141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2884 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2884  xylose isomerase  100 
 
 		 389 aa  799    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2618  xylose isomerase  96.92 
 
 		 389 aa  776    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1762  xylose isomerase  74.09 
 
 		 386 aa  593  1e-168  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1247  xylose isomerase  72.37 
 
 		 382 aa  573  1.0000000000000001e-162  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0987  xylose isomerase  70.05 
 
 		 390 aa  570  1e-161  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0695  xylose isomerase  71.95 
 
 		 387 aa  557  1e-157  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591309 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0903  xylose isomerase  65.55 
 
 		 385 aa  533  1e-150  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.122683 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2692  xylose isomerase  67.53 
 
 		 403 aa  526  1e-148  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  63.73 
 
 		 386 aa  484  1e-136  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  60.67 
 
 		 382 aa  462  1e-129  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  59.84 
 
 		 381 aa  441  9.999999999999999e-123  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  57.4 
 
 		 385 aa  432  1e-120  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.324328 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  56.52 
 
 		 407 aa  425  1e-118  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1603  xylose isomerase  55.32 
 
 		 385 aa  424  1e-117  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2375  xylose isomerase  55.32 
 
 		 387 aa  418  1e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  57.4 
 
 		 389 aa  416  9.999999999999999e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0353  Xylose isomerase  57.61 
 
 		 383 aa  417  9.999999999999999e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.539165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  56.35 
 
 		 395 aa  409  1e-113  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  55.75 
 
 		 395 aa  403  1e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  54.85 
 
 		 396 aa  398  1e-109  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22690  xylose isomerase  55.56 
 
 		 389 aa  394  1e-108  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  53.06 
 
 		 395 aa  390  1e-107  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  52.55 
 
 		 395 aa  390  1e-107  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1795  xylose isomerase  54.38 
 
 		 379 aa  385  1e-106  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000406384  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3254  xylose isomerase  52.81 
 
 		 390 aa  383  1e-105  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.150364 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  50.12 
 
 		 407 aa  368  1e-100  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0181  xylose isomerase  49.87 
 
 		 397 aa  367  1e-100  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3307  xylose isomerase  50.13 
 
 		 393 aa  365  1e-100  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0151761 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0645  xylose isomerase  48.47 
 
 		 396 aa  353  2e-96  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12173  normal  0.0105473 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  48.45 
 
 		 392 aa  352  5e-96  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01690  xylose isomerase  53.41 
 
 		 397 aa  348  1e-94  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4665  xylose isomerase  49.49 
 
 		 405 aa  344  2e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.025606  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  48.7 
 
 		 384 aa  344  2e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  46.63 
 
 		 393 aa  339  4e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1871  xylose isomerase  29.7 
 
 		 449 aa  127  3e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.322052  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19530  xylose isomerase  28.37 
 
 		 439 aa  124  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1287  xylose isomerase  31.16 
 
 		 437 aa  121  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1124  xylose isomerase  29.25 
 
 		 444 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000286004  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2180  xylose isomerase  29.15 
 
 		 441 aa  120  3.9999999999999996e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000174675  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1162  xylose isomerase  28.97 
 
 		 444 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000276678  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0153  xylose isomerase  29.77 
 
 		 438 aa  119  9e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1757  xylose isomerase  28.22 
 
 		 444 aa  119  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0603  xylose isomerase  29.77 
 
 		 438 aa  113  5e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2443  xylose isomerase  28.61 
 
 		 438 aa  113  7.000000000000001e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3429  xylose isomerase  28.73 
 
 		 439 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.456821  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0130  xylose isomerase  27.83 
 
 		 448 aa  111  2.0000000000000002e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00829449  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2688  xylose isomerase  31.62 
 
 		 445 aa  111  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1219  xylose isomerase  30.52 
 
 		 438 aa  109  7.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000357804  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0060  xylose isomerase  29.16 
 
 		 439 aa  108  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0349  xylose isomerase  28.53 
 
