More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2307 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3158  anti-sigma-factor antagonist  83.8 
 
 
445 aa  709    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2307  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 
439 aa  863    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  52.21 
 
 
312 aa  142  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3800  putative PAS/PAC sensor protein  52.41 
 
 
430 aa  141  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4189  putative PAS/PAC sensor protein  52.45 
 
 
428 aa  141  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000679447 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3527  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
667 aa  140  3.9999999999999997e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2483  anti-sigma-factor antagonist  46.82 
 
 
291 aa  139  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.872627  normal  0.455884 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2482  anti-sigma-factor antagonist  46.25 
 
 
293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.700951  normal  0.474316 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2484  anti-sigma-factor antagonist  52.99 
 
 
281 aa  136  7.000000000000001e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.817104  normal  0.435935 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  33.69 
 
 
308 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2751  anti-sigma-factor antagonist  48.65 
 
 
357 aa  134  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2460  putative PAS/PAC sensor protein  33.58 
 
 
306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0675728  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  29.86 
 
 
310 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  50.69 
 
 
653 aa  131  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2851  putative PAS/PAC sensor protein  51.49 
 
 
315 aa  131  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2667  putative PAS/PAC sensor protein  49.26 
 
 
653 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000189051 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2509  anti-sigma-factor antagonist  47.3 
 
 
388 aa  130  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4420  anti-sigma-factor antagonist  50.78 
 
 
271 aa  130  6e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  29.79 
 
 
315 aa  130  7.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3049  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding, putative  33.58 
 
 
308 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00910782  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
509 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  30.85 
 
 
307 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4421  anti-sigma-factor antagonist  50.76 
 
 
271 aa  129  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1921  putative PAS/PAC sensor protein  45.89 
 
 
295 aa  127  5e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.134745  hitchhiker  0.0000024656 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  46.67 
 
 
424 aa  123  5e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1475  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  47.76 
 
 
272 aa  123  6e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000603056  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  47.18 
 
 
433 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2805  anti-sigma-factor antagonist  46.32 
 
 
275 aa  121  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  31.18 
 
 
289 aa  120  3e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.54 
 
 
315 aa  121  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.21 
 
 
311 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  32.96 
 
 
295 aa  120  6e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1962  putative PAS/PAC sensor protein  42.07 
 
 
538 aa  119  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.118262  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3437  anti-sigma-factor antagonist  44.7 
 
 
315 aa  119  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0379355  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1935  anti-sigma-factor antagonist  49.28 
 
 
421 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.201597 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1317  anti-sigma-factor antagonist  45.6 
 
 
286 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1903  anti-sigma-factor antagonist  37.14 
 
 
689 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2566  anti-sigma-factor antagonist  48.61 
 
 
362 aa  118  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2953  putative PAS/PAC sensor protein  42.75 
 
 
549 aa  117  5e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4858  anti-sigma-factor antagonist  49.19 
 
 
295 aa  117  6e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0273  RbsB protein  30.85 
 
 
364 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4193  anti-sigma-factor antagonist  43.95 
 
 
388 aa  116  7.999999999999999e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.512657  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0604  putative PAS/PAC sensor protein  48.06 
 
 
428 aa  116  8.999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0938215  hitchhiker  0.000133748 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3858  anti-sigma-factor antagonist  46.38 
 
 
357 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 
317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.34 
 
 
316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2937  anti-sigma-factor antagonist  48.31 
 
 
271 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000434706  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0350  anti-sigma-factor antagonist  46.98 
 
 
385 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.341427 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1961  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.68 
 
 
309 aa  114  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0249015 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32020  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  45.38 
 
 
283 aa  114  3e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16584  normal  0.174453 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50140  Periplasmic substrate-binding protein of sugar ABC transporter  31.32 
 
 
310 aa  114  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3744  anti-sigma-factor antagonist  45.52 
 
 
288 aa  114  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3016  anti-sigma-factor antagonist  44.29 
 
 
510 aa  113  6e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000586353  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.62 
 
 
333 aa  113  7.000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000807495  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0577  anti-sigma-factor antagonist  45.14 
 
 
385 aa  113  8.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1662  anti-sigma-factor antagonist  46.56 
 
 
290 aa  113  8.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80194  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0590  anti-sigma-factor antagonist  44.44 
 
 
549 aa  112  9e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.641897 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0410  anti-sigma-factor antagonist  42.55 
 
 
361 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695022  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0550  anti-sigma-factor antagonist  46.26 
 
 
372 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4771  anti-sigma-factor antagonist  50.42 
 
 
231 aa  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.32 
 
 
321 aa  112  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  43.66 
 
 
694 aa  110  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4158  anti-sigma-factor antagonist  44.38 
 
 
556 aa  111  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.6446  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50130  Periplasmic substrate-binding protein of sugar ABC transporter  28.27 
 
 
308 aa  109  8.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2789  putative PAS/PAC sensor protein  43.48 
 
 
323 aa  109  8.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.27 
 
 
308 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1304  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.25 
 
 
311 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  36.94 
 
 
653 aa  108  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4970  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  44.44 
 
 
284 aa  108  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  45.59 
 
 
655 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4067  putative PAS/PAC sensor protein  47.79 
 
 
429 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.220594 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0512  anti-sigma-factor antagonist  44.03 
 
 
292 aa  107  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3490  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.52 
 
 
309 aa  106  7e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0179  anti-sigma-factor antagonist  46.92 
 
 
359 aa  106  7e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000362321  hitchhiker  0.00135922 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3339  anti-sigma-factor antagonist  44.03 
 
 
292 aa  106  8e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  31.18 
 
 
308 aa  106  9e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1492  anti-sigma-factor antagonist  41.48 
 
 
282 aa  105  1e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.52 
 
 
320 aa  106  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5229  anti-sigma-factor antagonist  43.28 
 
 
291 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0799  anti-sigma-factor antagonist  42.22 
 
 
286 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.224753  hitchhiker  0.00639287 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3404  anti-sigma-factor antagonist  38.51 
 
 
361 aa  105  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5779  anti-sigma-factor antagonist  41.48 
 
 
288 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1241  putative rhizopine-binding precursor signal peptide protein  30.18 
 
 
309 aa  104  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2644  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.48 
 
 
335 aa  104  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2399  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  30.55 
 
 
310 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1270  anti-sigma-factor antagonist  40.13 
 
 
325 aa  104  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3859  anti-sigma-factor antagonist  45 
 
 
295 aa  104  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0963  anti-sigma-factor antagonist  42.06 
 
 
308 aa  104  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.52 
 
 
309 aa  104  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0135  anti-sigma-factor antagonist  40.54 
 
 
371 aa  104  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167444  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3162  putative PAS/PAC sensor protein  40.3 
 
 
638 aa  103  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.13851  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50320  ABC transporter substrate binding protein  30.97 
 
 
315 aa  103  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.193489  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  26.23 
 
 
316 aa  103  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0054  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.9 
 
 
309 aa  103  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0053  anti-sigma-factor antagonist  46.22 
 
 
377 aa  103  5e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0493156  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  30.48 
 
 
306 aa  103  5e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4199  putative PAS/PAC sensor protein  46.21 
 
 
562 aa  103  5e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362058 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5196  anti-sigma-factor antagonist  39.42 
 
 
365 aa  103  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.476105  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0373  anti-sigma-factor antagonist  43.57 
 
 
365 aa  103  8e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3265  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.71 
 
 
311 aa  103  9e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0610984  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>