More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5590 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5590  NodT family outer membrane lipoprotein  100 
 
 
485 aa  964    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  62.02 
 
 
494 aa  553  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.17 
 
 
495 aa  527  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.65 
 
 
495 aa  526  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.77 
 
 
495 aa  527  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  56.36 
 
 
495 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.36 
 
 
495 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.36 
 
 
495 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4684  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.65 
 
 
494 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3597  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.3 
 
 
501 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.88 
 
 
482 aa  347  3e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4513  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.09 
 
 
480 aa  345  7e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.224973  normal  0.972576 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00459  outer membrane protein OprN  40.12 
 
 
497 aa  299  6e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.018305  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1713  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.33 
 
 
488 aa  276  5e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.13912  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  36.46 
 
 
470 aa  258  1e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  36.17 
 
 
503 aa  251  2e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.56 
 
 
473 aa  247  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.11 
 
 
489 aa  246  9e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.29 
 
 
494 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.85 
 
 
501 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.62 
 
 
482 aa  239  8e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  33.74 
 
 
479 aa  236  8e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.75 
 
 
471 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.34 
 
 
465 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.75 
 
 
471 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.1 
 
 
471 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.58 
 
 
497 aa  233  6e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.61 
 
 
493 aa  233  8.000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.74 
 
 
473 aa  232  1e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  36.4 
 
 
499 aa  230  3e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.57 
 
 
529 aa  229  7e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.21 
 
 
502 aa  228  1e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  34.06 
 
 
504 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  34.09 
 
 
569 aa  229  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.55 
 
 
462 aa  228  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.66 
 
 
471 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  37.87 
 
 
472 aa  227  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  31.42 
 
 
489 aa  226  7e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  34.85 
 
 
465 aa  226  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  33.2 
 
 
479 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  37.39 
 
 
472 aa  223  4e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  31.2 
 
 
479 aa  224  4e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.34 
 
 
512 aa  223  6e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.71 
 
 
513 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.91 
 
 
520 aa  219  7.999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.38 
 
 
520 aa  216  5.9999999999999996e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.25 
 
 
486 aa  215  9.999999999999999e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.76 
 
 
493 aa  214  2.9999999999999995e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  34.22 
 
 
547 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.71 
 
 
531 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.13 
 
 
487 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1741  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.38 
 
 
514 aa  210  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259166  normal  0.316813 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.84 
 
 
509 aa  210  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.85 
 
 
515 aa  209  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.98 
 
 
477 aa  209  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.26 
 
 
483 aa  207  3e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  33.2 
 
 
512 aa  207  4e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1001  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.57 
 
 
492 aa  207  5e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.1 
 
 
490 aa  206  7e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.99 
 
 
491 aa  206  1e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.81 
 
 
517 aa  203  4e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
558 aa  203  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.27 
 
 
477 aa  202  8e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.52 
 
 
492 aa  202  9e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.32 
 
 
483 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.61 
 
 
517 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5642  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.17 
 
 
481 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20764  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.65 
 
 
518 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.22 
 
 
591 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
560 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.02 
 
 
514 aa  201  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  33.83 
 
 
479 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.53 
 
 
461 aa  200  6e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  30.88 
 
 
518 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.68 
 
 
475 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.37 
 
 
485 aa  198  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.95 
 
 
500 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.74 
 
 
496 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.74 
 
 
496 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  33.81 
 
 
512 aa  197  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.83 
 
 
502 aa  197  4.0000000000000005e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.77 
 
 
561 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  33.62 
 
 
508 aa  196  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.49 
 
 
486 aa  196  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.36 
 
 
546 aa  195  2e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.59 
 
 
561 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.71 
 
 
483 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3486  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.25 
 
 
500 aa  195  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0233233 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.19 
 
 
486 aa  194  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  30.25 
 
 
479 aa  194  4e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.27 
 
 
512 aa  193  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.08 
 
 
483 aa  193  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.79 
 
 
482 aa  192  8e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.02 
 
 
501 aa  192  8e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  34.66 
 
 
569 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  34.66 
 
 
569 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.04 
 
 
495 aa  192  8e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.66 
 
 
484 aa  192  9e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.92 
 
 
484 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.62 
 
 
504 aa  192  1e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>