 		 443 aa  107  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0226  xylose isomerase  29.24 
 
 		 438 aa  107  4e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.829605  n/a   
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_30786  xylose isomerase  28.65 
 
 		 445 aa  107  4e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.133263  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6332  xylose isomerase  29.08 
 
 		 440 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6032  xylose isomerase  28.83 
 
 		 440 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.383264  normal  0.793977 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6506  xylose isomerase  28.83 
 
 		 440 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254155  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6740  xylose isomerase  28.83 
 
 		 440 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0817214  normal  0.561733 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1929  xylose isomerase  28.74 
 
 		 442 aa  104  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.116682  normal  0.849458 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0454  xylose isomerase  27.81 
 
 		 399 aa  103  6e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2210  xylose isomerase  28.57 
 
 		 445 aa  103  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2001  xylose isomerase  31.66 
 
 		 441 aa  102  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1733  xylose isomerase  28 
 
 		 436 aa  102  1e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.382603  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6329  xylose isomerase  28.57 
 
 		 440 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2789  xylose isomerase  30.03 
 
 		 436 aa  102  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4207  xylose isomerase  27.66 
 
 		 440 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.173601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2342  xylose isomerase  26.97 
 
 		 441 aa  102  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.158471 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1696  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.46 
 
 		 368 aa  100  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0078  xylose isomerase  29.61 
 
 		 439 aa  100  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2504  xylose isomerase  28.88 
 
 		 443 aa  100  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.149653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4384  xylose isomerase  28.3 
 
 		 446 aa  99.8  8e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0452947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0587  xylose isomerase  29.11 
 
 		 441 aa  98.2  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3939  xylose isomerase  27.63 
 
 		 440 aa  98.6  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.619988 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3984  xylose isomerase  27.63 
 
 		 440 aa  98.6  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3857  xylose isomerase  27.63 
 
 		 440 aa  98.6  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3875  xylose isomerase  27.63 
 
 		 440 aa  98.6  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4044  xylose isomerase  27.63 
 
 		 440 aa  98.6  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.177538 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2338  xylose isomerase  27.89 
 
 		 440 aa  97.4  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1596  xylose isomerase  29.69 
 
 		 389 aa  97.8  3e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2820  xylose isomerase  29.25 
 
 		 436 aa  97.1  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.489798  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3039  xylose isomerase  25.55 
 
 		 440 aa  97.1  5e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0547  xylose isomerase  30.71 
 
 		 435 aa  96.3  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0029  xylose isomerase  30.08 
 
 		 436 aa  96.7  7e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280107  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0156  xylose isomerase  27.33 
 
 		 440 aa  95.9  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3411  xylose isomerase  30.71 
 
 		 435 aa  95.9  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2615  xylose isomerase  31.01 
 
 		 433 aa  95.5  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.242694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4723  xylose isomerase  30.38 
 
 		 442 aa  95.1  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4061  xylose isomerase  26.14 
 
 		 440 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3959  xylose isomerase  26.14 
 
 		 440 aa  95.1  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3411  xylose isomerase  29.3 
 
 		 436 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1604  xylose isomerase  30.48 
 
 		 442 aa  94.7  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3832  xylose isomerase  29.41 
 
 		 435 aa  94.7  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100149  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3709  xylose isomerase  33.17 
 
 		 436 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.917733 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  27.59 
 
 		 380 aa  94.4  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3726  xylose isomerase  30.15 
 
 		 439 aa  94.7  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658908  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0145  xylose isomerase  26.14 
 
 		 440 aa  94  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2883  xylose isomerase  28.26 
 
 		 438 aa  94  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.587252 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0549  xylose isomerase  30.29 
 
 		 435 aa  94  4e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4437  xylose isomerase  30.15 
 
 		 440 aa  94  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00110  xylose isomerase  29.48 
 
 		 445 aa  94  4e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03848  xylose isomerase  29.48 
 
 		 445 aa  94  4e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4102  xylose isomerase  26.16 
 
 		 439 aa  93.6  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>