More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2006 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 233 aa  456  1e-127  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.6 
 
 		 232 aa  375  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.78 
 
 		 233 aa  206  4e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.8 
 
 		 200 aa  129  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  39.29 
 
 		 200 aa  128  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.35 
 
 		 213 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  40.44 
 
 		 207 aa  125  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.29 
 
 		 200 aa  125  5e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.11 
 
 		 206 aa  125  6e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.89 
 
 		 207 aa  123  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.11 
 
 		 200 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.62 
 
 		 238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  33.18 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  33.33 
 
 		 228 aa  116  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.5 
 
 		 203 aa  116  3e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  38 
 
 		 240 aa  115  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.26 
 
 		 200 aa  114  8.999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  37.73 
 
 		 241 aa  112  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.49 
 
 		 230 aa  111  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.74 
 
 		 228 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.41 
 
 		 200 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.24 
 
 		 228 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.24 
 
 		 228 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.24 
 
 		 228 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  36.54 
 
 		 235 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.51 
 
 		 246 aa  106  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  32.5 
 
 		 249 aa  106  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.67 
 
 		 229 aa  105  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.69 
 
 		 244 aa  105  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.12 
 
 		 228 aa  105  6e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.07 
 
 		 226 aa  104  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.92 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.69 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  38.42 
 
 		 240 aa  102  7e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  35.18 
 
 		 240 aa  101  8e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  31.68 
 
 		 248 aa  100  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  32.67 
 
 		 239 aa  99.4  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.13 
 
 		 228 aa  99.4  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  37.3 
 
 		 228 aa  99  6e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.13 
 
 		 228 aa  98.2  9e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.08 
 
 		 232 aa  97.4  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  36.31 
 
 		 223 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  33 
 
 		 239 aa  98.2  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  30.4 
 
 		 236 aa  98.2  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.2 
 
 		 233 aa  97.1  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.88 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  29.25 
 
 		 238 aa  96.3  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  35.26 
 
 		 1390 aa  95.9  5e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.88 
 
 		 203 aa  95.5  6e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  32.18 
 
 		 236 aa  95.5  7e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  32.41 
 
 		 238 aa  95.1  8e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 		 232 aa  94.7  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  32.34 
 
 		 239 aa  94.7  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  29.44 
 
 		 236 aa  94.4  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.33 
 
 		 228 aa  92.8  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.09 
 
 		 203 aa  92  7e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.49 
 
 		 223 aa  91.3  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  30.61 
 
 		 1367 aa  89.7  4e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  36.46 
 
 		 719 aa  89.7  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  30.61 
 
 		 1367 aa  89.4  4e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  33.73 
 
 		 223 aa  89  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  32.99 
 
 		 238 aa  89  6e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.33 
 
 		 706 aa  88.6  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.73 
 
 		 236 aa  88.2  9e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  36.7 
 
 		 181 aa  87.8  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  34.81 
 
 		 205 aa  87  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  31.28 
 
 		 238 aa  86.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 		 236 aa  86.3  4e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  34.86 
 
 		 616 aa  86.3  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.46 
 
 		 769 aa  86.3  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  35.35 
 
 		 590 aa  85.9  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.7 
 
 		 186 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  31.15 
 
 		 222 aa  85.1  9e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  31.28 
 
 		 578 aa  84.3  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  36.08 
 
 		 584 aa  84.7  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  31.15 
 
 		 220 aa  84.3  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  27.13 
 
 		 1407 aa  82.8  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  31.28 
 
 		 570 aa  82  0.000000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  26.32 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.04 
 
 		 631 aa  81.3  0.00000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  34.31 
 
 		 617 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.05 
 
 		 721 aa  80.9  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.35 
 
 		 547 aa  80.5  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.86 
 
 		 731 aa  80.9  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.46 
 
 		 595 aa  79.7  0.00000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  27.41 
 
 		 1433 aa  79.7  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  31.55 
 
 		 1440 aa  79.3  0.00000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  30.37 
 
 		 1402 aa  79.7  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.34 
 
 		 605 aa  79.7  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  31.79 
 
 		 1362 aa  79.3  0.00000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.5 
 
 		 186 aa  79  0.00000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  33.84 
 
 		 630 aa  79  0.00000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  33.84 
 
 		 630 aa  79  0.00000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2465  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.58 
 
 		 218 aa  79  0.00000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  27.93 
 
 		 218 aa  79  0.00000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.5 
 
 		 186 aa  79  0.00000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  33.84 
 
 		 630 aa  78.6  0.00000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.72 
 
 		 201 aa  77.8  0.0000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  31.79 
 
 		 601 aa  77.8  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.15 
 
 		 405 aa  77.8  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>