148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0156 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0101  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000553926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0156    100 
 
 		 1819 bp  3606    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00432374  normal  0.387266 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0157  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00114927  normal  0.566503 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0247  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.186858  normal  0.0408737 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0302  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.140022  normal  0.385291 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0539  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0478326  normal  0.495347 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0635  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000109907  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0751  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.0000000459793  hitchhiker  0.00109121 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0834  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000820934  unclonable  0.0000181731 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1220    100 
 
 		 1955 bp  2236    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000904356  normal  0.888185 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1221  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000020949  normal  0.773505 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1383  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000158375  hitchhiker  0.00331132 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1477  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136224  normal  0.749326 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1873  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00916179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2345  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2390  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.082083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3274  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000259909  normal  0.167835 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3381    99.91 
 
 		 3271 bp  2228    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00173664  hitchhiker  0.0095813 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3382  transposase, IS4 family protein  99.91 
 
 		 1058 bp  2089    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000182437  hitchhiker  0.00538438 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3389  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00141638  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3833  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000106831 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4033  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000656142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4083  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0538175  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4095  transposase, IS4 family protein  100 
 
 		 1058 bp  2097    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00617588  normal  0.763291 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0443    94.37 
 
 		 1708 bp  464  9.999999999999999e-129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000207672  normal  0.0506116 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0445  hypothetical protein  89.33 
 
 		 462 bp  458  1.0000000000000001e-126  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000109917  normal  0.0348791 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0694  ABC transporter related  84.57 
 
 		 693 bp  359  2e-96  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00813244  hitchhiker  0.000136942 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0068  ABC transporter related protein  81.82 
 
 		 747 bp  89.7  0.000000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0267  ABC transporter related  94.55 
 
 		 834 bp  85.7  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.481305  normal  0.0672685 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1252  ABC transporter related  90.91 
 
 		 705 bp  83.8  0.0000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.252759 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0009  ABC transporter related  81.34 
 
 		 726 bp  67.9  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.788883  hitchhiker  0.00117724 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1167  ABC transporter related  85.71 
 
 		 708 bp  65.9  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0222  ABC transporter related  91.84 
 
 		 744 bp  65.9  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.256244  hitchhiker  0.00918813 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1006  ABC transporter related protein  95 
 
 		 1950 bp  63.9  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3629  ABC transporter related  90.2 
 
 		 690 bp  61.9  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000379324  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0268  ABC transporter related  89.09 
 
 		 834 bp  61.9  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000875319 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1206  ABC transporter-like  92.86 
 
 		 765 bp  60  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5678  ABC transporter related  87.93 
 
 		 1068 bp  60  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.992256  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03977  phosphonate/organophosphate ester transporter subunit  91.11 
 
 		 789 bp  58  0.000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03938  hypothetical protein  91.11 
 
 		 789 bp  58  0.000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3142  ABC transporter related protein  91.11 
 
 		 726 bp  58  0.000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4607    91.11 
 
 		 788 bp  58  0.000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4346  phosphonate/organophosphate ester transporter subunit  91.11 
 
 		 789 bp  58  0.000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4659  phosphonate/organophosphate ester transporter subunit  91.11 
 
 		 789 bp  58  0.000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3921  phosphonate/organophosphate ester transporter subunit  91.11 
 
 		 789 bp  58  0.000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1040  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  96.88 
 
 		 1947 bp  56  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.38089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3852  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  89.58 
 
 		 1077 bp  56  0.00004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.429907  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1060  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  96.88 
 
 		 1947 bp  56  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.964805  normal  0.854638 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2760  ABC transporter related  90.91 
 
 		 810 bp  56  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.335106  hitchhiker  0.0095726 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0769  ABC transporter related  92.5 
 
 		 1953 bp  56  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2361  ABC transporter-related protein  92.5 
 
 		 762 bp  56  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2390  ABC transporter related  90.91 
 
 		 732 bp  56  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1009  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  96.88 
 
 		 1947 bp  56  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.351129  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1791  ABC transporter related protein  89.58 
 
 		 771 bp  56  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.319605  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0955  ABC transporter related protein  88.24 
 
