50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6253 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007972  Rmet_6253  phage integrase  100 
 
 
552 aa  1135    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7359  phage integrase  36.49 
 
 
579 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88342  normal  0.88087 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1211  hypothetical protein  27.06 
 
 
548 aa  185  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643556  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3482  hypothetical protein  24.53 
 
 
545 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3443  hypothetical protein  24.53 
 
 
545 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3610  hypothetical protein  28.91 
 
 
559 aa  170  7e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0098  hypothetical protein  26.53 
 
 
538 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4321  hypothetical protein  30.7 
 
 
330 aa  120  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6754  hypothetical protein  22.94 
 
 
633 aa  98.2  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6273  hypothetical protein  23.98 
 
 
633 aa  94  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.751843  normal  0.444824 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3163  hypothetical protein  24.28 
 
 
602 aa  77.8  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.738774  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4230  hypothetical protein  26.09 
 
 
600 aa  73.6  0.000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0804  hypothetical protein  29.52 
 
 
613 aa  72.4  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3930  hypothetical protein  26.87 
 
 
595 aa  70.1  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7314  hypothetical protein  21.89 
 
 
603 aa  69.3  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.528529  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1470  hypothetical protein  21.89 
 
 
603 aa  69.3  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0264078  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0267  hypothetical protein  21.89 
 
 
603 aa  69.3  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3329  hypothetical protein  21.89 
 
 
603 aa  69.3  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3036  hypothetical protein  23.12 
 
 
595 aa  68.9  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.815959 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7405  hypothetical protein  21.89 
 
 
603 aa  69.3  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0404816  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7707  hypothetical protein  21.89 
 
 
603 aa  69.3  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.26795  normal  0.141664 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0529  hypothetical protein  23.12 
 
 
595 aa  68.9  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.130758  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4985  hypothetical protein  23.12 
 
 
595 aa  68.9  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0190  phage integrase family protein  21.71 
 
 
698 aa  67  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00182049  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7365  hypothetical protein  27.87 
 
 
599 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5046  phage integrase family protein  24.81 
 
 
792 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4143  hypothetical protein  29.82 
 
 
594 aa  63.2  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5719  hypothetical protein  24.69 
 
 
323 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.623713  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6208  hypothetical protein  26.38 
 
 
560 aa  57.4  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5715  hypothetical protein  24.24 
 
 
324 aa  52.8  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.386341  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4399  hypothetical protein  23.87 
 
 
429 aa  48.9  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4261  hypothetical protein  23.87 
 
 
584 aa  48.9  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0167  hypothetical protein  30.11 
 
 
629 aa  47.4  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1201  phage integrase  38.1 
 
 
301 aa  47  0.0009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0529826  normal  0.150621 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0912  integrase/recombinase  41.86 
 
 
304 aa  45.8  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0261382  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00538  hypothetical protein  29.07 
 
 
582 aa  46.2  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1914  integrase/recombinase  41.86 
 
 
304 aa  45.8  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00100079  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3796  phage integrase family protein  41.86 
 
 
304 aa  45.8  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2709  integrase family protein  58.82 
 
 
210 aa  45.4  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000251547  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1268  integrase family protein  50.94 
 
 
353 aa  44.7  0.004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4885  hypothetical protein  26.25 
 
 
617 aa  44.7  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.925702  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0843  phage integrase family site specific recombinase  61.29 
 
 
354 aa  43.9  0.007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00824905  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0070  site-specific recombinase, phage integrase family protein  22.53 
 
 
784 aa  43.9  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0879  phage integrase family site specific recombinase  61.29 
 
 
354 aa  43.5  0.009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.159654  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0950  phage integrase family site specific recombinase  61.29 
 
 
354 aa  43.5  0.009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0218535  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1012  phage integrase family site specific recombinase  61.29 
 
 
354 aa  43.9  0.009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000959514  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0052  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.16 
 
 
329 aa  43.9  0.009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.578512  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2090  transport protein  61.29 
 
 
353 aa  43.5  0.01  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0326537  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0105  hydrogenase expression/formation protein  61.29 
 
 
354 aa  43.5  0.01  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1698  integrase family protein  24.57 
 
 
314 aa  43.5  0.01  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.23599  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>