More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5629 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5629  periplasmic tricarboxylate binding receptor (TctC)  100 
 
 		 333 aa  694    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.699687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3051  hypothetical protein  69.28 
 
 		 345 aa  466  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244764  normal  0.28827 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2795  hypothetical protein  56.8 
 
 		 341 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.687935  normal  0.0471733 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4493  hypothetical protein  56.35 
 
 		 341 aa  391  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.39846  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3428  hypothetical protein  52.11 
 
 		 337 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.10884 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5726  hypothetical protein  56.17 
 
 		 328 aa  377  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00555624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1853  hypothetical protein  52.44 
 
 		 337 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2026  hypothetical protein  52.17 
 
 		 337 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0845932  normal  0.461256 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2229  hypothetical protein  53.07 
 
 		 349 aa  354  1e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0482  hypothetical protein  51.29 
 
 		 337 aa  353  2e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3081  hypothetical protein  45.25 
 
 		 337 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165969  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36130  hypothetical protein  44.24 
 
 		 365 aa  297  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000443052 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3098  hypothetical protein  44.58 
 
 		 329 aa  295  5e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.49783  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4224  hypothetical protein  45.6 
 
 		 328 aa  291  1e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.190974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1220  hypothetical protein  38.31 
 
 		 328 aa  236  3e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.216947  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0241  twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.862974  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1971  hypothetical protein  33.33 
 
 		 336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.803745  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0336  hypothetical protein  29.91 
 
 		 330 aa  145  1e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0982  hypothetical protein  29.05 
 
 		 326 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1719  hypothetical protein  28.38 
 
 		 326 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0711752  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0833  hypothetical protein  29.54 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000608571  normal  0.346803 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5327  hypothetical protein  28.96 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3545  hypothetical protein  29.57 
 
 		 350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.874099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2078  hypothetical protein  29.45 
 
 		 341 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000784829  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2047  tricarboxylic transporter, periplasmic ligand binding protein, TctC  27.38 
 
 		 332 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.334258  normal  0.421066 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3600  hypothetical protein  29.47 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0605544 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2224  hypothetical protein  26.45 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.198093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3549  hypothetical protein  29.9 
 
 		 322 aa  135  9e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0298  hypothetical protein  26.6 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4163  hypothetical protein  30.26 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000721269  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1829  hypothetical protein  29.31 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.714313  normal  0.517051 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3429  hypothetical protein  29.24 
 
 		 322 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196979  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3894  hypothetical protein  30.09 
 
 		 321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0107663  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03721  conserved hypothetical protein  26.25 
 
 		 324 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03670  hypothetical protein  26.25 
 
 		 324 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4211  periplasmic binding protein  26.25 
 
 		 324 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352553 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  30.27 
 
 		 327 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0998  hypothetical protein  30.67 
 
 		 333 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8066  hypothetical protein  28.81 
 
 		 325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1436  hypothetical protein  26.71 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.779932  normal  0.517463 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3516  hypothetical protein  26.91 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000184229  normal  0.0629404 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4957  hypothetical protein  29.57 
 
 		 331 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0102082  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2792  hypothetical protein  28.98 
 
 		 346 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0183  hypothetical protein  29.68 
 
 		 333 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3440  hypothetical protein  28.76 
 
 		 324 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000394825  normal  0.952417 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3657  hypothetical protein  28.14 
 
 		 322 aa  127  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.111701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4289  hypothetical protein  30.29 
 
 		 322 aa  126  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0105  hypothetical protein  29.13 
 
 		 330 aa  126  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1041  hypothetical protein  28.95 
 
 		 327 aa  124  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1121  hypothetical protein  28.95 
 
 		 325 aa  124  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.237862  normal  0.618143 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6185  hypothetical protein  26.49 
 
 		 328 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3899  hypothetical protein  33.33 
 
 		 341 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.129071  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3513  hypothetical protein  25.74 
 
 		 333 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0596  hypothetical protein  28.83 
 
 		 336 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1420  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  28 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3336  hypothetical protein  27.55 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0828946 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1453  hypothetical protein  28.48 
 
 		 329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.321026  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3636  hypothetical protein  27.55 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1842  twin-arginine translocation pathway signal  28.34 
 
 		 327 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00400007  normal  0.117909 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3490  hypothetical protein  28 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.970248  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0734  hypothetical protein  28.57 
 
 		 322 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0775704  decreased coverage  0.00137039 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4257  hypothetical protein  28.09 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4624  hypothetical protein  28.87 
 
 		 327 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3985  hypothetical protein  28.2 
 
 		 349 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.19648  normal  0.0884631 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4354  hypothetical protein  27.46 
 
 		 327 aa  119  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110423  normal  0.165755 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2148  hypothetical protein  29.1 
 
 		 330 aa  119  7.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.479572 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3913  extra-cytoplasmic solute receptor  32.06 
 
 		 332 aa  119  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.107287  normal  0.463561 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1058  hypothetical protein  28.94 
 
 		 326 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3515  hypothetical protein  30.56 
 
 		 330 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327733  normal  0.573715 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0990  twin-arginine translocation pathway signal  26.07 
 
 		 332 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.242855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  28.36 
 
 		 328 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1017  hypothetical protein  27.94 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.221773 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5204  hypothetical protein  25.74 
 
 		 335 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00787806  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3987  hypothetical protein  28.9 
 
 		 334 aa  117  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.700334  normal  0.0774583 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6110  hypothetical protein  26.93 
 
 		 314 aa  116  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.749833  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5175  hypothetical protein  26.4 
 
 		 332 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.573585  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0395  hypothetical protein  26.73 
 
 		 319 aa  116  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.172909  normal  0.115036 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1799  hypothetical protein  25.38 
 
 		 330 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.841157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0066  hypothetical protein  25.57 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.909485 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1548  hypothetical protein  35.37 
 
 		 332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4280  hypothetical protein  29 
 
 		 333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5382  extra-cytoplasmic solute receptor  28.31 
 
 		 331 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.203559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1820  hypothetical protein  29.87 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.939306 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6308  hypothetical protein  26.99 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2741  hypothetical protein  27.4 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0278237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0906  hypothetical protein  28.57 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2849  hypothetical protein  26.54 
 
 		 340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.225811  normal  0.691436 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3897  hypothetical protein  28.14 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0101322  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0308  hypothetical protein  26.33 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6257  hypothetical protein  27.21 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5905  hypothetical protein  27.54 
 
 		 325 aa  114  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.339531 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1420  twin-arginine translocation pathway signal  27.27 
 
 		 327 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00102429  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4304  hypothetical protein  26.35 
 
 		 331 aa  114  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.618665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1908  hypothetical protein  29.94 
 
 		 328 aa  114  3e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.865584  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1418  tricarboxylate transport protein TctC, putative  28.3 
 
 		 326 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0715  hypothetical protein  30.19 
 
 		 327 aa  113  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4610  hypothetical protein  27.39 
 
 		 322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0432088  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1353  hypothetical protein  28.49 
 
 		 325 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0759073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1642  hypothetical protein  28.69 
 
 		 319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.274465  normal  0.0446405 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37830  hypothetical protein  26.4 
 
 		 374 aa  113  4.0000000000000004e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.116398 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>