186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2689 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
290 aa  593  1e-168  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  56.81 
 
 
433 aa  305  5e-82  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  44.66 
 
 
422 aa  224  1e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  50.94 
 
 
444 aa  212  6e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  45.02 
 
 
423 aa  207  2e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  43.54 
 
 
442 aa  183  3e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  40.78 
 
 
435 aa  172  5e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  43.98 
 
 
430 aa  167  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  37.31 
 
 
425 aa  160  3e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  39.13 
 
 
386 aa  144  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  37.91 
 
 
394 aa  142  5e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  33.84 
 
 
454 aa  138  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  37.02 
 
 
394 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  2.52983e-14 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  38.97 
 
 
390 aa  134  2e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  35.89 
 
 
394 aa  122  5e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  33.64 
 
 
396 aa  119  6e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3985  restriction modification system DNA specificity subunit  30.73 
 
 
401 aa  115  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  29.73 
 
 
438 aa  115  8e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  34.98 
 
 
511 aa  112  6e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.64 
 
 
423 aa  109  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  32.26 
 
 
426 aa  108  8e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  26.94 
 
 
382 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  36.27 
 
 
429 aa  105  7e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.63 
 
 
457 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  29.15 
 
 
429 aa  104  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  29.93 
 
 
456 aa  103  5e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  32.56 
 
 
363 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  36.42 
 
 
571 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3152  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  36.13 
 
 
141 aa  100  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.218767  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  25.74 
 
 
425 aa  97.4  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.33 
 
 
205 aa  96.7  4e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  26.29 
 
 
371 aa  95.1  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  27.57 
 
 
425 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.71 
 
 
433 aa  93.6  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  6.77276e-06 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  28.78 
 
 
417 aa  92.4  7e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  26.37 
 
 
439 aa  91.7  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  29.21 
 
 
419 aa  90.5  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  28.72 
 
 
429 aa  90.1  4e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  29.09 
 
 
457 aa  88.2  1e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  26.57 
 
 
434 aa  87.8  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  29.86 
 
 
398 aa  87.8  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  42.24 
 
 
409 aa  85.5  8e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  28.89 
 
 
426 aa  85.1  1e-15  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  28.52 
 
 
374 aa  85.1  1e-15  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  27.24 
 
 
429 aa  84.7  2e-15  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  29.74 
 
 
413 aa  83.6  3e-15  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  21.92 
 
 
453 aa  83.2  5e-15  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  30.68 
 
 
403 aa  83.2  5e-15  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  1.92379e-05 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  29.17 
 
 
385 aa  81.6  1e-14  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  26.69 
 
 
428 aa  80.5  3e-14  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.55 
 
 
417 aa  79  8e-14  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.83293e-08 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  30.95 
 
 
411 aa  78.6  1e-13  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 
418 aa  78.6  1e-13  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  27.2 
 
 
395 aa  77  3e-13  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  31.29 
 
 
405 aa  77.4  3e-13  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  26.24 
 
 
430 aa  73.9  3e-12  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  27.76 
 
 
416 aa  73.6  3e-12  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.44 
 
 
441 aa  72.8  6e-12  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  24.91 
 
 
412 aa  72.8  6e-12  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.77 
 
 
442 aa  72.4  7e-12  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  24.49 
 
 
463 aa  72.4  9e-12  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  28.76 
 
 
392 aa  72  1e-11  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  24.63 
 
 
415 aa  71.2  2e-11  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  28.18 
 
 
451 aa  70.5  3e-11  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  25.09 
 
 
487 aa  67.8  2e-10  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  23.74 
 
 
416 aa  67.8  2e-10  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  26.82 
 
 
401 aa  67  3e-10  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.01 
 
 
428 aa  67  3e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  23.3 
 
 
464 aa  65.9  8e-10  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.48 
 
 
429 aa  65.9  8e-10  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.82 
 
 
422 aa  65.5  1e-09  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.67 
 
 
404 aa  65.5  1e-09  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.5 
 
 
415 aa  65.5  1e-09  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  25 
 
 
400 aa  64.7  2e-09  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  26.03 
 
 
436 aa  63.9  3e-09  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  22.95 
 
 
419 aa  63.2  4e-09  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  4.06123e-05 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  26.89 
 
 
417 aa  63.5  4e-09  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  27.43 
 
 
437 aa  63.2  4e-09  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.39 
 
 
388 aa  63.2  5e-09  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  24.36 
 
 
462 aa  63.2  5e-09  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  24.15 
 
 
469 aa  62  1e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  23.55 
 
 
448 aa  62.4  1e-08  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.87 
 
 
456 aa  61.6  1e-08  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.71 
 
 
388 aa  61.2  2e-08  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  23.32 
 
 
407 aa  61.2  2e-08  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.06 
 
 
428 aa  60.8  3e-08  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  32.06 
 
 
549 aa  59.7  5e-08  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  23.67 
 
 
413 aa  59.7  6e-08  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  25.54 
 
 
448 aa  59.3  7e-08  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  21.5 
 
 
441 aa  59.3  7e-08  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  23.7 
 
 
420 aa  58.9  8e-08  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  9.62716e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  22.73 
 
 
417 aa  58.9  1e-07  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  22.89 
 
 
415 aa  58.5  1e-07  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  24.54 
 
 
399 aa  58.2  2e-07  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2690  hypothetical protein  28.17 
 
 
649 aa  57.4  2e-07  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.89 
 
 
471 aa  58.2  2e-07  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  29.76 
 
 
364 aa  57  3e-07  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  24.91 
 
 
315 aa  57.4  3e-07  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.67 
 
 
477 aa  57  4e-07  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  25.09 
 
 
408 aa  57  4e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>