More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_R0010 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_R0010  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00010521  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS03940  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0026  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0368817  normal  0.25242 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0023  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205789  normal  0.0373381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0027  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0686525  normal  0.260083 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0022  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.136375  normal  0.0369046 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0052  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0858392  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03939  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0014  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0042  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  2.38456e-09  normal  0.634383 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0039  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0034  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0016  tRNA-Met  98.68 
 
 
77 bp  143  7e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.69639  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna34  tRNA-Met  98.68 
 
 
77 bp  143  7e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.775098  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0046  tRNA-Met  98.68 
 
 
77 bp  143  7e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.363544  normal  0.0435272 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0014  tRNA-Met  98.68 
 
 
77 bp  143  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0035  tRNA-Met  98.68 
 
 
77 bp  143  7e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.575749  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0016  tRNA-Met  98.68 
 
 
77 bp  143  7e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0676778  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0023  tRNA-Met  98.68 
 
 
77 bp  143  7e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.247152  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0069  tRNA-Met  98.68 
 
 
77 bp  143  7e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0068  tRNA-Met  98.68 
 
 
77 bp  143  7e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0034  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.544535 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0113  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000187631  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0046  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2677  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0031  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0064  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0090  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419074  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0046  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.140483  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0043  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0076  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0262196  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0056  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0047  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.808514  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0060  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0040  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.321259 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0078  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  6.12862e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0390  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3081  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1813  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2621  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1829  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0772  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1510  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.268798  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0058  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263555  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2238  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869817  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1732  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0026  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0305546  normal  0.617665 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4991  tRNA-Met  97.4 
 
 
79 bp  137  4e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0044  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.3828  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0068  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0019  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.119121  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5022  tRNA-Met  97.4 
 
 
79 bp  137  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00192595  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0127  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00272429  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0105  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0093247  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0057  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1982  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0052  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.491192  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0060  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80591  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5720  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0159176  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0073  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0042  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-4  tRNA-Met  97.4 
 
 
80 bp  137  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00179817  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-5  tRNA-Met  97.4 
 
 
80 bp  137  4e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.996221  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0070  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.770554  normal  0.621408 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0060  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189075  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0046  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-5  tRNA-Met  97.4 
 
 
80 bp  137  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  5.20832e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-4  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0023  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  3.39625e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2752  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2507  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1857  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-6  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00021362  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0030  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.299355 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0024  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  1.57655e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0056  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.401301  normal  0.029437 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0047  tRNA-Met  97.37 
 
 
77 bp  135  2e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0078  tRNA-Met  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0068  tRNA-Met  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0054  tRNA-Met  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0013  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.474812  normal  0.0245771 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0052  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0027  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0920329  hitchhiker  0.000285559 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0030  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0062  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0039  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0014  tRNA-Met  97.4 
 
 
76 bp  129  1e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0030  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00091315  normal  0.388606 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0029  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.65135e-06 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0022  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  1.59989e-13  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0086  tRNA-Met  97.4 
 
 
76 bp  129  1e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0019  tRNA-Met  97.4 
 
 
76 bp  129  1e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0324694  normal  0.0212218 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0042  tRNA-Met  97.4 
 
 
76 bp  129  1e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.324618  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0058  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  4.07746e-08  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0024  tRNA-Met  97.4 
 
 
76 bp  129  1e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0898053 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0013  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.105797  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0020  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.798024  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0026  tRNA-Met  97.4 
 
 
76 bp  129  1e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  6.52648e-26  unclonable  4.88908e-08 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0007  tRNA-Met  97.4 
 
 
76 bp  129  1e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>