 		 723 bp  54  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0487401  normal  0.0166931 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2521  ABC transporter related  94.29 
 
 		 708 bp  54  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2071  ABC transporter related  89.36 
 
 		 1089 bp  54  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.71771  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3014  ABC transporter related  90.7 
 
 		 759 bp  54  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.101758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0908  ABC transporter related  90.7 
 
 		 708 bp  54  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2698  ABC transporter related  90.7 
 
 		 795 bp  54  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1702  arginine transporter ATP-binding subunit  92.31 
 
 		 750 bp  54  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0357255  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2990  hypothetical protein  94.12 
 
 		 707 bp  52  0.0006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2850  hypothetical protein  94.12 
 
 		 690 bp  52  0.0006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5462  ABC transporter-like  89.13 
 
 		 738 bp  52  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220476 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1803  ATPase  88 
 
 		 1950 bp  52  0.0006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00610246 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1305  ATPase  94.12 
 
 		 1611 bp  52  0.0006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0386  ABC transporter related  90.48 
 
 		 747 bp  52  0.0006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3216  ABC transporter related  86.21 
 
 		 1086 bp  52  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1438  ABC transporter related  92.11 
 
 		 732 bp  52  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2271  ABC transporter related  94.12 
 
 		 777 bp  52  0.0006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000137949 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0599  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  92.11 
 
 		 1704 bp  52  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.741519  normal  0.106218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1966  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  82.22 
 
 		 702 bp  52  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00198197  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0253  ABC transporter related  88 
 
 		 690 bp  52  0.0006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.588254 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2806  ABC transporter related protein  100 
 
 		 744 bp  52  0.0006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.237976 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4070  ABC transporter related  85.48 
 
 		 2175 bp  52  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00000105324  normal  0.180346 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2649  ABC transporter related  94.12 
 
 		 783 bp  52  0.0006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.13027  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2005  ABC transporter related  90.48 
 
 		 1137 bp  52  0.0006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.833855  normal  0.0467613 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3450  ABC transporter related  85.48 
 
 		 1155 bp  52  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.622564  normal  0.365938 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6364  phosphonate ABC transporter, ATP-binding protein  92.11 
 
 		 828 bp  52  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0620834  normal  0.857375 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4296  ABC transporter related  84.29 
 
 		 729 bp  52  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0438871  normal  0.557698 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2630  ABC transporter related  90.48 
 
 		 1137 bp  52  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0792503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27170  amino acid ABC transporter ATP-binding protein  89.13 
 
 		 807 bp  52  0.0006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1773  ABC transporter related  89.13 
 
 		 759 bp  52  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0321  ABC transporter related  88 
 
 		 816 bp  52  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0586621 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6039  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  89.13 
 
 		 1188 bp  52  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292434  hitchhiker  0.00935557 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3313  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  87.76 
 
 		 1509 bp  50.1  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.571004  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4487  ABC transporter related protein  96.55 
 
 		 1143 bp  50.1  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.211765  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1382  polar amino acid ABC transporter ATPase  90.24 
 
 		 804 bp  50.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.282532  normal  0.874451 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1042  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  88.89 
 
 		 1068 bp  50.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0170914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0211  ABC transporter related  86.79 
 
 		 771 bp  50.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2609  ABC transporter related  86.79 
 
 		 681 bp  50.1  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26210  ATP-binding component of histidine transport  87.76 
 
 		 768 bp  50.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0271347  normal  0.649708 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0747  ABC transporter related  86.79 
 
 		 666 bp  50.1  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5964  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  90.24 
 
 		 792 bp  50.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1216  ABC transporter related  88.89 
 
 		 738 bp  50.1  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5619  phosphonate/organophosphate ester transporter subunit  88.89 
 
 		 789 bp  50.1  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1821  ABC transporter-related protein  90.24 
 
 		 672 bp  50.1  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.373636  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1173  ABC transporter, ATP-binding protein  82.02 
 
 		 702 bp  50.1  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0739  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  90.24 
 
 		 810 bp  50.1  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2453  ABC transporter related  90.24 
 
 		 753 bp  50.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0640162  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>