141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6299 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007972  Rmet_6299  conjugation TrbI-like protein  100 
 
 		 414 aa  835    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.627257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1528  conjugation TrbI family protein  52.68 
 
 		 403 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5193  conjugation TrbI family protein  52.68 
 
 		 403 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5547  conjugation TrbI family protein  39.34 
 
 		 424 aa  228  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0167146 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6569  conjugation TrbI family protein  39.08 
 
 		 419 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5412  conjugation TrbI family protein  43.78 
 
 		 447 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525455  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5007  conjugation TrbI family protein  43.78 
 
 		 447 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.14472  normal  0.964803 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  42.7 
 
 		 483 aa  146  7.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  41.05 
 
 		 473 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  41.05 
 
 		 473 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  40.53 
 
 		 472 aa  140  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  35.45 
 
 		 422 aa  138  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  36.44 
 
 		 335 aa  136  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  37.67 
 
 		 410 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  36.17 
 
 		 431 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4756  conjugation TrbI family protein  44 
 
 		 444 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.745717 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  33.33 
 
 		 430 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  36.87 
 
 		 446 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  39.04 
 
 		 437 aa  127  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  28.81 
 
 		 466 aa  127  5e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  34.73 
 
 		 433 aa  126  6e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4252  conjugation TrbI-like protein  38.03 
 
 		 440 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1508  conjugal transfer protein trbI  32.47 
 
 		 392 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187408  normal  0.430522 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  36.22 
 
 		 400 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  36.07 
 
 		 400 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  31.65 
 
 		 426 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  38.25 
 
 		 439 aa  124  4e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  29.9 
 
 		 400 aa  124  4e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  37.3 
 
 		 411 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  32.43 
 
 		 459 aa  120  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  33.33 
 
 		 437 aa  119  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2511  conjugation TrbI family protein  36.1 
 
 		 490 aa  119  9e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26137  normal  0.383909 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  31.93 
 
 		 424 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  36.84 
 
 		 445 aa  117  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  37.04 
 
 		 418 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  35.05 
 
 		 402 aa  117  5e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  32.72 
 
 		 422 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  34.03 
 
 		 395 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  35.39 
 
 		 421 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  34.43 
 
 		 414 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  31.56 
 
 		 427 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3700  conjugation TrbI family protein  32.52 
 
 		 405 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  31.1 
 
 		 423 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  35.87 
 
 		 383 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  35.16 
 
 		 424 aa  112  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  32.98 
 
 		 402 aa  111  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4239  conjugation TrbI family protein  34.22 
 
 		 432 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.518635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  34.76 
 
 		 428 aa  110  4.0000000000000004e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  34.07 
 
 		 426 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  32.65 
 
 		 397 aa  110  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  35.64 
 
 		 388 aa  110  5e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0075  conjugal transfer protein TrbI  34.44 
 
 		 190 aa  110  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766506  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  34.07 
 
 		 425 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  34.81 
 
 		 430 aa  108  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  31.45 
 
 		 399 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  34.05 
 
 		 402 aa  108  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  35.98 
 
 		 399 aa  108  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  33.01 
 
 		 439 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  35.11 
 
 		 411 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0604  conjugation TrbI family protein  35.52 
 
 		 415 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  34.92 
 
 		 396 aa  107  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1843  conjugation TrbI family protein  33.51 
 
 		 431 aa  107  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.851946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  32.97 
 
 		 423 aa  106  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3695  conjugation TrbI family protein  33.16 
 
 		 425 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.856917 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  32.97 
 
 		 425 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  31.09 
 
 		 420 aa  105  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  31.65 
 
 		 427 aa  105  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  32.97 
 
 		 422 aa  105  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2359  conjugation TrbI family protein  33.52 
 
 		 427 aa  105  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.412444 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  33.51 
 
 		 401 aa  104  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  34.04 
 
 		 394 aa  103  5e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  34.04 
 
 		 394 aa  103  5e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2276  conjugation TrbI family protein  35.68 
 
 		 384 aa  103  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.125244  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1148  conjugation TrbI family protein  31.22 
 
 		 412 aa  102  9e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  32.98 
 
 		 401 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1004  conjugation TrbI family protein  31.95 
 
 		 386 aa  101  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2477  conjugation TrbI-like protein  34.59 
 
 		 393 aa  100  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.260778  normal  0.292469 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3497  conjugation TrbI family protein  31.87 
 
 		 423 aa  101  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  31.87 
 
 		 423 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000167509  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  33.51 
 
 		 391 aa  100  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1711  conjugation TrbI family protein  33.69 
 
 		 428 aa  100  5e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000031555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 		 375 aa  100  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1475  conjugation TrbI family protein  33.69 
 
 		 373 aa  100  7e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0309  conjugation TrbI-like protein  35.48 
 
 		 398 aa  98.2  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2035  conjugation TrbI family protein  31.84 
 
 		 399 aa  97.4  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  30.57 
 
 		 467 aa  96.7  7e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  26.78 
 
 		 388 aa  95.1  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5214  conjugation TrbI family protein  34.36 
 
 		 408 aa  94.7  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5367  conjugation TrbI family protein  30 
 
 		 418 aa  94  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196515  normal  0.456411 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0259  conjugation TrbI family protein  39.15 
 
 		 469 aa  92.8  9e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.089272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  29.52 
 
 		 465 aa  92.4  1e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1395  conjugation TrbI family protein  39.15 
 
 		 486 aa  92.4  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  34.76 
 
 		 445 aa  91.3  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  30.77 
 
 		 402 aa  91.3  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  31.88 
 
 		 403 aa  89.7  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  29.67 
 
 		 406 aa  87  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  27.69 
 
 		 410 aa  84.7  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  34.17 
 
 		 363 aa  82.8  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3647  conjugation TrbI family protein  30.46 
 
 		 459 aa  81.3  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0441061 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0060  type IV secretion system protein VirB10  29.47 
 
 		 391 aa  80.5  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>