24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0277 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0277    100 
 
 
2238 bp  4437    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000179844 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0278    100 
 
 
780 bp  1546    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.61153  unclonable  0.0000104282 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0436    96 
 
 
483 bp  791    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.569945  normal  0.13862 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3937    93.94 
 
 
387 bp  545  9.999999999999999e-153  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3134    94.4 
 
 
339 bp  521  1.0000000000000001e-145  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00376941 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0435    93.98 
 
 
213 bp  321  5e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.129685 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  89.45 
 
 
1260 bp  293  1e-76  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  87.21 
 
 
1254 bp  234  9e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  94.52 
 
 
1293 bp  226  1.9999999999999999e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0067    93.39 
 
 
222 bp  176  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.294544 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  88.41 
 
 
1251 bp  147  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0069    95.95 
 
 
126 bp  123  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.42382  normal  0.284005 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3295    91.3 
 
 
93 bp  119  4.0000000000000004e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000290206 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1810  hypothetical protein  85 
 
 
627 bp  95.6  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.0000000127593  normal  0.0100357 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  81.14 
 
 
1650 bp  85.7  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0356  hypothetical protein  85.29 
 
 
225 bp  83.8  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0275  hypothetical protein  93.75 
 
 
282 bp  71.9  0.0000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.270958  unclonable  0.00000842033 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4064  transposase IS4 family protein  84.78 
 
 
837 bp  71.9  0.0000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.487787  normal  0.0458657 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  89.29 
 
 
1344 bp  63.9  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  88.89 
 
 
1248 bp  60  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  88.89 
 
 
1356 bp  60  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2783    90 
 
 
1026 bp  60  0.000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.320146 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  88.46 
 
 
1257 bp  56  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  88.46 
 
 
1257 bp  56  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>