More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2597 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_1867  pyridoxal-dependent decarboxylase  85.4 
 
 		 498 aa  859    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2597  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 		 498 aa  996    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  59.96 
 
 		 514 aa  623  1e-177  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  47.51 
 
 		 473 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  48.2 
 
 		 473 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  48.2 
 
 		 473 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  47.09 
 
 		 473 aa  404  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  47.97 
 
 		 473 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  49.27 
 
 		 498 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  49.03 
 
 		 473 aa  398  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  49.27 
 
 		 485 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2562  Pyridoxal-dependent decarboxylase  47.6 
 
 		 468 aa  397  1e-109  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000400331  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  47.3 
 
 		 442 aa  394  1e-108  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01989  conserved hypothetical protein similar to dihydrosphingosine phosphate lyase (Eurofung)  41.97 
 
 		 572 aa  387  1e-106  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.108973 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0159  Pyridoxal-dependent decarboxylase  48.31 
 
 		 513 aa  384  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  42.8 
 
 		 546 aa  384  1e-105  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  40.12 
 
 		 603 aa  376  1e-103  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119543  Sphingosine-1-phosphate lyase  41.2 
 
 		 532 aa  365  1e-100  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0806  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.4 
 
 		 411 aa  295  9e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168032 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.79 
 
 		 500 aa  294  3e-78  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.98 
 
 		 474 aa  293  5e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.88 
 
 		 478 aa  288  2e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1072  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.93 
 
 		 474 aa  286  4e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22660  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  45.25 
 
 		 483 aa  283  5.000000000000001e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.61 
 
 		 472 aa  280  3e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2128  hypothetical protein  35.13 
 
 		 605 aa  268  1e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2102  hypothetical protein  34.54 
 
 		 605 aa  268  1e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.67 
 
 		 472 aa  256  6e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0389  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.1 
 
 		 499 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3997  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.72 
 
 		 516 aa  244  3.9999999999999997e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.167245  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.04 
 
 		 500 aa  232  1e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3771  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.89 
 
 		 464 aa  226  5.0000000000000005e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0013231  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3373  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.78 
 
 		 494 aa  214  2.9999999999999995e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0563875  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0451  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.79 
 
 		 425 aa  205  1e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0038225 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1646  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.32 
 
 		 531 aa  179  1e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360042  hitchhiker  0.00112571 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  30.24 
 
 		 395 aa  163  7e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  29.58 
 
 		 384 aa  159  8e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  31.74 
 
 		 365 aa  156  8e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.39 
 
 		 403 aa  155  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  27.41 
 
 		 379 aa  153  8e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  27.64 
 
 		 384 aa  140  4.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  30.06 
 
 		 365 aa  139  1e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  32.13 
 
 		 363 aa  138  2e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  28.28 
 
 		 384 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  32.97 
 
 		 369 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  26.88 
 
 		 384 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  31.68 
 
 		 384 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.61 
 
 		 374 aa  127  4.0000000000000003e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  27.25 
 
 		 390 aa  125  2e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  32.73 
 
 		 365 aa  117  3e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  27.24 
 
 		 468 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.15 
 
 		 361 aa  114  6e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  26.08 
 
 		 468 aa  107  6e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3467  glutamate decarboxylase  25.21 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.43113  normal  0.0785631 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.3 
 
 		 365 aa  103  9e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  30.09 
 
 		 349 aa  103  1e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  30.35 
 
 		 355 aa  101  2e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  31.01 
 
 		 349 aa  99.8  1e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2953  glutamate decarboxylase  24.47 
 
 		 464 aa  96.3  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40180  Glutamate decarboxylase (GAD) (ERT D1)  24.76 
 
 		 569 aa  94.7  3e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0551  glutamate decarboxylase  24.42 
 
 		 461 aa  94.4  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1483  glutamate decarboxylase  24.69 
 
 		 463 aa  94.7  4e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.66379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0045  glutamate decarboxylase  26.84 
 
 		 468 aa  94.4  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.74 
 
 		 466 aa  94  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3826  glutamate decarboxylase  23.64 
 
 		 461 aa  90.9  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1766  glutamate decarboxylase  23.61 
 
 		 460 aa  89.7  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.184514 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1197  glutamate decarboxylase beta  23.7 
 
 		 464 aa  89  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1172  glutamate decarboxylase  25.26 
 
 		 461 aa  87.4  5e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615591  normal  0.0977769 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1145  glutamate decarboxylase  25.26 
 
 		 461 aa  87.4  5e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1162  glutamate decarboxylase  25.26 
 
 		 461 aa  87.4  5e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.824661 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0181  glutamate decarboxylase  25.26 
 
 		 466 aa  86.7  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.305045 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13469  glutamate decarboxylase gadB  24.57 
 
 		 460 aa  85.9  0.000000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.294595  hitchhiker  0.000990947 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6904  glutamate decarboxylase  24.78 
 
 		 473 aa  85.9  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2691  glutamate decarboxylase  24.2 
 
 		 489 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0236488  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07278  glutamate decarboxylase (Eurofung)  24.19 
 
 		 521 aa  84.3  0.000000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1616  glutamate decarboxylase  25.24 
 
 		 488 aa  83.6  0.000000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.170706  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4739  glutamate decarboxylase  24.6 
 
 		 464 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0372  glutamate decarboxylase  23.2 
 
 		 466 aa  82  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.231865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4935  glutamate decarboxylase  23.72 
 
 		 468 aa  81.6  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03063  glutamate decarboxylase  24.03 
 
 		 464 aa  80.1  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.61 
 
 		 530 aa  79  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.82 
 
 		 560 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_006681  CNL03700  glutamate decarboxylase, putative  29.13 
 
 		 557 aa  78.2  0.0000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03700  glutamate decarboxylase, putative  29.13 
 
 		 557 aa  78.2  0.0000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18041  glutamate decarboxylase  23.33 
 
 		 479 aa  78.2  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.171895 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05447  hypothetical glutamic acid decarboxylase (Eurofung)  23.93 
 
 		 515 aa  77.4  0.0000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0309  glutamate decarboxylase  25.42 
 
 		 455 aa  77  0.0000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0520233  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1039  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.47 
 
 		 412 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2341  glutamate decarboxylase  23.88 
 
 		 466 aa  76.3  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0367356  normal  0.0856253 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8660  glutamate decarboxylase  23.31 
 
 		 463 aa  75.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1640  glutamate decarboxylase  26.35 
 
 		 470 aa  75.5  0.000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4546  pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain protein  29.52 
 
 		 472 aa  75.5  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0851794  normal  0.218359 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  26.52 
 
 		 470 aa  74.3  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.74 
 
 		 549 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  24.78 
 
 		 461 aa  74.3  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07761  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  23.72 
 
 		 456 aa  73.6  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0845725  normal  0.0349206 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.37 
 
 		 461 aa  73.6  0.000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  27.01 
 
 		 533 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.69 
 
 		 550 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.01 
 
 		 549 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.555524 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>