86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6265 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007972  Rmet_6265  hypothetical protein  100 
 
 		 80 aa  164  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1221  modification methylase, putative  71.83 
 
 		 204 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000763333  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4984  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  66.67 
 
 		 412 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.677083  normal  0.015231 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3185  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  51.72 
 
 		 394 aa  69.3  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1044  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  49.12 
 
 		 330 aa  62.8  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.268595  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5389  DNA methylase N-4/N-6  49.21 
 
 		 355 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.352939 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1593  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  52.94 
 
 		 308 aa  61.2  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0446322  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0454  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  48.28 
 
 		 329 aa  60.8  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.558336  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3519  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  45.76 
 
 		 331 aa  59.7  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000244279  normal  0.486943 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0277  hypothetical protein  41.1 
 
 		 413 aa  58.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.294361  normal  0.0427595 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4481  DNA methylase N-4/N-6  43.75 
 
 		 416 aa  59.3  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0407  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  48 
 
 		 338 aa  57.4  0.00000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0646308  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2576  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  47.37 
 
 		 313 aa  55.8  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.304507 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3337  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  45.76 
 
 		 345 aa  55.8  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.149909  unclonable  0.0000000199825 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3014  DNA methylase N-4/N-6  44.07 
 
 		 301 aa  54.7  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.718378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4304  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  47.73 
 
 		 874 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4803  DNA methylase  48.94 
 
 		 322 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2332  DNA adenine methylase CcrM  52 
 
 		 344 aa  47.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.160434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4576  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  52.27 
 
 		 382 aa  47  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1218  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  47.46 
 
 		 376 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2603  DNA methylase N-4/N-6  50 
 
 		 376 aa  46.2  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.592749  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6856  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  40.68 
 
 		 313 aa  45.8  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0555121 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1474  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  45.9 
 
 		 368 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.180864  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3217  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  40.68 
 
 		 471 aa  45.8  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.77024  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4366  DNA methylase N-4/N-6  50 
 
 		 377 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.436205  normal  0.0199247 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3225  DNA methylase N-4/N-6  48 
 
 		 376 aa  45.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1826  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  46.67 
 
 		 460 aa  45.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.478282 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0534  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  38 
 
 		 239 aa  45.1  0.0004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000146587 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4974  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  38.78 
 
 		 597 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4184  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35.59 
 
 		 350 aa  43.9  0.0008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0040014  hitchhiker  0.000116244 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0936  adenine specific DNA methylase MOD  42.22 
 
 		 577 aa  43.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000403504  normal  0.65434 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0541  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  40.98 
 
 		 398 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0336098  normal  0.888289 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0844  hypothetical protein  38.98 
 
 		 441 aa  43.5  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.506962 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3505  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  42.42 
 
 		 398 aa  43.5  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.602417 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0710  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  48 
 
 		 396 aa  43.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.256759 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0965  DNA methylase N-4/N-6  42.62 
 
 		 379 aa  43.5  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1200  DNA methylase N-4/N-6  48 
 
 		 377 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3557  putative methyltransferase  31.33 
 
 		 294 aa  42.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00430538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3376  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  43.08 
 
 		 370 aa  42.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3343  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  48.78 
 
 		 369 aa  42.4  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00148167  hitchhiker  0.00000416126 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3803  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  53.12 
 
 		 566 aa  42  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2277  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  47.5 
 
 		 421 aa  42.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0946567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0283  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  36.07 
 
 		 292 aa  42.4  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1468  site-specific DNA-methyltransferase  34.52 
 
 		 372 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.661815  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1073  DNA methylase N-4/N-6  48 
 
 		 377 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.981822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2193  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  48.98 
 
 		 359 aa  42.4  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6933  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  43.1 
 
 		 327 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0266817  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0119  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.52 
 
 		 372 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.222875  normal  0.070794 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2231  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  48.78 
 
 		 369 aa  42.7  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0921492  hitchhiker  0.000652955 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2518  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  44.44 
 
 		 464 aa  42.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6611  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  38.33 
 
 		 396 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3656  adenine specific DNA methylase Mod  53.12 
 
 		 567 aa  41.6  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000129355  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2756  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  56.25 
 
 		 311 aa  42  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3645  putative methyltransferase  31.33 
 
 		 294 aa  42  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000318659  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3747  putative methyltransferase  31.33 
 
 		 294 aa  41.6  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000140856  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52350  adenine specific DNA methylase N-4/N-6  53.12 
 
 		 560 aa  41.2  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03120  predicted methyltransferase  31.33 
 
 		 294 aa  41.6  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.753742  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03071  hypothetical protein  31.33 
 
 		 294 aa  41.6  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4579  putative methyltransferase  31.33 
 
 		 294 aa  41.6  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0026019  normal  0.14101 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0444  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.33 
 
 		 294 aa  41.6  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00573028  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1840  DNA methylase N-4/N-6  48.84 
 
 		 380 aa  41.2  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0373756  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0066  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.52 
 
 		 372 aa  41.2  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.711822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4169  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  53.12 
 
 		 553 aa  41.6  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3455  putative methyltransferase  31.33 
 
 		 294 aa  41.6  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000495763  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0444  putative methyltransferase  31.33 
 
 		 294 aa  41.6  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0634628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2649  DNA methylase N-4/N-6  38.24 
 
 		 389 aa  41.6  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1029  gp56  54.05 
 
 		 378 aa  41.2  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0905816  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0197  hypothetical protein  56.25 
 
 		 646 aa  41.2  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3181  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  52.5 
 
 		 398 aa  41.2  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3210  DNA methylase N-4/N-6  37.31 
 
 		 367 aa  41.2  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0132  putative methylase  43.9 
 
 		 225 aa  41.2  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000100441 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3340  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  38.71 
 
 		 347 aa  40.8  0.006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000107199  hitchhiker  0.000000355353 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3164  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  37.7 
 
 		 225 aa  40.8  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0356148  normal  0.905473 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0120  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  41.82 
 
 		 225 aa  40.8  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0225106 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1670  DNA methylase  54.05 
 
 		 378 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000519085  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4367  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  53.12 
 
 		 358 aa  40.8  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.721631 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2238  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  35.53 
 
 		 304 aa  40.8  0.006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000832138  hitchhiker  0.0000505476 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0719  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  61.29 
 
 		 368 aa  40.8  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1597  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  44.9 
 
 		 379 aa  40.8  0.006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.111041 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1246  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.69 
 
 		 293 aa  40.8  0.006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0940338  hitchhiker  0.00345461 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4286  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  56.25 
 
 		 447 aa  40.8  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0790  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.69 
 
 		 293 aa  40.4  0.008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3216  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  45 
 
 		 425 aa  40.4  0.008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.676977  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0750  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  44.9 
 
 		 395 aa  40.4  0.008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.296291  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2654  prophage LambdaMc01, DNA methyltransferase  38.98 
 
 		 447 aa  40  0.009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0004  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  38.6 
 
 		 396 aa  40.4  0.009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.0090313 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>