More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3565 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3565  periplasmic binding protein  100 
 
 
360 aa  706    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  80.56 
 
 
362 aa  552  1e-156  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  75 
 
 
357 aa  416  9.999999999999999e-116  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2195  periplasmic binding protein  47.45 
 
 
294 aa  254  1.0000000000000001e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0123698  normal  0.456206 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  49.45 
 
 
303 aa  242  7e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  48.38 
 
 
304 aa  242  7.999999999999999e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0075  periplasmic binding protein  46.79 
 
 
335 aa  229  6e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2386  binding-protein-dependent transport lipoprotein  43.94 
 
 
355 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0371  periplasmic binding protein  40.79 
 
 
380 aa  205  8e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2873  periplasmic binding protein  36.68 
 
 
364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3080  periplasmic binding protein  43.41 
 
 
302 aa  194  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.551347  normal  0.329322 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0573  hemin-binding periplasmic protein hmuT  40.77 
 
 
278 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472949  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  40.15 
 
 
276 aa  189  5.999999999999999e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3879  periplasmic binding protein  40.62 
 
 
379 aa  188  1e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.051517 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2759  periplasmic binding protein  40.14 
 
 
380 aa  186  8e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.199201  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3535  periplasmic binding protein  40.23 
 
 
276 aa  183  5.0000000000000004e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.862472 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2411  periplasmic binding protein  38.01 
 
 
323 aa  182  7e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2167  periplasmic binding protein  42.8 
 
 
276 aa  180  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.579619  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3336  periplasmic binding protein  43.98 
 
 
304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.383489  hitchhiker  0.00144742 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2339  periplasmic binding protein  41.47 
 
 
316 aa  179  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2141  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  42.75 
 
 
308 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0166  periplasmic binding protein  36.53 
 
 
323 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2350  periplasmic binding protein  37.27 
 
 
323 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.048634  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09830  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  39.73 
 
 
394 aa  176  6e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.423992  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4774  periplasmic binding protein  41.95 
 
 
302 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.206831  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  40.47 
 
 
312 aa  175  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2460  periplasmic binding protein  39.18 
 
 
272 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2124  periplasmic binding protein  38.43 
 
 
346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.355272  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1393  periplasmic binding protein  41.52 
 
 
317 aa  172  5.999999999999999e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.310826  normal  0.0475326 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3803  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  40.08 
 
 
279 aa  172  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.656087  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3891  periplasmic binding protein  40.08 
 
 
279 aa  172  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.815625  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0648  hemin-binding periplasmic protein  40.08 
 
 
279 aa  172  7.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4203  periplasmic binding protein  39.05 
 
 
291 aa  172  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.564967  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4836  periplasmic binding protein  42.91 
 
 
305 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5317  periplasmic binding protein  41.57 
 
 
290 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0219  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  41.97 
 
 
305 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5429  periplasmic binding protein  42.91 
 
 
305 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5433  periplasmic binding protein  42.91 
 
 
305 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0579041  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2762  periplasmic binding protein  38.55 
 
 
272 aa  169  6e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.599111  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5376  hemin-binding periplasmic protein HmuT  40.32 
 
 
283 aa  169  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00368111  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1931  periplasmic binding protein  42.97 
 
 
302 aa  169  6e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1778  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  42.37 
 
 
308 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0182  periplasmic binding protein  42.39 
 
 
296 aa  168  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0861033 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0438  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  41.98 
 
 
308 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1969  periplasmic binding protein  37.31 
 
 
329 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0345  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  41.98 
 
 
308 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2752  periplasmic binding protein  39.38 
 
 
275 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1739  periplasmic binding protein  40.16 
 
 
273 aa  166  4e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.102964  normal  0.190946 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1442  periplasmic binding protein  39.55 
 
 
321 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.181866  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1828  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  41.6 
 
 
308 aa  166  8e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2092  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  41.6 
 
 
308 aa  166  8e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0826  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  41.6 
 
 
308 aa  166  8e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1118  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  41.6 
 
 
308 aa  166  8e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.403801  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3620  periplasmic binding protein  36.96 
 
 
297 aa  163  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0345  periplasmic binding protein  38.46 
 
 
282 aa  160  5e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1210  periplasmic binding protein  42.8 
 
 
270 aa  159  6e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  36.5 
 
 
284 aa  159  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0124  periplasmic binding protein  36.84 
 
 
295 aa  157  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00000158909  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  36.12 
 
 
304 aa  157  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1566  periplasmic binding protein  35.38 
 
 
289 aa  157  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.447578  normal  0.39643 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  39.55 
 
 
294 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  39.55 
 
 
294 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3270  periplasmic binding protein  37.98 
 
 
309 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0101899 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2134  periplasmic binding protein  38.91 
 
 
296 aa  150  3e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342061  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0324  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein HutB  36.68 
 
 
277 aa  150  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000295814  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2834  periplasmic binding protein  40.6 
 
 
271 aa  149  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1605  periplasmic binding protein  36.08 
 
 
279 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000278278 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0457  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  33.98 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.251804  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3019  periplasmic binding protein  39.27 
 
 
309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.184479  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4588  periplasmic binding protein  38.89 
 
 
292 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001352  periplasmic hemin-binding protein  37.86 
 
 
289 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00152627  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1754  heme transporter protein HuvB, putative periplasmic binding protein  37.3 
 
 
290 aa  146  5e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0122472  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62300  hypothetical protein  37.17 
 
 
297 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0763709  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2324  periplasmic binding protein  38.01 
 
 
288 aa  143  4e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0524222  normal  0.815768 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4687  periplasmic binding protein  36.94 
 
 
294 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0140247  hitchhiker  0.000000000756756 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0745  periplasmic binding protein  38.43 
 
 
294 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.124358  hitchhiker  0.00000000011582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0993  periplasmic binding protein  37.97 
 
 
299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00265339  hitchhiker  0.0000000000789145 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05241  ABC-type hemin transport system periplasmic component  35.8 
 
 
289 aa  138  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5424  hypothetical protein  38.11 
 
 
297 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.233376  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4192  periplasmic binding protein  37.6 
 
 
320 aa  135  9e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0568253  normal  0.138797 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0853  periplasmic binding protein  35.8 
 
 
280 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4800  periplasmic binding protein  35.45 
 
 
290 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000643232  hitchhiker  0.00663707 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3331  periplasmic binding protein  35.6 
 
 
312 aa  123  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0786  periplasmic binding protein  32.54 
 
 
327 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.683071  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1488  periplasmic binding protein  31 
 
 
310 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80443  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0948  periplasmic binding protein  32.8 
 
 
308 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.971026  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1017  periplasmic binding protein  32.8 
 
 
331 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.951283  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3673  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  31.6 
 
 
317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  28.38 
 
 
315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3342  periplasmic binding protein  32.4 
 
 
343 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0029736  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1941  periplasmic binding protein  32.42 
 
 
349 aa  110  4.0000000000000004e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.789164  normal  0.251316 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  29.28 
 
 
315 aa  110  5e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1050  periplasmic binding protein  32 
 
 
343 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0962  periplasmic binding protein  31.33 
 
 
348 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3239  periplasmic binding protein  33.59 
 
 
306 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.720856  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  26.89 
 
 
318 aa  105  8e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4008  periplasmic binding protein  32.78 
 
 
304 aa  105  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01536  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  28.57 
 
 
318 aa  103  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  30.63 
 
 
328 aa  100  4e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1508  periplasmic binding protein  30.16 
 
 
268 aa  99.4  9e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>