aa  85.1  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  38.28 
 
 
224 aa  82.8  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  37.84 
 
 
226 aa  81.3  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
225 aa  77.8  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
228 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 
225 aa  76.3  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  32.52 
 
 
322 aa  75.5  0.0000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.25 
 
 
230 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3025  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.13 
 
 
179 aa  72.4  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339332  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  34.04 
 
 
157 aa  71.2  0.000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4460  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.5 
 
 
171 aa  67.8  0.00000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.01 
 
 
146 aa  66.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.45 
 
 
425 aa  66.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  27.45 
 
 
425 aa  66.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.82 
 
 
141 aa  66.6  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3891  cyclic nucleotide-binding protein  29.37 
 
 
155 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  31.72 
 
 
413 aa  65.5  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0718  cyclic nucleotide-binding  25.87 
 
 
747 aa  64.7  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00567448  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0079  hypothetical protein  30.49 
 
 
169 aa  64.3  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.79 
 
 
219 aa  63.9  0.0000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
226 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0174  cyclic nucleotide-binding protein  31.79 
 
 
456 aa  63.5  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000271627  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.3 
 
 
223 aa  63.2  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  32.31 
 
 
223 aa  63.2  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  35 
 
 
407 aa  62.8  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
225 aa  62  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
225 aa  62  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.95 
 
 
227 aa  61.6  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  26.85 
 
 
419 aa  61.6  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.09 
 
 
225 aa  61.6  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3539  cyclic nucleotide-binding protein  31.47 
 
 
857 aa  61.2  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0290793  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 
243 aa  60.8  0.000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0098  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.93 
 
 
211 aa  60.1  0.00000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.4392599999999995e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.97 
 
 
1075 aa  60.1  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1866  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.16 
 
 
182 aa  60.5  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  28.21 
 
 
243 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  31.21 
 
 
225 aa  59.7  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  34.68 
 
 
367 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  31.85 
 
 
154 aa  59.7  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  29.41 
 
 
155 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.5 
 
 
226 aa  59.3  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1532  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.09 
 
 
141 aa  58.9  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.31549 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  29.77 
 
 
495 aa  58.9  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  34.03 
 
 
225 aa  58.5  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1573  cyclic nucleotide-binding  29.37 
 
 
158 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.490025  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1835  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
250 aa  58.2  0.00000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0256984  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  28.24 
 
 
563 aa  57.8  0.00000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.09 
 
 
236 aa  57.8  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1517  cyclic nucleotide-binding protein  29.73 
 
 
154 aa  57.8  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0629843  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2352  cyclic nucleotide-binding protein  29.73 
 
 
154 aa  57.8  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674498  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3570  putative glutaminase  30.94 
 
 
620 aa  57.8  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.615084 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1612  cyclic nucleotide-binding protein  29.73 
 
 
154 aa  57.8  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1433  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.11 
 
 
408 aa  57.8  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.532362  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3152  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32 
 
 
487 aa  57.4  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.833452  normal  0.47191 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2391  cyclic nucleotide-binding protein  28.67 
 
 
164 aa  57.8  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2066  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
224 aa  57.8  0.00000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0111986  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 
155 aa  57.4  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.22 
 
 
220 aa  57  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0496  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.61 
 
 
129 aa  56.6  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.25 
 
 
215 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.46 
 
 
228 aa  56.6  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.5 
 
 
228 aa  57.4  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.65 
 
 
225 aa  56.6  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5210  cyclic nucleotide-binding protein  31.62 
 
 
355 aa  57.4  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.465426  normal  0.688608 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2587  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.64 
 
 
163 aa  56.6  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.658452  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  32.54 
 
 
577 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1814  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.99 
 
 
242 aa  56.6  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.245711 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7320  cyclic nucleotide-binding protein  31.47 
 
 
169 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376819  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.2 
 
 
234 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_3120  predicted protein  34.26 
 
 
241 aa  56.2  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
230 aa  56.2  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  24.22 
 
 
435 aa  56.2  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.65 
 
 
226 aa  56.2  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
228 aa  55.8  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4039  cyclic nucleotide-binding protein  26.8 
 
 
161 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17311  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2514  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
231 aa  55.8  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.619242 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0916  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.89 
 
 
242 aa  55.8  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.65 
 
 
231 aa  55.8  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1432  cyclic nucleotide-binding protein  34.23 
 
 
431 aa  55.5  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2065  cyclic nucleotide-binding protein  30.07 
 
 
462 aa  55.8  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  28.17 
 
 
151 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04987  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O59922]  32.77 
 
 
412 aa  55.5  0.0000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.599779  normal  0.51731 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.86 
 
 
241 aa  55.5  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.99 
 
 
225 aa  55.5  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
252 aa  55.1  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  29.85 
 
 
148 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0787  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.57 
 
 
170 aa  55.5  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.93 
 
 
238 aa  55.1  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.08 
 
 
226 aa  55.1  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  30.23 
 
 
149 aa  55.1  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  30.23 
 
 
194 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  29.46 
 
 
149 aa  55.1  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1398  cyclic nucleotide-binding protein  27.97 
 
 
157 aa  54.7  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.908167  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3345  cyclic nucleotide-binding protein  25.35 
 
 
417 aa  54.7  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254717  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0506  cyclic nucleotide-binding protein, putative  24.44 
 
 
137 aa  54.3  0.0000007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.191962  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0491  cyclic nucleotide-binding protein  32.09 
 
 
410 aa  54.3  0.0000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0215963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>