81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3041 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3041  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 116 aa  232  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1920  DNA polymerase beta subunit  76.42 
 
 		 116 aa  171  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000388354 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2347  DNA polymerase beta subunit  70.27 
 
 		 116 aa  164  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.048778  normal  0.250853 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1725  DNA polymerase beta subunit  49.07 
 
 		 111 aa  97.4  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000013917  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2432  DNA polymerase beta subunit  46.23 
 
 		 111 aa  93.6  9e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.71469  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3842  DNA polymerase beta subunit  40.71 
 
 		 127 aa  73.6  0.0000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000823006 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1020  DNA polymerase beta subunit  51.55 
 
 		 106 aa  72  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0576  DNA polymerase beta subunit  41.12 
 
 		 121 aa  71.6  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.887062  normal  0.28507 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1617  DNA polymerase beta domain-containing protein region  40.62 
 
 		 103 aa  71.6  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.450393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1577  DNA polymerase, beta-like region  36.54 
 
 		 104 aa  70.5  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000241752  normal  0.133279 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3846  DNA polymerase beta subunit  40.37 
 
 		 121 aa  70.1  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000154582  unclonable  0.00000693944 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0236  DNA polymerase beta subunit  37 
 
 		 103 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0354  DNA polymerase beta subunit  39.22 
 
 		 105 aa  67  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2470  DNA polymerase beta subunit  39.22 
 
 		 105 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.22963  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0574  DNA polymerase beta subunit  42.99 
 
 		 120 aa  66.6  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.412375  normal  0.178688 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2718  DNA polymerase, beta-like region  42.53 
 
 		 109 aa  66.2  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000888869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0365  DNA polymerase beta subunit  34.02 
 
 		 113 aa  63.9  0.0000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.200117 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1028  DNA polymerase beta domain protein region  30.1 
 
 		 111 aa  61.6  0.000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000129156  normal  0.703188 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0997  DNA polymerase beta subunit  33.91 
 
 		 115 aa  56.2  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.995341  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0606  DNA polymerase beta domain protein region  32.38 
 
 		 105 aa  55.5  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000675523 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1397  DNA polymerase, beta-like region  37.65 
 
 		 113 aa  53.9  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4420  DNA polymerase beta subunit  42 
 
 		 118 aa  53.5  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.478946  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0083  hypothetical protein  38 
 
 		 111 aa  53.5  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.394074  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4127  hypothetical protein  32.71 
 
 		 191 aa  52.8  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000129079 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3962  DNA polymerase beta domain protein region  41.38 
 
 		 105 aa  51.6  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1691  DNA polymerase beta subunit  36.46 
 
 		 130 aa  51.6  0.000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.0000100624  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1619  DNA polymerase beta domain-containing protein region  33.33 
 
 		 105 aa  51.6  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.316623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1681  DNA polymerase, beta-like region  32.69 
 
 		 107 aa  51.6  0.000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.044025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4091  DNA polymerase beta subunit  36 
 
 		 121 aa  51.2  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.761535  normal  0.446242 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3922  DNA polymerase beta subunit  31.68 
 
 		 117 aa  50.1  0.000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0657046 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3436  DNA polymerase beta subunit  41.25 
 
 		 107 aa  49.7  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.212553 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2147  DNA polymerase beta domain protein region  36.27 
 
 		 112 aa  50.1  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0763  DNA polymerase beta domain protein region  30.17 
 
 		 111 aa  49.7  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.667533  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0317  DNA polymerase beta domain protein region  37.33 
 
 		 121 aa  50.1  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1926  DNA polymerase, beta-like region  56.86 
 
 		 104 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.327788  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1359  nucleotidyltransferase, putative  34.07 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0037  nucleotidyltransferase domain-containing protein  30.97 
 
 		 132 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1363  nucleotidyltransferase, putative  34.07 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00238094  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1866  DNA polymerase beta domain protein region  32.94 
 
 		 119 aa  48.1  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1450  DNA polymerase beta subunit  32.65 
 
