More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0864 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 		 349 aa  717    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  87.46 
 
 		 335 aa  586  1e-166  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  73.09 
 
 		 351 aa  493  9.999999999999999e-139  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  64.9 
 
 		 362 aa  454  1e-127  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.83 
 
 		 370 aa  279  6e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.35 
 
 		 321 aa  248  8e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  40 
 
 		 325 aa  247  2e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  40.95 
 
 		 342 aa  246  4e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.21 
 
 		 324 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.06 
 
 		 321 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  39.56 
 
 		 318 aa  238  1e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.49 
 
 		 322 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.25 
 
 		 319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  38.98 
 
 		 347 aa  228  8e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  38.85 
 
 		 331 aa  228  9e-59  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.78 
 
 		 325 aa  228  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  41.35 
 
 		 326 aa  227  3e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  41.35 
 
 		 326 aa  227  3e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.54 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  39.33 
 
 		 347 aa  224  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  41.8 
 
 		 322 aa  225  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  35.4 
 
 		 322 aa  223  4e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.54 
 
 		 317 aa  223  4e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.08 
 
 		 328 aa  222  6e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.43 
 
 		 332 aa  222  6e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.18 
 
 		 326 aa  220  3e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.66 
 
 		 317 aa  219  5e-56  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  37.3 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.74 
 
 		 353 aa  218  2e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.73 
 
 		 333 aa  216  4e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.51 
 
 		 351 aa  214  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  38.85 
 
 		 333 aa  212  5.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.75 
 
 		 331 aa  210  4e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  43.51 
 
 		 353 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.22 
 
 		 333 aa  209  6e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  36.13 
 
 		 326 aa  208  1e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  44.37 
 
 		 327 aa  208  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.98 
 
 		 337 aa  207  2e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  39.81 
 
 		 332 aa  207  2e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.83 
 
 		 332 aa  206  4e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  37.29 
 
 		 324 aa  206  6e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  39.09 
 
 		 329 aa  206  6e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.79 
 
 		 362 aa  205  8e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.12 
 
 		 332 aa  205  1e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  37.46 
 
 		 332 aa  205  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  45.9 
 
 		 333 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  38.8 
 
 		 332 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  38.8 
 
 		 332 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.42 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  38.12 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.12 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.1 
 
 		 334 aa  204  2e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.1 
 
 		 358 aa  203  3e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.83 
 
 		 332 aa  203  4e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.83 
 
 		 332 aa  203  4e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  47.79 
 
 		 347 aa  203  4e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.54 
 
 		 354 aa  202  5e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  40.06 
 
 		 336 aa  202  5e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.24 
 
 		 343 aa  202  6e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  43.16 
 
 		 354 aa  202  7e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  41.32 
 
 		 353 aa  202  7e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.5 
 
 		 332 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  39.62 
 
 		 343 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.2 
 
 		 332 aa  202  9.999999999999999e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.19 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.6 
 
 		 343 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.83 
 
 		 326 aa  200  3e-50  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  40.26 
 
 		 350 aa  200  3e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.24 
 
 		 328 aa  200  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.12 
 
 		 327 aa  200  3e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.18 
 
 		 346 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  39.13 
 
 		 324 aa  199  5e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  39.13 
 
 		 324 aa  199  5e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  46.42 
 
 		 337 aa  199  7e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  35.67 
 
 		 325 aa  199  7e-50  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.05 
 
 		 321 aa  198  9e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  42.86 
 
 		 337 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.91 
 
 		 343 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  46.04 
 
 		 337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  37.97 
 
 		 354 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  40.62 
 
 		 356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.19 
 
 		 337 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  40.94 
 
 		 332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.07 
 
 		 393 aa  196  5.000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.81 
 
 		 357 aa  196  5.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  35.35 
 
 		 333 aa  196  6e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.02 
 
 		 333 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3680  dihydrouridine synthase DuS  38.49 
 
 		 322 aa  196  6e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.49 
 
 		 347 aa  196  6e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.68 
 
 		 327 aa  196  7e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.65 
 
 		 355 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  37.66 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.98 
 
 		 337 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  42.9 
 
 		 337 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  37.66 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.66 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  37.66 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  37.66 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  38.13 
 
 		 347 aa  194  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.37 
 
 		 337 aa  194  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>