More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6127 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007971  Rmet_6127  porin  100 
 
 		 355 aa  707    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  76.12 
 
 		 355 aa  558  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  76.12 
 
 		 355 aa  558  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  72.39 
 
 		 355 aa  542  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  52.17 
 
 		 367 aa  355  8.999999999999999e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  52.62 
 
 		 402 aa  342  5.999999999999999e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  51.25 
 
 		 354 aa  341  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  54.62 
 
 		 353 aa  339  5e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  50.83 
 
 		 401 aa  336  3.9999999999999995e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  53.46 
 
 		 352 aa  331  1e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  50.14 
 
 		 386 aa  324  1e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  50.14 
 
 		 386 aa  323  2e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  49.72 
 
 		 379 aa  323  3e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  49.46 
 
 		 371 aa  321  9.999999999999999e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  51.56 
 
 		 379 aa  318  1e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  50.14 
 
 		 374 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  51.43 
 
 		 368 aa  312  5.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  48.92 
 
 		 368 aa  311  9e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  48.48 
 
 		 358 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  48.41 
 
 		 356 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  48.25 
 
 		 352 aa  305  6e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  43.36 
 
 		 362 aa  293  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  45.31 
 
 		 383 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  46.8 
 
 		 377 aa  287  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  43.43 
 
 		 383 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  43.43 
 
 		 383 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  43.43 
 
 		 383 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  43.43 
 
 		 383 aa  281  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  45.19 
 
 		 383 aa  280  3e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  41.72 
 
 		 354 aa  266  5e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  41.72 
 
 		 354 aa  266  5e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  40.23 
 
 		 357 aa  259  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  44.41 
 
 		 351 aa  258  9e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  44.54 
 
 		 353 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  48.03 
 
 		 273 aa  250  3e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  40.76 
 
 		 387 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  42.05 
 
 		 367 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  40.49 
 
 		 358 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  42.65 
 
 		 353 aa  232  7.000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  40.61 
 
 		 361 aa  230  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  39.57 
 
 		 354 aa  229  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  41.36 
 
 		 393 aa  229  5e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  41.13 
 
 		 392 aa  229  7e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  41.13 
 
 		 392 aa  229  7e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  41.44 
 
 		 363 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  41.44 
 
 		 449 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  41.44 
 
 		 363 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  41.16 
 
 		 363 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  41.16 
 
 		 363 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  41.16 
 
 		 363 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  40.88 
 
 		 363 aa  222  8e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  40.33 
 
 		 387 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  39.63 
 
 		 386 aa  216  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  37.6 
 
 		 389 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  39.69 
 
 		 388 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  40 
 
 		 363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  40.8 
 
 		 392 aa  212  7e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  39.85 
 
 		 387 aa  212  9e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  38.23 
 
 		 386 aa  210  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  40.4 
 
 		 363 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  40.33 
 
 		 350 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  40.92 
 
 		 367 aa  207  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  40.23 
 
 		 363 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  40.05 
 
 		 391 aa  206  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  39.49 
 
 		 363 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  39.49 
 
 		 363 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  39.66 
 
 		 363 aa  203  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  38.76 
 
 		 413 aa  203  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  40 
 
 		 363 aa  199  5e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  37.84 
 
 		 379 aa  199  6e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  38.3 
 
 		 384 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  36.98 
 
 		 398 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  37.85 
 
 		 376 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  38.24 
 
 		 363 aa  192  8e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  38.87 
 
 		 364 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  35.13 
 
 		 363 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  38.73 
 
 		 381 aa  191  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  37.93 
 
 		 365 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  40.38 
 
 		 381 aa  190  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  38.01 
 
 		 377 aa  190  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  38.01 
 
 		 377 aa  190  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  38.01 
 
 		 377 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  37.76 
 
 		 377 aa  189  8e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  37.76 
 
 		 377 aa  189  8e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  37.76 
 
 		 377 aa  189  8e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  37.76 
 
 		 377 aa  189  8e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  38.17 
 
 		 378 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  37.04 
 
 		 372 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  37.24 
 
 		 378 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  36.92 
 
 		 373 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  36.92 
 
 		 373 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  36.92 
 
 		 373 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3196  outer membrane protein (porin)  36.29 
 
 		 361 aa  182  7e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00143868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  34.84 
 
 		 379 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  37.8 
 
 		 373 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  36.08 
 
 		 385 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  37.8 
 
 		 384 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  37.53 
 
 		 384 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  38.31 
 
 		 363 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  36.41 
 
 		 357 aa  179  8e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>