More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1811 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  87.58 
 
 		 491 aa  834    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  100 
 
 		 502 aa  1018    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  60.43 
 
 		 495 aa  555  1e-157  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  53.51 
 
 		 495 aa  489  1e-137  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  38.45 
 
 		 505 aa  319  7.999999999999999e-86  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  41.86 
 
 		 492 aa  316  7e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  37.5 
 
 		 509 aa  316  8e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  34.98 
 
 		 497 aa  305  2.0000000000000002e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  34.98 
 
 		 497 aa  305  2.0000000000000002e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  35.02 
 
 		 512 aa  301  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  35.02 
 
 		 512 aa  301  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  36.9 
 
 		 509 aa  301  2e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  35.02 
 
 		 512 aa  299  7e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  34.76 
 
 		 492 aa  297  4e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  36.33 
 
 		 518 aa  287  2e-76  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  35.79 
 
 		 508 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  40.3 
 
 		 496 aa  285  2.0000000000000002e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  35.03 
 
 		 525 aa  281  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  36.24 
 
 		 516 aa  279  8e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  35.35 
 
 		 507 aa  279  8e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  32.5 
 
 		 511 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  36.53 
 
 		 508 aa  277  3e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  35.86 
 
 		 490 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  32.93 
 
 		 511 aa  273  6e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3833  hydroxyneurosporene dehydrogenase  37.95 
 
 		 471 aa  271  1e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0251377 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  31.99 
 
 		 504 aa  271  2.9999999999999997e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  34.48 
 
 		 497 aa  271  2.9999999999999997e-71  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  33.87 
 
 		 493 aa  271  2.9999999999999997e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  32.92 
 
 		 511 aa  269  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  35.29 
 
 		 508 aa  269  8.999999999999999e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  32.26 
 
 		 553 aa  268  1e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  35.08 
 
 		 508 aa  266  5e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3225  Zeta-phytoene desaturase  37.45 
 
 		 475 aa  266  5e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328594  hitchhiker  0.00724213 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  34.76 
 
 		 504 aa  266  5.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  36.47 
 
 		 524 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  37.13 
 
 		 516 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  33.13 
 
 		 512 aa  264  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  30.72 
 
 		 502 aa  264  3e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  32.72 
 
 		 511 aa  264  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  30.72 
 
 		 502 aa  264  3e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  29.88 
 
 		 494 aa  263  8e-69  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  35.81 
 
 		 475 aa  262  8.999999999999999e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  32.98 
 
 		 508 aa  259  9e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  32.72 
 
 		 507 aa  258  2e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  30.25 
 
 		 537 aa  257  3e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2984  CrtD protein  37.81 
 
 		 503 aa  256  8e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  34 
 
 		 530 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  33.2 
 
 		 531 aa  253  4.0000000000000004e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  32.98 
 
 		 530 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  32.31 
 
 		 504 aa  252  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  33.54 
 
 		 530 aa  252  1e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2048  phytoene desaturase  36.76 
 
 		 515 aa  251  2e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.51701 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  33.06 
 
 		 506 aa  249  9e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  34.69 
 
 		 495 aa  248  1e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1614  phytoene dehydrogenase-related protein  37.13 
 
 		 520 aa  247  3e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  35.54 
 
 		 519 aa  247  4e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  32.1 
 
 		 497 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  32.18 
 
 		 519 aa  246  6e-64  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6441  hydroxyneurosporene and rhodopin dehydrogenase  34.79 
 
 		 509 aa  244  3e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  33.88 
 
 		 503 aa  244  3.9999999999999997e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  34.19 
 
 		 492 aa  243  5e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  32.86 
 
 		 492 aa  243  6e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  36.71 
 
 		 500 aa  243  7e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2726  phytoene desaturase  36.6 
 
 		 499 aa  240  4e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  31.97 
 
 		 518 aa  240  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  36.45 
 
 		 495 aa  239  6.999999999999999e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  31.62 
 
 		 498 aa  239  9e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  34.57 
 
 		 506 aa  239  1e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2029  phytoene desaturase  33.26 
 
 		 496 aa  238  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2953  phytoene desaturase  37.11 
 
 		 499 aa  239  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294845 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  31.71 
 
 		 529 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  30.2 
 
 		 519 aa  236  1.0000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  32 
 
 		 499 aa  235  1.0000000000000001e-60  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  29 
 
 		 499 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  32.46 
 
 		 519 aa  234  3e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  32.1 
 
 		 491 aa  233  6e-60  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  32.1 
 
 		 509 aa  233  8.000000000000001e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1392  FAD dependent oxidoreductase  37.5 
 
 		 495 aa  231  3e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000446309 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2848  phytoene desaturase  37.29 
 
 		 512 aa  229  9e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.984953  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  28.83 
 
 		 488 aa  227  4e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  31.2 
 
 		 490 aa  226  6e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  31.89 
 
 		 500 aa  226  6e-58  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3475  zeta-phytoene desaturase  36.09 
 
 		 495 aa  226  8e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.419175  normal  0.0366285 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  30.02 
 
 		 501 aa  225  1e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0183  amine oxidase  34.41 
 
 		 523 aa  224  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  31.02 
 
 		 492 aa  223  4.9999999999999996e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  32.77 
 
 		 492 aa  222  9.999999999999999e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  33.27 
 
 		 494 aa  221  3e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  32.14 
 
 		 492 aa  221  3e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2822  phytoene desaturase  34.04 
 
 		 511 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.429882  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  30.6 
 
 		 518 aa  220  5e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  34.67 
 
 		 494 aa  220  5e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  30.6 
 
 		 518 aa  220  5e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3693  phytoene desaturase  34.52 
 
 		 499 aa  219  6e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357896 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  29.01 
 
 		 488 aa  219  8.999999999999998e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  32.53 
 
 		 489 aa  217  2.9999999999999998e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  29.96 
 
 		 524 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  31.3 
 
 		 512 aa  217  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  32.11 
 
 		 536 aa  217  4e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  31.16 
 
 		 498 aa  217  4e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>