79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3165 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_2893  PUCC protein  86.71 
 
 
474 aa  804    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00562586  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3165  PUCC protein  100 
 
 
474 aa  914    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360392  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2807  PUCC protein  54.98 
 
 
472 aa  491  1e-137  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0618  PUCC protein  36.03 
 
 
480 aa  227  4e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.328427  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1680  PUCC protein  36.38 
 
 
478 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3083  chlorophyll major facilitator superfamily (MFS) exporter PucC  36.11 
 
 
475 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2898  pucC  35.2 
 
 
467 aa  214  3.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4031  PucC protein, chlorophyll MFS exporter  36.88 
 
 
473 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.344544  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4446  PucC chlorophyll MFS exporter  36.88 
 
 
473 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1240  PUCC protein  35.98 
 
 
484 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000359132  unclonable  0.0000000283623 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3785  PUCC protein  37.35 
 
 
475 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0284698 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2398  PUCC protein  37.35 
 
 
475 aa  209  9e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.6432  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1632  PUCC protein  35.62 
 
 
475 aa  208  1e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.369944  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6412  photosynthetic complex (LH1) assembly protein LhaA  34.51 
 
 
477 aa  208  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3787  PUCC protein  35.45 
 
 
483 aa  203  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1903  PUCC protein  34.85 
 
 
433 aa  202  9.999999999999999e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453505 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4811  PUCC protein  36.1 
 
 
481 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1583  PUCC protein  37.98 
 
 
465 aa  201  3e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652092  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5356  PUCC protein  36.1 
 
 
481 aa  199  7e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0979  PUCC protein  34.04 
 
 
459 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1287  PUCC protein  34.64 
 
 
432 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2037  PUCC protein  36.1 
 
 
476 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1843  PUCC protein  37.14 
 
 
475 aa  190  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.085296 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1318  PUCC protein  34.15 
 
 
477 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153345  normal  0.172961 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3539  PUCC protein  35.9 
 
 
481 aa  189  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1543  PUCC protein  37.16 
 
 
433 aa  186  7e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000848404 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0315  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  33.57 
 
 
459 aa  184  3e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3723  PUCC protein  36.02 
 
 
476 aa  184  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0690908 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1960  PUCC protein  33.57 
 
 
459 aa  184  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.77527  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1022  PUCC protein  30.6 
 
 
434 aa  184  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5278  PUCC protein  35.87 
 
 
481 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1005  PUCC protein  36.91 
 
 
479 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.516888 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3432  PUCC protein  30.95 
 
 
434 aa  182  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0654139 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1735  PUCC protein  33.26 
 
 
477 aa  180  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0290  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  36.03 
 
 
479 aa  177  5e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1461  PucC protein  29.69 
 
 
449 aa  177  5e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.833113  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0156  PUCC protein  33.88 
 
 
478 aa  177  5e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1933  PUCC protein  35.85 
 
 
479 aa  176  7e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3731  PUCC protein  33.7 
 
 
477 aa  176  8e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.532821  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0355  PUCC protein  30.54 
 
 
488 aa  174  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.446739 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3976  LhaA protein  33.7 
 
 
477 aa  170  6e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.197279 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1560  PUCC protein  29.15 
 
 
450 aa  164  4.0000000000000004e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.507042  hitchhiker  0.000951091 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0518  PUCC protein  32.62 
 
 
449 aa  162  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0658  PUCC protein  30.56 
 
 
472 aa  161  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.573961 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1762  hypothetical protein  32.93 
 
 
483 aa  159  8e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3332  PUCC protein  29.48 
 
 
481 aa  159  8e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0614362 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0911  PUCC protein  29.64 
 
 
449 aa  158  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.592939  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1668  PUCC protein  29.05 
 
 
448 aa  157  4e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1849  PUCC protein  28.13 
 
 
448 aa  154  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0459  PUCC protein  27.39 
 
 
478 aa  155  2e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.222585  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0028  PUCC protein  29.26 
 
 
477 aa  152  1e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.30591  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0990  PUCC protein  27.23 
 
 
452 aa  151  3e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3746  PUCC protein  30.02 
 
 
447 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00047851 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3991  light harvesting pigment MFS transporter Bch2  31.49 
 
 
447 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.772479  normal  0.25213 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0689  PucC protein  28.22 
 
 
448 aa  147  5e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.85813  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1720  PUCC protein  29.73 
 
 
438 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1707  PUCC protein  26.28 
 
 
487 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1689  PUCC protein  26.28 
 
 
487 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0278  putative light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC  29.82 
 
 
427 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1921  PUCC protein  29.82 
 
 
427 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.824161 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3529  PUCC protein  29.12 
 
 
433 aa  142  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.513682 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1303  PUCC protein  28.9 
 
 
452 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0628  PUCC protein  29.36 
 
 
449 aa  138  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319243  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6423  light harvesting pigment major facilitator family (MFS) transporter, Bch2-like protein  28.31 
 
 
444 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03411  Na+/melibiose symporter  27.99 
 
 
472 aa  137  6.0000000000000005e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1017  PUCC protein  28.64 
 
 
427 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1912  PUCC protein  26 
 
 
457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.199112  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1534  PUCC protein  25.53 
 
 
457 aa  133  7.999999999999999e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00123663  hitchhiker  0.002835 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3713  PUCC protein  28.67 
 
 
448 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368833  hitchhiker  0.000507532 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2062  PUCC protein  28.16 
 
 
455 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.035842 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3131  PUCC protein  27.16 
 
 
452 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.400987  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1853  PUCC protein  28.6 
 
 
512 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0108975 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5366  PUCC protein  28.07 
 
 
455 aa  117  5e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.238327  normal  0.20788 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1601  PUCC protein  27.63 
 
 
447 aa  116  7.999999999999999e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4821  PUCC protein  28.89 
 
 
459 aa  116  8.999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.052711 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5288  PUCC protein  28.89 
 
 
458 aa  111  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212977  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1652  light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC-like  28.91 
 
 
459 aa  108  3e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0166  PUCC protein  30.43 
 
 
417 aa  102  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0707  hypothetical protein  25.81 
 
 
463 aa  57.8  0.0000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>