More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3213 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_2709  multidrug resistance efflux pump-like protein  86.06 
 
 		 501 aa  759    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.64951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3213  multidrug resistance efflux pump-like protein  100 
 
 		 502 aa  976    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.108943 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1203  RND family efflux transporter MFP subunit  40.35 
 
 		 621 aa  258  1e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3638  secretion protein HlyD family protein  42.92 
 
 		 503 aa  240  5e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.266214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4067  RND family efflux transporter MFP subunit  40.35 
 
 		 621 aa  237  3e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0500  secretion protein HlyD family protein  40.9 
 
 		 502 aa  223  4.9999999999999996e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  43.76 
 
 		 586 aa  214  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00117926 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1675  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.48 
 
 		 608 aa  203  5e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0268  RND family efflux transporter MFP subunit  42.7 
 
 		 587 aa  199  7.999999999999999e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0795166 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1544  secretion protein HlyD family protein  34.79 
 
 		 504 aa  196  7e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2438  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.9 
 
 		 586 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2731  secretion protein HlyD family protein  39.09 
 
 		 497 aa  168  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1602  RND family efflux transporter MFP subunit  29.18 
 
 		 641 aa  156  7e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0355  secretion protein HlyD family protein  40.09 
 
 		 520 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000356343  hitchhiker  0.000000558214 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2104  secretion protein HlyD family protein  36.88 
 
 		 541 aa  122  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4357  H+transporting two-sector ATPase delta/epsilon subunit  29.73 
 
 		 514 aa  103  8e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.155847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1441  RND family efflux transporter MFP subunit  30.48 
 
 		 634 aa  103  8e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1765  secretion protein HlyD family protein  34.62 
 
 		 541 aa  100  9e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.186436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0177  secretion protein HlyD family protein  30.04 
 
 		 514 aa  97.4  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.624945  normal  0.250507 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3151  secretion protein HlyD family protein  30.34 
 
 		 533 aa  94  6e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4169  secretion protein HlyD family protein  33.23 
 
 		 477 aa  94  6e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00575947  hitchhiker  0.00428587 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.24 
 
 		 509 aa  93.6  8e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2316  secretion protein HlyD family protein  30.34 
 
 		 533 aa  92.4  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4302  secretion protein HlyD family protein  34.06 
 
 		 477 aa  85.1  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.358477  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1593  RND family efflux transporter MFP subunit  26.05 
 
 		 631 aa  79.7  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.351482  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.26 
 
 		 467 aa  78.2  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.748472 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.8 
 
 		 432 aa  76.3  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0460  hypothetical protein  29.78 
 
 		 513 aa  74.3  0.000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.761759  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  31.12 
 
 		 404 aa  73.6  0.000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2408  secretion protein HlyD  30.35 
 
 		 404 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000198894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1791  secretion protein HlyD  30.09 
 
 		 402 aa  72  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3464  secretion protein HlyD  34.13 
 
 		 335 aa  70.1  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0471  secretion protein HlyD family protein  28.33 
 
 		 414 aa  70.1  0.00000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2433  secretion protein HlyD family protein  35.77 
 
 		 395 aa  70.1  0.00000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0223582 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  34.29 
 
 		 329 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2293  secretion protein  36.5 
 
 		 365 aa  69.3  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1008  secretion protein HlyD  29.22 
 
 		 463 aa  69.3  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.387294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0508  secretion protein HlyD family protein  31.18 
 
 		 444 aa  69.7  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000010598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  30 
 
 		 517 aa  68.9  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  31.05 
 
 		 335 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0618  secretion protein HlyD family protein  38.24 
 
 		 392 aa  69.3  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4410  secretion protein HlyD family protein  30 
 
 		 370 aa  68.6  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4521  secretion protein HlyD family protein  29.05 
 
 		 351 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.170966 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  30.12 
 
 		 399 aa  68.2  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1950  secretion protein HlyD family protein  31.9 
 
 		 360 aa  67.4  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2093  ABC exporter membrane fusion protein, DevB family  27.31 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000985853 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2328  secretion protein HlyD  26.9 
 
 		 398 aa  67.4  0.0000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0790  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.52 
 
