133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0707 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0707  transcriptional regulator, TrmB  100 
 
 		 209 aa  415  9.999999999999999e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0303  transcriptional regulator, TrmB  88.04 
 
 		 209 aa  367  1e-101  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.320797  normal  0.117195 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0961  putative transcriptional regulator  52.22 
 
 		 225 aa  218  7.999999999999999e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.189509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0414  putative transcriptional regulator  45.05 
 
 		 220 aa  173  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.802259  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3238  putative transcriptional regulator  38.78 
 
 		 211 aa  120  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.990793 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3726  putative transcriptional regulator  37.76 
 
 		 212 aa  116  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110577  hitchhiker  0.00164762 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3558  putative transcriptional regulator  32.65 
 
 		 210 aa  105  7e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2493  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  101  7e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0117208  normal  0.769487 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4828  DeoR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 210 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00756639  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4669  DeoR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 210 aa  100  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5193  DeoR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 210 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.076054  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5064  transcriptional regulator, DeoR family  29.05 
 
 		 210 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4686  DeoR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 210 aa  99.8  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000645179  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1570  putative transcriptional regulator  33.84 
 
 		 219 aa  99.4  4e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.417601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5102  transcriptional regulator, DeoR family  29.52 
 
 		 210 aa  99.4  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0136  transcriptional regulator, DeoR family  29.05 
 
 		 210 aa  98.6  6e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.790585  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5097  DeoR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 210 aa  98.2  7e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5103  transcriptional regulator, DeoR family  29.05 
 
 		 210 aa  97.4  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.411801  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2060  MarR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 235 aa  94  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000547125  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0307  putative transcriptional regulator  32.47 
 
 		 201 aa  93.6  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.519243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3070  transcriptional regulator, TrmB  33.01 
 
 		 215 aa  91.7  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.272047 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4781  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 210 aa  91.3  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0414  putative transcriptional regulator  29.86 
 
 		 219 aa  90.9  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0425  putative transcriptional regulator  29.38 
 
 		 219 aa  89.4  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.973468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4139  putative transcriptional regulator  34.97 
 
 		 207 aa  88.6  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.936463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3451  putative transcriptional regulator  32.38 
 
 		 217 aa  88.6  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.225926  hitchhiker  0.00000000543336 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2387  transcriptional regulator protein-like protein  31.22 
 
 		 250 aa  87.4  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.328356  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4354  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 228 aa  87.4  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.898255 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0915  putative transcriptional regulator  32.52 
 
 		 218 aa  87.8  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949391 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0028  transcriptional regulator  32.49 
 
 		 217 aa  86.3  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.572077  normal  0.204969 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03001  regulatory proteins, AsnC family protein  29.74 
 
 		 215 aa  82  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.764788 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1629  putative transcriptional regulator  26.84 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.346983  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4997  putative transcriptional regulator  26.79 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0795  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.164821  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1733  transcriptional regulator  30.81 
 
 		 214 aa  75.1  0.0000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.86463 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2786  putative transcriptional regulator  30.5 
 
 		 208 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.788805 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1711  putative transcriptional regulator  32.37 
 
 		 210 aa  75.1  0.0000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.42173  normal  0.540015 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2262  putative transcriptional regulator  30.53 
 
 		 253 aa  74.3  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.148405 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0423  transcriptional regulator  29.59 
 
 		 227 aa  73.6  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.956901  normal  0.107177 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2441  putative transcriptional regulator  34.01 
 
 		 244 aa  73.6  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.47008  normal  0.125946 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2239  hypothetical protein  30.2 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21960  predicted transcriptional regulator  29.29 
 
 		 275 aa  72.8  0.000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5538  putative transcriptional regulator  27.67 
 
 		 209 aa  72  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.912326  normal  0.622551 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4804  putative transcriptional regulator  30.21 
 
 		 210 aa  71.6  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000646734 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3358  putative transcriptional regulator  28.16 
 
