More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5806 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  53 
 
 		 809 aa  743    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  54.53 
 
 		 807 aa  741    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  54.65 
 
 		 809 aa  744    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  53 
 
 		 809 aa  746    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  54.35 
 
 		 721 aa  743    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5806  ferric citrate outer membrane transporter  100 
 
 		 731 aa  1496    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5807  ferric citrate outer membrane transporter  82.03 
 
 		 717 aa  1212    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  52.38 
 
 		 809 aa  734    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5169  TonB-dependent siderophore receptor  60.28 
 
 		 723 aa  855    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  55.97 
 
 		 721 aa  749    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2453  TonB-dependent siderophore receptor  60.26 
 
 		 720 aa  837    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  50.07 
 
 		 687 aa  655    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3709  TonB-dependent siderophore receptor  44.44 
 
 		 774 aa  565  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0483354  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  44.89 
 
 		 774 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04157  ferric citrate outer membrane transporter  44.3 
 
 		 774 aa  564  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04120  hypothetical protein  44.3 
 
 		 774 aa  564  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0743  TonB-dependent siderophore receptor  44.3 
 
 		 774 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.689224  normal  0.515767 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4868  iron(III) dicitrate transport protein FecA  44.3 
 
 		 774 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  44.89 
 
 		 782 aa  560  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  44.59 
 
 		 774 aa  561  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0923  TonB-dependent siderophore receptor  44.02 
 
 		 777 aa  555  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  43.8 
 
 		 782 aa  552  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1204  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  44.52 
 
 		 784 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.814963  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  42.5 
 
 		 708 aa  537  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13430  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  44.09 
 
 		 784 aa  534  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47190  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  44.46 
 
 		 784 aa  514  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  43.15 
 
 		 693 aa  501  1e-140  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  33.92 
 
 		 696 aa  314  2.9999999999999996e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  32.24 
 
 		 703 aa  311  2.9999999999999997e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  32.89 
 
 		 675 aa  309  2.0000000000000002e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  32.94 
 
 		 712 aa  305  2.0000000000000002e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3090  ferric vibrioferrin receptor  29.87 
 
 		 690 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0290295  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  28.45 
 
 		 704 aa  285  2.0000000000000002e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3142  TonB-dependent siderophore receptor  30.23 
 
 		 688 aa  280  6e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  28.89 
 
 		 710 aa  274  4.0000000000000004e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  29.9 
 
 		 711 aa  264  4e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  30.07 
 
 		 731 aa  259  2e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01932  TonB-dependent outer membrane Receptor  29.92 
 
 		 713 aa  259  2e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 782 aa  174  5.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3109  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 738 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0242785  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  24.32 
 
 		 705 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 700 aa  127  9e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0818  TonB-dependent receptor, plug  28.09 
 
 		 518 aa  118  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000136965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2724  TonB-dependent receptor  23.03 
 
 		 709 aa  114  5e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424768 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0312  iron(III) dicitrate transport protein, outer membrane receptor  23.43 
 
 		 807 aa  110  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.670307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0582  TonB-dependent receptor plug  23.47 
 
 		 664 aa  101  5e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000848459  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2625  TonB-dependent receptor  23.17 
 
 		 657 aa  100  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.980205  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4532  TonB-dependent receptor  22.16 
 
 		 813 aa  99  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.885203  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08506  outer membrane receptor protein  22.21 
 
 		 846 aa  95.9  3e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0023  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 747 aa  95.5  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3037  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 		 736 aa  95.1  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.117014 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06160  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  23.78 
 
 		 797 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.616824  normal  0.0240396 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 653 aa  91.7  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6883  TonB-dependent receptor  22.69 
 
 		 821 aa  90.9  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3773  TonB-dependent siderophore receptor  21.69 
 
 		 701 aa  90.5  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  28.62 
 
 		 653 aa  89.7  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0833  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 411 aa  89.4  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0977  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 411 aa  89.4  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3888  TonB-dependent receptor  22.02 
 
 		 730 aa  89.7  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000154411  decreased coverage  0.00438264 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1968  TonB-dependent heme receptor  21.74 
 
 		 690 aa  89  3e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  23.11 
 
 		 776 aa  88.6  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  21.79 
 
 		 656 aa  88.6  4e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  24.67 
 
 		 728 aa  87.8  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 700 aa  87.4  8e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 700 aa  87.4  9e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 700 aa  87.4  9e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  24.28 
 
 		 700 aa  86.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  23.95 
 
 		 700 aa  86.7  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1716  outer membrane receptor FepA  23.96 
 
 		 746 aa  87  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  22.96 
 
 		 779 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0576  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  23.26 
 
 		 806 aa  87  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.708306  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3399  TonB-dependent receptor  22.38 
 
 		 727 aa  87  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.186836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3324  TonB-dependent outer membrane ferric coprogen receptor FitA  27 
 
 		 713 aa  86.7  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.992566  normal  0.497085 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  20.95 
 
 		 679 aa  87  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  24.28 
 
 		 700 aa  86.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  24.35 
 
 		 726 aa  86.3  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 		 652 aa  86.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4343  TonB-dependent outer membrane ferric coprogen receptor FitA  27.6 
 
 		 713 aa  86.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0630  TonB-dependent receptor  22.5 
 
 		 727 aa  86.3  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0349605  normal  0.294722 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  22.49 
 
 		 659 aa  86.7  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 		 653 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2309  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  22.58 
 
 		 666 aa  85.5  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  29.39 
 
 		 653 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4852  TonB-dependent siderophore receptor  22.85 
 
 		 810 aa  85.1  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  24.13 
 
 		 700 aa  84.7  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  29.86 
 
 		 653 aa  85.1  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  23.43 
 
 		 795 aa  84.7  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0398  ferrichrome-iron receptor  21.57 
 
 		 698 aa  84.7  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4665  TonB-dependent receptor  23.37 
 
 		 739 aa  84.3  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.785854 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  24.42 
 
 		 700 aa  84.3  0.000000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  28.32 
 
 		 653 aa  84.3  0.000000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0416  ferrichrome-iron receptor  21.56 
 
 		 696 aa  84  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345861 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0458  ferrichrome-iron receptor  21.69 
 
 		 696 aa  83.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000766311 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0395  ferrichrome-iron receptor  21.57 
 
 		 696 aa  83.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.458077  hitchhiker  0.000000000000143872 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1601  TonB-dependent heme receptor  22.18 
 
 		 702 aa  83.6  0.00000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 		 653 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 		 700 aa  83.2  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2068  TonB-dependent siderophore receptor  24.52 
 
 		 722 aa  83.2  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.500479  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 706 aa  83.2  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0651  TonB-dependent siderophore receptor  29.03 
 
 		 653 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.68611  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>