 		 521 aa  67  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1357  multidrug efflux pump (emrA)  33.77 
 
 		 467 aa  67  0.0000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0943753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.5 
 
 		 504 aa  67  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0916  secretion protein HlyD family protein  31.25 
 
 		 335 aa  66.6  0.0000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.75 
 
 		 663 aa  66.2  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0064  secretion protein HlyD family protein  38.95 
 
 		 346 aa  66.6  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3253  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.5 
 
 		 496 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3278  secretion protein HlyD family protein  33.53 
 
 		 333 aa  65.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0971  secretion protein HlyD family protein  32.94 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.70003 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0482  secretion protein HlyD family protein  28.63 
 
 		 352 aa  64.7  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3843  secretion protein HlyD family protein  28.63 
 
 		 352 aa  64.7  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3787  secretion protein HlyD family protein  28.63 
 
 		 352 aa  64.7  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0207  RND family efflux transporter MFP subunit  29.44 
 
 		 400 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000100142 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3969  secretion protein HlyD family protein  28.63 
 
 		 352 aa  64.3  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  29.95 
 
 		 401 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.140483  hitchhiker  0.000000766037 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0535  hypothetical protein  41.13 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.95 
 
 		 404 aa  63.9  0.000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0231  RND family efflux transporter MFP subunit  30.46 
 
 		 401 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000683509 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0069  secretion protein HlyD family protein  35.83 
 
 		 331 aa  63.9  0.000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.59 
 
 		 405 aa  63.5  0.000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0402  HlyD family secretion protein  30.25 
 
 		 348 aa  63.5  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0223  RND family efflux transporter MFP subunit  30.46 
 
 		 401 aa  63.5  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.17 
 
 		 496 aa  62.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0097  secretion protein HlyD family protein  29.83 
 
 		 354 aa  63.2  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  29.56 
 
 		 348 aa  63.2  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1902  secretion protein HlyD  29.31 
 
 		 395 aa  63.2  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0432629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1756  acriflavin resistance protein  30.81 
 
 		 363 aa  63.2  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0637221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2802  secretion protein HlyD  29.95 
 
 		 401 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  32.93 
 
 		 431 aa  62.8  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0304  RND family efflux transporter MFP subunit  29.95 
 
 		 401 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0944915  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1711  secretion protein HlyD  30.66 
 
 		 378 aa  62.4  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.187686  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3509  secretion protein HlyD family protein  28.09 
 
 		 351 aa  62  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0452  secretion protein HlyD family protein  34.95 
 
 		 352 aa  62  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0523  secretion protein HlyD family protein  28.09 
 
 		 351 aa  62  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  33.12 
 
 		 493 aa  61.6  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.787622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0522  secretion protein HlyD family protein  26.81 
 
 		 351 aa  61.6  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.889598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  35.66 
 
 		 390 aa  61.2  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1327  major facilitator superfamily efflux pump membrane fusion protein  27.36 
 
 		 393 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0719402  normal  0.0222089 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5856  secretion protein HlyD  28.27 
 
 		 425 aa  60.8  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249167  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3403  HlyD family secretion protein  28.93 
 
 		 401 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00376035  normal  0.420161 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  29.81 
 
 		 380 aa  60.8  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1147  secretion protein HlyD family protein  36.21 
 
 		 328 aa  60.8  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000143256  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 405 aa  60.8  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3406  secretion protein HlyD family protein  33.33 
 
 		 358 aa  60.5  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1739  secretion protein HlyD  33.99 
 
 		 381 aa  60.8  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.963287  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0094  secretion protein HlyD family protein  38.38 
 
 		 328 aa  60.5  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0253  secretion protein HlyD family protein  27.14 
 
 		 368 aa  60.5  0.00000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.195856 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3990  secretion protein HlyD family protein  32 
 
 		 383 aa  60.5  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.302523  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4231  hypothetical protein  28.65 
 
 		 514 aa  60.5  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00442876 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 		 354 aa  60.5  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0631  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.37 
 
 		 432 aa  60.1  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.137352 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.33 
 
 		 435 aa  60.1  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2026  secretion protein HlyD family protein  31.54 
 
 		 401 aa  60.1  0.00000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.705126  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>