More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1185 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
210 aa  417  1e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  95.71 
 
 
210 aa  404  1e-112  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  7.29954e-06 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  69.52 
 
 
210 aa  304  5e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  65.24 
 
 
212 aa  290  1e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0715  ribosomal protein L3  63.11 
 
 
204 aa  262  3e-69  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1938  50S ribosomal protein L3  58.74 
 
 
205 aa  248  6e-65  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  57.89 
 
 
222 aa  239  2e-62  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1147  50S ribosomal protein L3  55.29 
 
 
205 aa  231  6e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  5.30687e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  54.07 
 
 
216 aa  229  3e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0451  50S ribosomal protein L3  53.17 
 
 
205 aa  225  3e-58  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000154888  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  53.14 
 
 
209 aa  225  3e-58  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  2.70125e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_417  ribosomal protein L3  53.17 
 
 
205 aa  224  5e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  3.6263e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0474  50S ribosomal protein L3  53.17 
 
 
205 aa  224  6e-58  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00148542  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  54.55 
 
 
210 aa  223  1e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  7.29631e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0397  50S ribosomal protein L3  54.37 
 
 
205 aa  223  1e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0691  50S ribosomal protein L3  52.63 
 
 
211 aa  222  3e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00208666  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05715  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 
205 aa  222  3e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.499117  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0842  ribosomal protein L3  56.87 
 
 
210 aa  220  1e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2257  50S ribosomal protein L3  53.69 
 
 
209 aa  219  3e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  1.17498e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  54.81 
 
 
215 aa  218  4e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  51.44 
 
 
218 aa  218  5e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1555  ribosomal protein L3  49.03 
 
 
210 aa  218  6e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00791107  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  48.57 
 
 
209 aa  218  7e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  2.31855e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  50.95 
 
 
210 aa  218  7e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.81863e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5787  50S ribosomal protein L3  56.04 
 
 
220 aa  217  9e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0786499 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3162  50S ribosomal protein L3  53.14 
 
 
206 aa  216  1e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.596382 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  48.1 
 
 
209 aa  217  1e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  8.24684e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4343  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
206 aa  217  1e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0239943  normal  0.123527 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2857  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
210 aa  216  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0602  ribosomal protein L3  52.91 
 
 
205 aa  216  2e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1765  50S ribosomal protein L3  54.19 
 
 
209 aa  216  3e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  8.37732e-05  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
211 aa  215  4e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.74639e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0079  50S ribosomal protein L3  51.23 
 
 
209 aa  215  4e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.145283 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  53.37 
 
 
219 aa  215  4e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
210 aa  214  6e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  9.81122e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2229  50S ribosomal protein L3  49.25 
 
 
209 aa  214  9e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  7.90762e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4507  50S ribosomal protein L3  52.63 
 
 
221 aa  214  1e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.787031  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2559  50S ribosomal protein L3  53.43 
 
 
211 aa  213  1e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.101168  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2646  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
216 aa  212  3e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1346  50S ribosomal protein L3  49.29 
 
 
211 aa  212  3e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.700686  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  49.05 
 
 
209 aa  212  3e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2774  ribosomal protein L3  48.77 
 
 
210 aa  212  4e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.039291  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0708  50S ribosomal protein L3  48.54 
 
 
208 aa  212  4e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00455924  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  50.24 
 
 
213 aa  212  4e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0626  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 
210 aa  211  8e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.31463e-05  hitchhiker  3.31617e-13 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17401  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
217 aa  211  9e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23810  LSU ribosomal protein L3P  50.96 
 
 
226 aa  210  1e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0376  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 
218 aa  209  2e-53  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1030  50S ribosomal protein L3  53.33 
 
 
217 aa  209  2e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20031  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 
218 aa  210  2e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1129  50S ribosomal protein L3  48.79 
 
 
218 aa  209  2e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1955  50S ribosomal protein L3  48.33 
 
 
218 aa  210  2e-53  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1040  50S ribosomal protein L3  53.33 
 
 
217 aa  209  2e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1013  50S ribosomal protein L3  53.33 
 
 
217 aa  209  2e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  50.24 
 
 
206 aa  209  3e-53  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  2.66904e-09  hitchhiker  5.67921e-07 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0180  50S ribosomal protein L3  51.24 
 
 
209 aa  209  3e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00021825  normal  0.996112 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0289  50S ribosomal protein L3  48.76 
 
 
209 aa  208  5e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5124  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 
216 aa  208  5e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2333  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
212 aa  208  6e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  2.41734e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1292  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
212 aa  207  6e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  1.67398e-05  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  53.37 
 
 
212 aa  208  6e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2065  50S ribosomal protein L3  49.5 
 
 
209 aa  207  7e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  5.62685e-12  normal  0.223373 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  50 
 
 
217 aa  206  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17160  50S ribosomal protein L3  49.05 
 
 
216 aa  206  1e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2232  50S ribosomal protein L3  51.69 
 
 
213 aa  207  1e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.422626 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3905  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 
223 aa  207  1e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3703  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 
212 aa  207  1e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17651  50S ribosomal protein L3  48.29 
 
 
217 aa  207  1e-52  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.884364  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17491  50S ribosomal protein L3  47.32 
 
 
217 aa  206  2e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  50.95 
 
 
211 aa  206  2e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.51121e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  52.38 
 
 
218 aa  206  3e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1650  50S ribosomal protein L3  47.8 
 
 
217 aa  206  3e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1851  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
209 aa  205  4e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.132189  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0225  ribosomal protein L3  51.66 
 
 
213 aa  205  4e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0226  ribosomal protein L3  52.13 
 
 
216 aa  205  4e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
218 aa  205  4e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  46.89 
 
 
211 aa  205  4e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  3.30884e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  49.28 
 
 
216 aa  205  5e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0587  ribosomal protein L3  48.1 
 
 
219 aa  204  5e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.295272  normal  0.46094 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2064  50S ribosomal protein L3  47.06 
 
 
209 aa  205  5e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  7.17701e-06  normal  0.401636 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2296  50S ribosomal protein L3  48.04 
 
 
209 aa  204  6e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00600066  hitchhiker  0.00331239 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0252  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 
212 aa  204  6e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0249  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 
212 aa  204  6e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.587373  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 
211 aa  204  7e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  3.99657e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3012  50S ribosomal protein L3  49.55 
 
 
227 aa  204  7e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00913494 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  49.05 
 
 
209 aa  204  7e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0058  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
208 aa  204  8e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00491271  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2687  50S ribosomal protein L3  48.57 
 
 
216 aa  204  9e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.740328 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10715  50S ribosomal protein L3  51.43 
 
 
217 aa  203  1e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.249834 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5049  50S ribosomal protein L3  53.08 
 
 
218 aa  203  1e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.399218 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  51.9 
 
 
207 aa  204  1e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2423  50S ribosomal protein L3  48.76 
 
 
209 aa  203  2e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00498434  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20870  LSU ribosomal protein L3P  49.05 
 
 
219 aa  202  2e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.235842  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 
211 aa  202  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.94381e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1615  ribosomal protein L3  47.09 
 
 
205 aa  202  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29740  LSU ribosomal protein L3P  49.52 
 
 
219 aa  202  3e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.378005 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1123  ribosomal protein L3  51.2 
 
 
220 aa  202  3e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1340  50S ribosomal protein L3  52.94 
 
 
205 aa  202  3e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23021  50S ribosomal protein L3  48.31 
 
 
218 aa  201  5e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0688  ribosomal protein L3  50.48 
 
 
219 aa  201  5e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.409644 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>