168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0174 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0174  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  100 
 
 
326 aa  626  1e-178  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.801433  normal  0.632766 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4360  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  85.53 
 
 
328 aa  516  1e-145  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1044  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  53.92 
 
 
246 aa  227  3e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.116161 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2184  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  55.05 
 
 
241 aa  225  6e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00256059 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0743  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  52.11 
 
 
241 aa  210  3e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0772  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  52.11 
 
 
241 aa  209  4e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0519153  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1755  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  44.05 
 
 
306 aa  201  2e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.379762  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1780  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  45.7 
 
 
307 aa  196  3e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.347196  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0512  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  41.98 
 
 
343 aa  193  4e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.21192 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2567  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  46.23 
 
 
216 aa  186  7e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.29234  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1148  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  51.83 
 
 
218 aa  184  2e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00870535  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4293  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  53.27 
 
 
230 aa  181  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0993  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  41.28 
 
 
344 aa  175  1e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5179  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  48.33 
 
 
229 aa  174  2e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1351  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  44.09 
 
 
233 aa  165  1e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.309906  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2134  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  47.85 
 
 
261 aa  164  2e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0298  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  44.71 
 
 
213 aa  164  3e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.306858  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0031  cobalt transport protein CbiM  37.14 
 
 
212 aa  162  6e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0061  ABC-type transport system, permease component  40.46 
 
 
301 aa  160  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.43136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1480  cobalt transport protein CbiM  41.83 
 
 
213 aa  160  2e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2621  cobalt transport protein CbiM  40.87 
 
 
214 aa  159  9e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.78373  normal  0.0472515 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1327  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  45.58 
 
 
229 aa  158  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.871033  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2752  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  37.01 
 
 
354 aa  157  3e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1803  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.37 
 
 
352 aa  157  3e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000373388  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0681  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.06 
 
 
333 aa  153  4e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4058  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  44.86 
 
 
235 aa  153  4e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.815174  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0137  cobalt transport protein CbiM  37.14 
 
 
212 aa  152  7e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0440058 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1766  cobalt transport protein CbiM  36.67 
 
 
212 aa  151  1e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.386006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2109  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  44.13 
 
 
232 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.494306  normal  0.0409829 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2046  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  44.13 
 
 
232 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2063  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  44.13 
 
 
232 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0721765  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2291  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  42.06 
 
 
235 aa  150  4e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.372139 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0163  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  38.1 
 
 
310 aa  148  1e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.118647  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1739  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  40.38 
 
 
204 aa  145  7e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.749284  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1793  cobalt transport protein CbiM  41.9 
 
 
218 aa  145  8e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  1.28429e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2002  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.77 
 
 
355 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.38373e-24 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0090  cobalt transport protein CbiM  36.41 
 
 
210 aa  144  2e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2565  cobalt transport protein CbiM  37.17 
 
 
239 aa  144  2e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.779557  normal  0.114693 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1292  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.6 
 
 
299 aa  137  2e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.46518  normal  0.800906 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1200  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.93 
 
 
347 aa  137  2e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.028093  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1182  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.96 
 
 
331 aa  135  8e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00505251  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1767  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  36.53 
 
 
219 aa  135  9e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.113369  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1927  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  43.19 
 
 
242 aa  135  1e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1402  cobalt transport protein CbiM  39.15 
 
 
212 aa  132  6e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1279  cobalamin biosynthesis protein CbiM, putative  34.32 
 
 
343 aa  132  1e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0499926  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2352  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  37.71 
 
 
310 aa  132  1e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.235435  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0192  cobalt transport protein CbiM  35.94 
 
 
230 aa  129  5e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0108763  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1057  cobalt transport protein CbiM  34.96 
 
 
330 aa  129  5e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2005  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  37.76 
 
 
343 aa  128  1e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0387041  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1959  cobalt transport protein CbiM  35.14 
 
 
226 aa  127  4e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2769  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  39.61 
 
 
342 aa  125  7e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0391  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  38.94 
 
 
202 aa  125  8e-28  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.026574  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2441  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  38.74 
 
 
346 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.365569  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0780  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.43 
 
 
348 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.7293e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1637  cobalt transport protein CbiM  34.18 
 
