More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2259 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  80.54 
 
 		 697 aa  1153    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 710 aa  1444    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  46.08 
 
 		 695 aa  595  1e-169  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  37.11 
 
 		 695 aa  378  1e-103  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  35.81 
 
 		 712 aa  358  1.9999999999999998e-97  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  36.17 
 
 		 663 aa  334  4e-90  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  32.24 
 
 		 696 aa  183  9.000000000000001e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  32.68 
 
 		 708 aa  181  4.999999999999999e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  32.32 
 
 		 705 aa  171  4e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  28.96 
 
 		 703 aa  170  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  28.96 
 
 		 703 aa  170  1e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  29.8 
 
 		 711 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  27.15 
 
 		 819 aa  164  7e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  27.76 
 
 		 699 aa  151  3e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.59 
 
 		 696 aa  151  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  26.52 
 
 		 690 aa  145  3e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  29.13 
 
 		 737 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.02 
 
 		 704 aa  141  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  27.56 
 
 		 706 aa  141  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  27.02 
 
 		 704 aa  140  6e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  27.02 
 
 		 704 aa  140  8.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  27.36 
 
 		 705 aa  138  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  27.99 
 
 		 716 aa  137  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  30.46 
 
 		 679 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  28.54 
 
 		 759 aa  137  8e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  26.48 
 
 		 712 aa  135  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  28.34 
 
 		 809 aa  135  3e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  28.12 
 
 		 687 aa  130  9.000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  27.78 
 
 		 700 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  24.57 
 
 		 815 aa  129  2.0000000000000002e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 821 aa  126  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  28.96 
 
 		 734 aa  125  2e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  27.36 
 
 		 662 aa  117  8.999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  27.53 
 
 		 603 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  26.06 
 
 		 673 aa  115  3e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  25.33 
 
 		 752 aa  111  5e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  26.33 
 
 		 659 aa  109  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  28.3 
 
 		 717 aa  108  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  27.11 
 
 		 685 aa  107  8e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  25.75 
 
 		 737 aa  106  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  26.75 
 
 		 714 aa  106  1e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  34.11 
 
 		 612 aa  101  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  33.6 
 
 		 615 aa  100  6e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  31.66 
 
 		 593 aa  99.4  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  33.46 
 
 		 607 aa  98.2  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  30.68 
 
 		 601 aa  95.5  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  24.84 
 
 		 671 aa  90.1  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  24.43 
 
 		 1107 aa  87.8  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  29.88 
 
 		 610 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  23.92 
 
 		 683 aa  85.5  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  23.58 
 
 		 564 aa  82.4  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  31.42 
 
 		 619 aa  81.3  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0116  hypothetical protein  25.52 
 
 		 335 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.47 
 
 		 755 aa  79  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  23.67 
 
 		 757 aa  77  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  27.84 
 
 		 619 aa  76.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  23.15 
 
 		 1421 aa  76.3  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  24.62 
 
 		 1232 aa  74.3  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  20.78 
 
 		 769 aa  74.3  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  26.11 
 
 		 714 aa  73.6  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  29.64 
 
 		 625 aa  73.6  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  22.26 
 
 		 666 aa  72.4  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  36.99 
 
 		 1050 aa  72.4  0.00000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0453  DNA helicase II  24.31 
 
 		 735 aa  70.1  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.723252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  26.98 
 
 		 719 aa  69.7  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2483  UvrD/REP helicase  26.38 
 
 		 1127 aa  69.3  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0047  ATP-dependent DNA helicase Rep  25 
 
 		 849 aa  68.6  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.760315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  21.2 
 
 		 749 aa  68.6  0.0000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  21.99 
 
 		 738 aa  67.8  0.0000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2140  ATP-dependent DNA helicase Rep  39.32 
 
 		 667 aa  67.4  0.0000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.90387  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  22.47 
 
 		 755 aa  67.4  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.69 
 
 		 738 aa  67  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.97 
 
 		 833 aa  67  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2555  ATP-dependent DNA helicase Rep  34.51 
 
 		 671 aa  66.6  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000614472  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  24.2 
 
 		 710 aa  67.4  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1516  UvrD/REP helicase  25.77 
 
 		 688 aa  67  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200062  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  29.17 
 
 		 632 aa  66.2  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  21.69 
 
 		 738 aa  66.6  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001978  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.59 
 
 		 671 aa  65.9  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0682973  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.9 
 
 		 741 aa  65.5  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  28.57 
 
 		 616 aa  65.9  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0381  UvrD/REP helicase  25.18 
 
 		 688 aa  65.5  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0971471 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04890  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.99 
 
 		 817 aa  65.9  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3499  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.58 
 
 		 1089 aa  65.1  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.17 
 
 		 715 aa  65.1  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.15 
 
 		 785 aa  65.1  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09040  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.92 
 
 		 932 aa  64.7  0.000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  24.82 
 
 		 797 aa  64.7  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00483  ATP-dependent DNA helicase  35.78 
 
 		 671 aa  64.7  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0497  DNA-dependent helicase II  43.96 
 
 		 726 aa  64.7  0.000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.615928  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  22.16 
 
 		 764 aa  64.3  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3478  ATP-dependent DNA helicase Rep  35.59 
 
 		 695 aa  64.3  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07530  DNA/RNA helicase, superfamily I  24.26 
 
 		 694 aa  64.3  0.000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1831  UvrD/REP helicase  24.6 
 
 		 779 aa  64.3  0.000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3327  ATP-dependent DNA helicase Rep  34.75 
 
 		 704 aa  64.3  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0992503  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  26.91 
 
 		 689 aa  64.3  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  25.7 
 
 		 1244 aa  63.9  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  25.06 
 
 		 737 aa  63.9  0.000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  25.08 
 
 		 699 aa  63.9  0.000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1585  UvrD/REP helicase  27.54 
 
 		 685 aa  63.9  0.000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.204099  normal  0.422089 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>