More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0050 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  100 
 
 
404 aa  816    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  77.56 
 
 
402 aa  656    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  77.81 
 
 
402 aa  651    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  63.64 
 
 
404 aa  537  1e-151  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  63.71 
 
 
398 aa  518  1e-146  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2861  Formyl-CoA transferase  61.11 
 
 
410 aa  497  1e-139  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.744926  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  57.97 
 
 
399 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.12 
 
 
398 aa  490  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1234  Formyl-CoA transferase  59.16 
 
 
402 aa  481  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3718  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.61 
 
 
402 aa  470  1.0000000000000001e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3276  hypothetical protein  58.73 
 
 
400 aa  465  9.999999999999999e-131  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0174  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  57.72 
 
 
400 aa  457  1e-127  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.39 
 
 
397 aa  426  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1386  hypothetical protein  51 
 
 
399 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0255273  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3391  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.01 
 
 
399 aa  424  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0953  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.53 
 
 
384 aa  423  1e-117  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.66 
 
 
397 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16130  hypothetical protein  50.62 
 
 
409 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3113  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.87 
 
 
399 aa  418  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.75 
 
 
399 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.698652 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1380  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.64 
 
 
401 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  normal  0.260314 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1444  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.64 
 
 
401 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.141686  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0856  Formyl-CoA transferase  53.02 
 
 
399 aa  418  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5093  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.41 
 
 
397 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.432845 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1473  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.61 
 
 
411 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1080  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.5 
 
 
399 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6977  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.86 
 
 
397 aa  412  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.862151  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.13 
 
 
399 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.13 
 
 
399 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.11 
 
 
397 aa  410  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.64 
 
 
421 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0829746  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.26 
 
 
401 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.51 
 
 
396 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.25 
 
 
396 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.88 
 
 
401 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  51.89 
 
 
401 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.26 
 
 
401 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1735  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.76 
 
 
401 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0615326 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.13 
 
 
396 aa  402  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.25 
 
 
396 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5025  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.95 
 
 
396 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.422666  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.25 
 
 
396 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.51 
 
 
396 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.51 
 
 
401 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176134  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  52.63 
 
 
401 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.75 
 
 
401 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  52.63 
 
 
401 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  52.63 
 
 
401 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  52.89 
 
 
401 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1314  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.09 
 
 
397 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.75 
 
 
401 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126904  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3268  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.33 
 
 
391 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304167  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2745  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.98 
 
 
418 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  52.63 
 
 
401 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1663  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.25 
 
 
396 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  52.63 
 
 
401 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2358  hypothetical protein  49.63 
 
 
413 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0628874  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1829  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.51 
 
 
413 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.198369 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3975  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.64 
 
 
408 aa  399  9.999999999999999e-111  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.36423  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  52.63 
 
 
401 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1197  hypothetical protein  50.25 
 
 
405 aa  396  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.71679  normal  0.667677 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1033  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.47 
 
 
399 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.914753 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  47.57 
 
 
418 aa  397  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0294  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.48 
 
 
406 aa  393  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.316386 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.22 
 
 
405 aa  392  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.423527  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  47.51 
 
 
411 aa  395  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.61 
 
 
396 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.296049  normal  0.127031 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0872  Formyl-CoA transferase  46.56 
 
 
397 aa  390  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00148474  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1133  Formyl-CoA transferase  49.25 
 
 
402 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.55814 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3894  CAIB/BAIF family protein  47.85 
 
 
396 aa  388  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0523257  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.78 
 
 
433 aa  387  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.36 
 
 
398 aa  386  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2872  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.55 
 
 
406 aa  383  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.618828  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2108  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.97 
 
 
398 aa  383  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  46.68 
 
 
405 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2359  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.55 
 
 
406 aa  384  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.433272  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1041  Formyl-CoA transferase  48.74 
 
 
402 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3446  Formyl-CoA transferase  49.62 
 
 
415 aa  381  1e-104  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0346  Formyl-CoA transferase  46.1 
 
 
412 aa  375  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4465  Formyl-CoA transferase  48.99 
 
 
400 aa  375  1e-103  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.115324 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1895  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.49 
 
 
400 aa  371  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2722  hypothetical protein  48.22 
 
 
406 aa  374  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.835037 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2318  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47 
 
 
420 aa  365  1e-99  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1559  Formyl-CoA transferase  47.34 
 
 
399 aa  363  3e-99  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1613  Formyl-CoA transferase  46.84 
 
 
399 aa  360  3e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.860453 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1589  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.84 
 
 
399 aa  360  3e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0540324  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1923  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.64 
 
 
413 aa  356  5e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0990  putative carnitine dehydratase  44.44 
 
 
396 aa  353  4e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.45 
 
 
408 aa  346  5e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2775  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.88 
 
 
413 aa  345  1e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1331  Formyl-CoA transferase  45.14 
 
 
452 aa  344  2e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277298 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26000  CAIB/BAIF family protein  50.16 
 
 
313 aa  337  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0909  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.61 
 
 
479 aa  325  6e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.756109  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4175  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.46 
 
 
406 aa  325  9e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3030  CAIB/BAIF family protein  42.64 
 
 
420 aa  323  2e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1262  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  42.64 
 
 
416 aa  323  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.405866  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2227  CAIB/BAIF family protein  42.39 
 
 
412 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.81 
 
 
405 aa  321  9.999999999999999e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.397198  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6186  Formyl-CoA transferase  43.29 
 
 
386 aa  319  5e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101384  normal  0.961037 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6300  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.1 
 
 
399 aa  318  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>