 
242 aa  122  6e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  hitchhiker  0.000771093 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0712  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  39.49 
 
 
332 aa  121  1e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.218257  hitchhiker  3.57899e-06 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2762  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  34.81 
 
 
348 aa  122  1e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1569  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  43.54 
 
 
233 aa  121  2e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1370  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.02 
 
 
232 aa  120  4e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.711039  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1558  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.82 
 
 
202 aa  120  4e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0486  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.64 
 
 
337 aa  119  6e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.35686  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1450  cobalt transport protein CbiM  35.68 
 
 
226 aa  119  8e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.208192  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2225  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.19 
 
 
359 aa  119  8e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000325574  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11090  cobalt transport protein CbiM  29.74 
 
 
339 aa  117  3e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  3.40042e-06  normal  0.0123253 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1006  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  41.98 
 
 
238 aa  117  4e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.154415  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0213  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  37.98 
 
 
202 aa  115  8e-25  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.655003  normal  0.171707 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0882  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32 
 
 
421 aa  115  1e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1805  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  34.87 
 
 
341 aa  114  2e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  4.23856e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1243  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  37.62 
 
 
233 aa  114  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  3.23865e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1863  cobalt transport protein CbiM  28.49 
 
 
352 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.292788  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0330  cobalt transport protein CbiM  31.3 
 
 
325 aa  106  5e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0492  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.74 
 
 
337 aa  102  7e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.267913  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0557  cobalamin biosynthesis protein CbiM, putative  35.39 
 
 
326 aa  100  4e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1116  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  37.56 
 
 
238 aa  100  5e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0062  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.77 
 
 
213 aa  88.6  1e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000311798  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2305  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  34.48 
 
 
210 aa  84.3  3e-15  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.707195 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4182  cobalt transport protein CbiM  32.89 
 
 
251 aa  81.6  2e-14  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3892  cobalt transport protein CbiM  33.79 
 
 
256 aa  80.9  3e-14  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.885543 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2620  cobalt transport protein CbiM  33.52 
 
 
247 aa  80.5  4e-14  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3139  cobalt transport protein CbiM  34.86 
 
 
204 aa  79.7  6e-14  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3808  cobalt transport protein CbiM  33.64 
 
 
245 aa  79.3  8e-14  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2033  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.78 
 
 
217 aa  78.2  2e-13  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0580  cobalt transport protein CbiM  30.99 
 
 
229 aa  78.2  2e-13  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0647937  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1951  cobalt transport protein CbiM  33.17 
 
 
211 aa  77  4e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70301  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2022  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.1 
 
 
197 aa  75.9  8e-13  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  9.20884e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0712  cobalamin biosynthesis protein CbiM  26.15 
 
 
235 aa  75.1  1e-12  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1545  cobalt transport protein CbiM  32.74 
 
 
246 aa  74.3  2e-12  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  2.21341e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1959  cobalt transport protein CbiM  32.27 
 
 
208 aa  73.9  3e-12  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2731  cobalamin biosynthesis protein CbiM  30.04 
 
 
250 aa  74.3  3e-12  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.480074  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3004  cobalt transport protein CbiM  29.26 
 
 
321 aa  74.3  3e-12  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2801  ABC type permease  35.22 
 
 
225 aa  73.9  4e-12  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1060  cobalt transport protein CbiM  33.14 
 
 
254 aa  73.9  4e-12  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.127032  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0790  cobalt transport protein CbiM  30.52 
 
 
225 aa  73.6  4e-12  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1702  cobalamin biosynthesis protein CbiM  27.91 
 
 
231 aa  72.8  7e-12  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.254913  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1365  cobalt transport protein CbiM  34.29 
 
 
211 aa  72  1e-11  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1321  cobalt transport protein CbiM  34.29 
 
 
211 aa  72  1e-11  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3500  cobalt transport protein CbiM  31.34 
 
 
211 aa  71.6  2e-11  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0725  cobalt transport protein CbiM  29.58 
 
 
225 aa  70.9  3e-11  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.145999 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3207  cobalt transport protein CbiM  34.12 
 
 
205 aa  70.5  4e-11  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0927  cobalamin biosynthesis protein CbiM  35.19 
 
 
250 aa  69.7  7e-11  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.326506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>