 		 115 aa  47.8  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.374866 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1349  DNA polymerase beta domain protein region  31.07 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0463  DNA polymerase beta subunit  34.65 
 
 		 127 aa  47  0.0001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011774  BCG9842_A0076  nucleotidyltransferase domain protein  29.41 
 
 		 110 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.467951  normal  0.54284 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0063  nucleotidyltransferase domain protein  30.63 
 
 		 128 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3917  hypothetical protein  36.26 
 
 		 230 aa  45.4  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.038879 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0040  nucleotidyltransferase domain protein  30.63 
 
 		 128 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000549944 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0618  DNA polymerase beta domain protein region  31.07 
 
 		 106 aa  46.2  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.686113  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1748  DNA polymerase beta subunit  32.53 
 
 		 112 aa  46.2  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000372139  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0102  nucleotidyltransferase domain-containing protein  30.63 
 
 		 128 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0913883  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0793  DNA polymerase, beta-like region  52.27 
 
 		 110 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.304754 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4035  DNA polymerase beta domain protein region  27.45 
 
 		 113 aa  44.7  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  42.62 
 
 		 97 aa  44.7  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0216  hypothetical protein  29.9 
 
 		 103 aa  44.7  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0242312  hitchhiker  0.0000000000000575833 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1936  putative nucleotidyltransferase  31.86 
 
 		 107 aa  44.3  0.0005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0041  DNA polymerase beta domain protein region  29.52 
 
 		 117 aa  44.3  0.0006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1772  DNA polymerase beta domain protein region  30.53 
 
 		 99 aa  44.3  0.0006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3303  DNA polymerase beta domain protein region  44 
 
 		 114 aa  43.5  0.0008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.433068 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5631  DNA polymerase beta domain protein region  44.26 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000350885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2571  DNA polymerase beta domain protein region  34.65 
 
 		 126 aa  43.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.373399  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3539  DNA polymerase, beta-like region  60.53 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.418484  normal  0.469828 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1301  DNA polymerase beta subunit  31.19 
 
 		 111 aa  42.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.232434  normal  0.452159 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0145  hypothetical protein  37.29 
 
 		 131 aa  41.6  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.345001  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0515  DNA polymerase beta domain protein region  37.38 
 
 		 108 aa  42  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0793119  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2316  DNA polymerase beta domain protein region  41.82 
 
 		 155 aa  42  0.003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.763015  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0718  DNA polymerase beta subunit  46.67 
 
 		 112 aa  41.2  0.005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.525185 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20670  nucleotidyltransferase family protein  41.54 
 
 		 254 aa  41.2  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.117962  normal  0.282766 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2209  DNA polymerase beta domain protein region  66.67 
 
 		 113 aa  40.8  0.005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2281  nucleotidyltransferase  30.95 
 
 		 132 aa  40.8  0.006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0106509  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0269  nucleotidyltransferase  34 
 
 		 135 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0678  DNA polymerase beta domain protein region  25 
 
 		 114 aa  40.8  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000111019  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1757  DNA polymerase, beta-like region  34.62 
 
 		 104 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.511346  normal  0.1342 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0203  DNA polymerase beta subunit  34.95 
 
 		 155 aa  40.8  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3039  DNA polymerase beta domain protein region  50 
 
 		 99 aa  40.8  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3062  DNA polymerase, beta-like region  30.28 
 
 		 155 aa  40.4  0.007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0893  DNA polymerase beta domain-containing protein region  43.18 
 
 		 143 aa  40.8  0.007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1089  DNA polymerase beta subunit  56.76 
 
 		 127 aa  40.4  0.007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.947057 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0489  DNA polymerase beta subunit  38.64 
 
 		 111 aa  40.4  0.007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0086  DNA polymerase beta subunit  29.59 
 
 		 100 aa  40.4  0.007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.109385  normal  0.256886 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 169 aa  40.4  0.008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0428  DNA polymerase, beta-like region  33.33 
 
 		 153 aa  40  0.01  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0480568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4901  DNA polymerase, beta-like region  56.67 
 
 		 118 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>