More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5827 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  75.29 
 
 
518 aa  810    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
518 aa  1067    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  54.07 
 
 
516 aa  573  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  51.93 
 
 
515 aa  559  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  52.6 
 
 
518 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  56.78 
 
 
502 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  52.12 
 
 
520 aa  538  1e-151  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  51.25 
 
 
518 aa  538  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  51.06 
 
 
518 aa  527  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  53.27 
 
 
515 aa  524  1e-147  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  51.9 
 
 
524 aa  525  1e-147  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  53.27 
 
 
515 aa  524  1e-147  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  48.07 
 
 
520 aa  508  1e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  50.39 
 
 
514 aa  508  9.999999999999999e-143  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  45.38 
 
 
520 aa  485  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  47.98 
 
 
518 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  46.54 
 
 
519 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  46.09 
 
 
500 aa  439  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  41.75 
 
 
502 aa  368  1e-100  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  41.31 
 
 
520 aa  368  1e-100  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  39.88 
 
 
523 aa  350  5e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  39.3 
 
 
509 aa  348  1e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  40.2 
 
 
503 aa  347  2e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  37.35 
 
 
526 aa  332  1e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  40.55 
 
 
540 aa  332  1e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  38.51 
 
 
520 aa  330  3e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.55 
 
 
525 aa  329  7e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  38.06 
 
 
499 aa  328  1.0000000000000001e-88  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  37.77 
 
 
525 aa  328  2.0000000000000001e-88  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.55 
 
 
526 aa  324  2e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.3 
 
 
525 aa  324  2e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  37.84 
 
 
531 aa  323  4e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.11 
 
 
525 aa  323  5e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  37.83 
 
 
527 aa  322  9.000000000000001e-87  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  38.07 
 
 
512 aa  321  1.9999999999999998e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  39.17 
 
 
509 aa  318  1e-85  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.94 
 
 
526 aa  317  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.13 
 
 
525 aa  318  2e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.12 
 
 
529 aa  317  5e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  39.49 
 
 
532 aa  316  7e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  37.19 
 
 
517 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  36.79 
 
 
521 aa  312  1e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  35.43 
 
 
515 aa  312  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.68 
 
 
530 aa  311  1e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  38.65 
 
 
509 aa  311  2e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.38 
 
 
525 aa  311  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 
530 aa  311  2e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.51 
 
 
519 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  39.02 
 
 
518 aa  309  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  37.6 
 
 
1043 aa  309  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.52 
 
 
514 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  36.62 
 
 
539 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  38.78 
 
 
511 aa  308  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  36.63 
 
 
518 aa  308  2.0000000000000002e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.07 
 
 
526 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2406  AMP-dependent synthetase and ligase  38.57 
 
 
509 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0466191 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 
518 aa  304  3.0000000000000004e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0970  AMP-dependent synthetase and ligase  37.86 
 
 
520 aa  303  4.0000000000000003e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.86 
 
 
556 aa  303  7.000000000000001e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.86 
 
 
556 aa  303  7.000000000000001e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  36.54 
 
 
517 aa  302  9e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  36.54 
 
 
517 aa  302  9e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  36.54 
 
 
517 aa  302  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  38.17 
 
 
501 aa  302  1e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5271  AMP-dependent synthetase and ligase  37.93 
 
 
541 aa  301  1e-80  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.675059 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.88 
 
 
556 aa  302  1e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 
534 aa  301  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  37.3 
 
 
506 aa  301  2e-80  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  38.72 
 
 
530 aa  300  3e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  36.55 
 
 
517 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.7 
 
 
517 aa  300  4e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.7 
 
 
517 aa  300  4e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.7 
 
 
517 aa  300  4e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  37.01 
 
 
516 aa  300  5e-80  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  36.74 
 
 
531 aa  300  6e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0558  AMP-dependent synthetase and ligase  36.33 
 
 
584 aa  299  8e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.08 
 
 
579 aa  298  1e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  37.06 
 
 
516 aa  299  1e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  36.07 
 
 
515 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0737  AMP-dependent synthetase and ligase  37.48 
 
 
522 aa  297  3e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188702  normal  0.517642 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  36.8 
 
 
508 aa  297  3e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  36.58 
 
 
525 aa  296  6e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  35.77 
 
 
517 aa  296  7e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  36.96 
 
 
522 aa  296  8e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3129  AMP-dependent synthetase and ligase  35.31 
 
 
534 aa  295  1e-78  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  36.23 
 
 
516 aa  295  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  38.04 
 
 
514 aa  295  2e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  37.6 
 
 
513 aa  295  2e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  35.11 
 
 
520 aa  295  2e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  34.9 
 
 
565 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  36.56 
 
 
537 aa  294  3e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  37.55 
 
 
508 aa  294  3e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  36.56 
 
 
537 aa  294  3e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  36.56 
 
 
537 aa  294  3e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  37.14 
 
 
529 aa  293  6e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  36.26 
 
 
519 aa  293  7e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.65 
 
 
570 aa  292  9e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  35.28 
 
 
517 aa  292  1e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  34.51 
 
 
515 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  37.45 
 
 
522 aa  292  1e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.273498 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>