More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1730 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  100 
 
 
403 aa  819    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  92.17 
 
 
411 aa  744    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  77.6 
 
 
400 aa  583  1.0000000000000001e-165  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0502  RNA-binding S1 domain-containing protein  68.34 
 
 
415 aa  515  1.0000000000000001e-145  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1350  RNA binding S1 domain protein  57.79 
 
 
431 aa  380  1e-104  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3713  RNA-binding S1 domain-containing protein  51.45 
 
 
397 aa  336  5e-91  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000276005  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1112  RNA binding S1 domain protein  44.82 
 
 
397 aa  334  2e-90  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000019918  unclonable  0.0000000535173 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4287  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.51 
 
 
393 aa  333  4e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000310337  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0934  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.42 
 
 
388 aa  331  1e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000731277  normal  0.167396 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  43.96 
 
 
490 aa  300  2e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  42.57 
 
 
403 aa  298  9e-80  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  43.18 
 
 
488 aa  298  2e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  42.66 
 
 
496 aa  297  3e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  43.18 
 
 
495 aa  296  3e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  40.33 
 
 
491 aa  297  3e-79  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  42.61 
 
 
515 aa  296  4e-79  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  41.95 
 
 
492 aa  296  5e-79  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  43.18 
 
 
480 aa  296  5e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  40.92 
 
 
598 aa  296  6e-79  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  43.18 
 
 
495 aa  295  7e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  42.9 
 
 
487 aa  295  8e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  42.39 
 
 
492 aa  295  1e-78  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  41.46 
 
 
479 aa  294  2e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  41.46 
 
 
479 aa  294  2e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  41.46 
 
 
479 aa  294  2e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  41.46 
 
 
481 aa  294  2e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  42.15 
 
 
529 aa  293  3e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  40.15 
 
 
493 aa  293  3e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  41.46 
 
 
481 aa  293  3e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  41.46 
 
 
481 aa  293  3e-78  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  42.33 
 
 
500 aa  291  1e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  41.44 
 
 
492 aa  291  1e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  41.35 
 
 
405 aa  290  2e-77  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  41.18 
 
 
487 aa  290  2e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  40.56 
 
 
587 aa  290  2e-77  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  41.48 
 
 
493 aa  290  4e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  42.61 
 
 
488 aa  289  5.0000000000000004e-77  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 
493 aa  289  7e-77  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  41.58 
 
 
490 aa  288  9e-77  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  40.55 
 
 
418 aa  288  2e-76  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  42.33 
 
 
485 aa  287  2e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.57 
 
 
676 aa  287  2e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  40.1 
 
 
499 aa  286  2.9999999999999996e-76  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.77 
 
 
672 aa  286  5e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  41.48 
 
 
491 aa  285  1.0000000000000001e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  41.48 
 
 
491 aa  285  1.0000000000000001e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  38.93 
 
 
427 aa  282  6.000000000000001e-75  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  39.4 
 
 
500 aa  282  7.000000000000001e-75  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  44.74 
 
 
677 aa  282  7.000000000000001e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  42.61 
 
 
485 aa  281  1e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  42.61 
 
 
496 aa  281  1e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  40.91 
 
 
485 aa  280  3e-74  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  41.19 
 
 
488 aa  279  6e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  41.46 
 
 
558 aa  275  1.0000000000000001e-72  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  42.05 
 
 
493 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  42.05 
 
 
493 aa  273  3e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.23 
 
 
654 aa  272  8.000000000000001e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.65 
 
 
661 aa  271  2e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  42.03 
 
 
505 aa  271  2e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.13 
 
 
736 aa  269  5.9999999999999995e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  41.5 
 
 
678 aa  267  2e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  40.77 
 
 
407 aa  266  5e-70  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3767  RNA binding S1 domain-containing protein  40.73 
 
 
507 aa  265  7e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0768989  normal  0.0130256 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  38.24 
 
 
596 aa  258  2e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  37.7 
 
 
584 aa  256  5e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  37.43 
 
 
584 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  37.57 
 
 
557 aa  254  1.0000000000000001e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  41.28 
 
 
705 aa  254  2.0000000000000002e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2024  SSU ribosomal protein S1P  41.52 
 
 
411 aa  253  3e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  37.96 
 
 
584 aa  253  3e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2117  30S ribosomal protein S1  38.14 
 
 
378 aa  253  6e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2405  30S ribosomal protein S1  38.14 
 
 
378 aa  252  7e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1408  30S ribosomal protein S1  39.77 
 
 
382 aa  252  8.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000102607  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1380  30S ribosomal protein S1  39.77 
 
 
382 aa  252  8.000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107777  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1519  30S ribosomal protein S1  39.77 
 
 
382 aa  252  8.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000156073  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1592  30S ribosomal protein S1  39.77 
 
 
382 aa  252  8.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0386100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1379  30S ribosomal protein S1  39.49 
 
 
382 aa  252  1e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000385959  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1661  30S ribosomal protein S1  39.77 
 
 
382 aa  251  1e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  36.93 
 
 
686 aa  251  2e-65  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  39.14 
 
 
382 aa  250  3e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  36.84 
 
 
672 aa  249  5e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1625  30S ribosomal protein S1  38.64 
 
 
382 aa  249  5e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000150504  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  36.9 
 
 
687 aa  249  6e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3791  30S ribosomal protein S1  39.32 
 
 
382 aa  249  6e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000784339  hitchhiker  0.000188764 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1553  30S ribosomal protein S1  39.2 
 
 
382 aa  249  7e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00270143  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  38.44 
 
 
597 aa  248  2e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 
593 aa  248  2e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  38.07 
 
 
382 aa  247  3e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  39.65 
 
 
387 aa  246  4e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  36.39 
 
 
694 aa  245  9e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  37.02 
 
 
574 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0896  30S ribosomal protein S1  40.55 
 
 
408 aa  244  1.9999999999999999e-63  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000252731  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  35.69 
 
 
573 aa  244  3e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1292  SSU ribosomal protein S1P  40.06 
 
 
396 aa  242  9e-63  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00025498  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1703  RNA binding S1 domain protein  41.67 
 
 
385 aa  240  2e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000241805  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3606  30S ribosomal protein S1  35.44 
 
 
569 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000377018  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  35.21 
 
 
720 aa  240  4e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0103  30S ribosomal protein S1  35.53 
 
 
569 aa  240  4e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.924927 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 
557 aa  239  5e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0026  30S ribosomal protein S1  35.47 
 
 
566 aa  239  6.999999999999999e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>