More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5916 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 286 aa  576  1.0000000000000001e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  55.6 
 
 		 305 aa  297  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 305 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  52.84 
 
 		 294 aa  290  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  55.2 
 
 		 304 aa  289  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 305 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  52.82 
 
 		 315 aa  287  1e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 307 aa  258  9e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  50.17 
 
 		 308 aa  255  5e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 307 aa  255  6e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 307 aa  251  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  47.74 
 
 		 309 aa  250  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 307 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  48.62 
 
 		 309 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1106  transcriptional regulator LysR family  45.85 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 296 aa  222  7e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  45.31 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 292 aa  211  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 312 aa  207  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 287 aa  198  1.0000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 288 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 288 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 288 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 288 aa  181  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  35.93 
 
 		 294 aa  179  7e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 308 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  39.16 
 
 		 295 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 296 aa  170  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  39.58 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  39.51 
 
 		 318 aa  170  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  39.64 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  37.24 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.64 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 293 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 293 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 293 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  40.14 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  36.67 
 
 		 288 aa  162  4.0000000000000004e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 293 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.84 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5691  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6055  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0813453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 		 305 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6539  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 297 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.189801 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  155  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 320 aa  152  4e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 320 aa  152  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 311 aa  152  5.9999999999999996e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7231  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112256 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 312 aa  149  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 320 aa  149  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 295 aa  149  6e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 295 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2960  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 327 aa  146  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  37.02 
 
 		 312 aa  145  9e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 296 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 		 328 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 296 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 296 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.07 
 
 		 348 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>