More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0863 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  100 
 
 
313 aa  645  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  81.53 
 
 
314 aa  520  1e-146  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  62.33 
 
 
306 aa  366  1e-100  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  61.7 
 
 
299 aa  363  2e-99  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  51.22 
 
 
302 aa  284  2e-75  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  50.87 
 
 
302 aa  283  3e-75  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  46.31 
 
 
296 aa  283  3e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  50.52 
 
 
302 aa  282  6e-75  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.29 
 
 
299 aa  280  3e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  48.62 
 
 
310 aa  280  3e-74  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  44.97 
 
 
295 aa  277  2e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.18 
 
 
296 aa  273  4e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.48 
 
 
296 aa  270  2e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.48 
 
 
296 aa  270  2e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.83 
 
 
296 aa  270  3e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  3.17777e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.77 
 
 
296 aa  267  1e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.3 
 
 
298 aa  268  1e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.77 
 
 
296 aa  268  1e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.77 
 
 
296 aa  268  1e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.77 
 
 
296 aa  268  1e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.77 
 
 
296 aa  267  1e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.77 
 
 
296 aa  267  1e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.77 
 
 
296 aa  268  1e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  47.32 
 
 
295 aa  257  1e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  46.29 
 
 
296 aa  254  1e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  49.65 
 
 
302 aa  253  3e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  45.58 
 
 
295 aa  251  8e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  42.55 
 
 
296 aa  251  1e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  41.84 
 
 
294 aa  242  5e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  41.81 
 
 
296 aa  234  1e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.81 
 
 
321 aa  234  2e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  40.6 
 
 
302 aa  233  4e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  8.94527e-13 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  45.23 
 
 
294 aa  231  8e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  40.13 
 
 
298 aa  227  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  43.42 
 
 
300 aa  225  6e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  41.09 
 
 
309 aa  224  2e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  1.28305e-09 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  42.35 
 
 
303 aa  221  1e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  6.35712e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  42.14 
 
 
317 aa  221  1e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  43.31 
 
 
306 aa  220  2e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  40.35 
 
 
296 aa  220  3e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  43.53 
 
 
321 aa  219  3e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  41.7 
 
 
295 aa  219  4e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  42.7 
 
 
300 aa  219  5e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  43.16 
 
 
304 aa  219  5e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0105661 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  42.35 
 
 
300 aa  219  6e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  42.35 
 
 
300 aa  218  8e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.57 
 
 
298 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.62 
 
 
299 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.57 
 
 
298 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  40.48 
 
 
291 aa  217  2e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.62 
 
 
299 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.57 
 
 
298 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  41 
 
 
317 aa  217  2e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.57 
 
 
298 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.62 
 
 
299 aa  218  2e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  43.15 
 
 
313 aa  216  3e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  41.84 
 
 
294 aa  216  3e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.57 
 
 
298 aa  216  3e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  42.41 
 
 
311 aa  216  4e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  42.16 
 
 
299 aa  215  6e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.21 
 
 
298 aa  215  8e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  42.5 
 
 
303 aa  215  8e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.21 
 
 
298 aa  215  9e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.21 
 
 
298 aa  215  9e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.21 
 
 
298 aa  215  9e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.21 
 
 
298 aa  215  9e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  43.21 
 
 
298 aa  215  9e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.21 
 
 
298 aa  215  9e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  43.21 
 
 
298 aa  215  9e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.64 
 
 
298 aa  214  1e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  41.55 
 
 
300 aa  214  1e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  40.21 
 
 
295 aa  214  1e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  39.73 
 
 
304 aa  213  2e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  6.63621e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  42.55 
 
 
299 aa  214  2e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  42.35 
 
 
309 aa  213  3e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.43 
 
 
301 aa  213  3e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  4.89449e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  39.93 
 
 
297 aa  213  3e-54  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  42.35 
 
 
309 aa  213  5e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.55 
 
 
298 aa  213  5e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.58 
 
 
302 aa  213  5e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  40.99 
 
 
295 aa  212  6e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  42.7 
 
 
300 aa  212  6e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  40.28 
 
 
295 aa  212  7e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.94 
 
 
299 aa  212  8e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 
298 aa  211  9e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  40.14 
 
 
295 aa  211  1e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  41.96 
 
 
315 aa  211  1e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  43.06 
 
 
305 aa  211  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  40.14 
 
 
295 aa  211  1e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  37.83 
 
 
307 aa  211  1e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  41.99 
 
 
300 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.71 
 
 
299 aa  211  2e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.07327e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  41.99 
 
 
309 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  39.93 
 
 
308 aa  211  2e-53  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  41.78 
 
 
310 aa  210  2e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.94 
 
 
299 aa  211  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.84 
 
 
298 aa  210  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.84 
 
 
299 aa  209  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.71 
 
 
299 aa  209  4e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  6.85052e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  41.79 
 
 
305 aa  209  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>