 		 220 aa  70.1  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0338727  normal  0.270871 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2063  putative transcriptional regulator  30.65 
 
 		 280 aa  70.5  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4136  hypothetical protein  27.32 
 
 		 214 aa  70.1  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3788  hypothetical protein  27.32 
 
 		 222 aa  70.1  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2275  putative transcriptional regulator  31.44 
 
 		 237 aa  69.7  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00171437  normal  0.131971 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2681  putative transcriptional regulator  25.67 
 
 		 223 aa  69.3  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381379  normal  0.0939386 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00716  hypothetical protein  26.9 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001755  predicted transcriptional regulator  26.13 
 
 		 206 aa  68.9  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0263515  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1452  putative transcriptional regulator  28.36 
 
 		 217 aa  68.6  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.293298  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2510  putative transcriptional regulator  30.3 
 
 		 236 aa  68.2  0.00000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1246  putative transcriptional regulator  28.86 
 
 		 203 aa  67.4  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.628425 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1043  hypothetical protein  28.64 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2998  transcriptional regulator  28.64 
 
 		 206 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00441752  normal  0.169259 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3079  transcriptional regulator  28.64 
 
 		 206 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0625169  normal  0.749503 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0030  hypothetical protein  28.64 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0384  hypothetical protein  28.64 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1579  hypothetical protein  28.64 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.145631  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13330  predicted transcriptional regulator  27.14 
 
 		 238 aa  67.4  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.763143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1494  hypothetical protein  28.64 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1200  hypothetical protein  28.64 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108281  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1080  putative transcriptional regulator  29.29 
 
 		 207 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0435  putative transcriptional regulator  27.98 
 
 		 199 aa  67.8  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.341746  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0995  hypothetical protein  27.64 
 
 		 206 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0018  putative transcriptional regulator  26.8 
 
 		 214 aa  67.8  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0077  transcriptional regulator  28.64 
 
 		 246 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.53122  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3176  transcriptional regulator  28.64 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1011  putative transcriptional regulator  29.44 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2175  transcriptional regulator TrmB  31.11 
 
 		 203 aa  66.6  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.168136  normal  0.574645 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1113  putative transcriptional regulator  28.93 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3278  putative transcriptional regulator  28.93 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0971152 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1973  putative transcriptional regulator  32.65 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.490943 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14610  predicted transcriptional regulator  27.97 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.330701  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4801  putative transcriptional regulator  30.1 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000472031 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0896  putative transcriptional regulator  28.86 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610602 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2543  putative transcriptional regulator  30.1 
 
 		 199 aa  65.9  0.0000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1166  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 221 aa  65.5  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7512  putative transcriptional regulator  30.65 
 
 		 201 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.898059 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1289  hypothetical protein  28.14 
 
 		 253 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2819  putative transcriptional regulator  31.68 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1018  putative transcriptional regulator  28.79 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3584  hypothetical protein  27.64 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2549  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.12553  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5988  putative transcriptional regulator  31.39 
 
 		 270 aa  61.6  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.423891  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1356  putative transcriptional regulator  29.65 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1048  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1134  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 273 aa  60.1  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.767556  normal  0.0484804 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1139  putative transcriptional regulator  25.25 
 
 		 252 aa  60.5  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.140272  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0091  hypothetical protein  25.13 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0402  putative transcriptional regulator  30.72 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2296  putative transcriptional regulator  31.15 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000000358822  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2284  transcriptional regulator  28.64 
 
 		 214 aa  57  0.0000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2732  putative transcriptional regulator  31.03 
 
 		 220 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0409175 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5155  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 238 aa  55.5  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2382  regulatory protein ArsR  25 
 
 		 274 aa  54.7  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.307498  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1844  putative transcriptional regulator  22.86 
 
 		 271 aa  54.7  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000755788 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2964  putative transcriptional regulator  27.84 
 
 		 258 aa  53.1  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>