More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1072 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  79.75 
 
 		 474 aa  806    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1072  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 		 474 aa  970    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  49.17 
 
 		 478 aa  400  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.3 
 
 		 472 aa  391  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.35 
 
 		 472 aa  356  5e-97  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22660  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  42.56 
 
 		 483 aa  342  1e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0159  Pyridoxal-dependent decarboxylase  45.52 
 
 		 513 aa  340  4e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.15 
 
 		 500 aa  338  9.999999999999999e-92  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1867  pyridoxal-dependent decarboxylase  45.61 
 
 		 498 aa  328  1.0000000000000001e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0389  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.28 
 
 		 499 aa  316  5e-85  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3771  Pyridoxal-dependent decarboxylase  45.31 
 
 		 464 aa  308  1.0000000000000001e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0013231  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.67 
 
 		 500 aa  301  1e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0806  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.55 
 
 		 411 aa  295  1e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168032 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3997  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.61 
 
 		 516 aa  290  3e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.167245  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2597  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.93 
 
 		 498 aa  283  4.0000000000000003e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  37.72 
 
 		 546 aa  277  3e-73  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3373  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.87 
 
 		 494 aa  273  4.0000000000000004e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0563875  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01989  conserved hypothetical protein similar to dihydrosphingosine phosphate lyase (Eurofung)  37.05 
 
 		 572 aa  271  2e-71  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.108973 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.38 
 
 		 514 aa  264  3e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1646  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.68 
 
 		 531 aa  263  4e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360042  hitchhiker  0.00112571 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  37.65 
 
 		 473 aa  256  5e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  38.04 
 
 		 473 aa  256  8e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  34.62 
 
 		 603 aa  255  1.0000000000000001e-66  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  37.12 
 
 		 473 aa  254  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  37.12 
 
 		 473 aa  252  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  39.08 
 
 		 485 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2562  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.84 
 
 		 468 aa  251  2e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000400331  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  36.88 
 
 		 473 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  36.21 
 
 		 442 aa  250  4e-65  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  38.81 
 
 		 498 aa  250  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  38.81 
 
 		 473 aa  250  5e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119543  Sphingosine-1-phosphate lyase  36.17 
 
 		 532 aa  246  9e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0451  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.39 
 
 		 425 aa  202  8e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0038225 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2128  hypothetical protein  31.23 
 
 		 605 aa  181  2e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2102  hypothetical protein  33.43 
 
 		 605 aa  179  1e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.85 
 
 		 403 aa  162  9e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  26.98 
 
 		 379 aa  151  2e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  28.95 
 
 		 395 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  30.59 
 
 		 363 aa  144  2e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  29.66 
 
 		 384 aa  144  4e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  32.37 
 
 		 365 aa  141  3e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  30.86 
 
 		 365 aa  139  8.999999999999999e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  27.6 
 
 		 384 aa  139  1e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  27.32 
 
 		 384 aa  138  2e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  27.32 
 
 		 384 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.03 
 
 		 374 aa  134  3e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  32.76 
 
 		 365 aa  131  3e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  25.27 
 
 		 390 aa  130  7.000000000000001e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  26.24 
 
 		 384 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.62 
 
 		 361 aa  125  2e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  29.19 
 
 		 369 aa  123  6e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  32.26 
 
 		 349 aa  117  5e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3467  glutamate decarboxylase  26.19 
 
 		 457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.43113  normal  0.0785631 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.49 
 
 		 365 aa  112  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  31.14 
 
 		 349 aa  107  6e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8660  glutamate decarboxylase  26.61 
 
 		 463 aa  100  7e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  30.54 
 
 		 355 aa  100  8e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  24.49 
 
 		 468 aa  99  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2953  glutamate decarboxylase  26.19 
 
 		 464 aa  99  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05447  hypothetical glutamic acid decarboxylase (Eurofung)  23.8 
 
 		 515 aa  98.2  3e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  24.63 
 
 		 468 aa  97.1  7e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1766  glutamate decarboxylase  24.66 
 
 		 460 aa  96.7  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.184514 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07278  glutamate decarboxylase (Eurofung)  24.15 
 
 		 521 aa  96.3  1e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18041  glutamate decarboxylase  25.99 
 
 		 479 aa  95.1  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.171895 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0372  glutamate decarboxylase  25.71 
 
 		 466 aa  95.1  3e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.231865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6904  glutamate decarboxylase  27.7 
 
 		 473 aa  94.7  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2315  glutamate decarboxylase  24.47 
 
 		 464 aa  93.6  6e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1197  glutamate decarboxylase beta  25.27 
 
 		 464 aa  93.2  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2691  glutamate decarboxylase  25.98 
 
 		 489 aa  92.4  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0236488  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0551  glutamate decarboxylase  25.77 
 
 		 461 aa  90.5  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3826  glutamate decarboxylase  25 
 
 		 461 aa  89.7  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1039  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.07 
 
 		 412 aa  89.7  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4739  glutamate decarboxylase  24.73 
 
 		 464 aa  87.8  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1640  glutamate decarboxylase  26.33 
 
 		 470 aa  87  6e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2029  glutamate decarboxylase  22.34 
 
 		 466 aa  84.7  0.000000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0181  glutamate decarboxylase  26.76 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.305045 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.67 
 
 		 466 aa  82.8  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0045  glutamate decarboxylase  23.9 
 
 		 468 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1581  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.3 
 
 		 475 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1616  glutamate decarboxylase  23.48 
 
 		 488 aa  80.9  0.00000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.170706  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13469  glutamate decarboxylase gadB  23.84 
 
 		 460 aa  81.3  0.00000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.294595  hitchhiker  0.000990947 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4374  glutamate decarboxylase  24.47 
 
 		 466 aa  80.9  0.00000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.777962 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03063  glutamate decarboxylase  23.94 
 
 		 464 aa  80.9  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1172  glutamate decarboxylase  21.75 
 
 		 461 aa  80.5  0.00000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615591  normal  0.0977769 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1145  glutamate decarboxylase  21.75 
 
 		 461 aa  80.5  0.00000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1162  glutamate decarboxylase  21.75 
 
 		 461 aa  80.5  0.00000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.824661 
 
 
-
 
NC_006681  CNL03700  glutamate decarboxylase, putative  25.4 
 
 		 557 aa  79.7  0.0000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03700  glutamate decarboxylase, putative  25.4 
 
 		 557 aa  79.7  0.0000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0309  glutamate decarboxylase  26.02 
 
 		 455 aa  79  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0520233  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0149  glutamate decarboxylase  23.39 
 
 		 496 aa  79  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.283505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40180  Glutamate decarboxylase (GAD) (ERT D1)  23.1 
 
 		 569 aa  77.8  0.0000000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2341  glutamate decarboxylase  24.87 
 
 		 466 aa  77  0.0000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0367356  normal  0.0856253 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.32 
 
 		 502 aa  76.6  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1483  glutamate decarboxylase  22.07 
 
 		 463 aa  74.7  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.66379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.12 
 
 		 489 aa  73.9  0.000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03365  glutamate decarboxylase A, PLP-dependent  24.42 
 
 		 466 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0196  glutamate decarboxylase  24.42 
 
 		 466 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1680  glutamate decarboxylase GadA  24.42 
 
 		 466 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4005  glutamate decarboxylase  24.42 
 
 		 466 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2164  glutamate decarboxylase  24.42 
 
 		 466 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.19141  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>