More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5531 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  618  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3597  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 279 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.010454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 267 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 218 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  27.8 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  30 
 
 		 255 aa  104  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 232 aa  103  5e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.84 
 
 		 255 aa  101  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 238 aa  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  31.14 
 
 		 239 aa  100  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  30 
 
 		 240 aa  100  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  28.99 
 
 		 245 aa  98.6  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  30.26 
 
 		 242 aa  97.4  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  27.95 
 
 		 228 aa  97.8  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  33.49 
 
 		 239 aa  97.1  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  27.47 
 
 		 228 aa  97.1  3e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3965  regulatory protein GntR HTH  32.87 
 
 		 272 aa  95.9  7e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  32.17 
 
 		 238 aa  94.7  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  29.52 
 
 		 240 aa  95.5  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 246 aa  94  3e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  30.4 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  26.27 
 
 		 238 aa  93.2  5e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  28.21 
 
 		 241 aa  93.2  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  34.31 
 
 		 254 aa  92.8  7e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 233 aa  91.7  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 248 aa  91.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  29.07 
 
 		 240 aa  92  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  28.38 
 
 		 252 aa  90.9  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 255 aa  91.3  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  31.6 
 
 		 250 aa  90.5  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5432  GntR domain protein  31.47 
 
 		 248 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622945  normal  0.658298 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  30.05 
 
 		 239 aa  90.1  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  30.34 
 
 		 239 aa  90.1  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  31.75 
 
 		 241 aa  90.1  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  29.57 
 
 		 241 aa  89.7  5e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 256 aa  89  8e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  30.77 
 
 		 258 aa  89  8e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4809  transcriptional regulator PdhR  27.64 
 
 		 263 aa  88.2  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  28.76 
 
 		 239 aa  88.6  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  27.8 
 
 		 251 aa  89  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 241 aa  88.2  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 232 aa  87.4  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5612  GntR domain protein  33.19 
 
 		 271 aa  87.8  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.100575  normal  0.179295 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 238 aa  87  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  28.44 
 
 		 218 aa  87  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  28.44 
 
 		 218 aa  87  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  26.5 
 
 		 241 aa  86.7  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  28.88 
 
 		 240 aa  86.7  5e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  28.23 
 
 		 232 aa  86.3  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 241 aa  86.3  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  32.49 
 
 		 254 aa  85.9  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  32.49 
 
 		 254 aa  85.9  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  32.49 
 
 		 254 aa  85.9  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  26.51 
 
 		 250 aa  85.9  7e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  32.49 
 
 		 254 aa  85.9  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  32.49 
 
 		 254 aa  85.9  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 288 aa  86.3  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  29.03 
 
 		 215 aa  85.9  8e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  28.7 
 
 		 233 aa  85.9  8e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 218 aa  85.5  9e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  28.44 
 
 		 218 aa  85.5  9e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4265  GntR domain-containing protein  26.78 
 
 		 256 aa  85.9  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  34.17 
 
 		 254 aa  85.5  9e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  32.49 
 
 		 254 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  32.49 
 
 		 254 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0943  regulatory protein GntR HTH  25.81 
 
 		 242 aa  85.1  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  32.49 
 
 		 254 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  32.49 
 
 		 254 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  32.49 
 
 		 254 aa  85.1  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  32.49 
 
 		 254 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  32.49 
 
 		 254 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  32.49 
 
 		 254 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  32.49 
 
 		 254 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  27.85 
 
 		 218 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2203  GntR domain protein  30.17 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0471303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  26.61 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0266  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 247 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267848  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  36.16 
 
 		 254 aa  84.7  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 234 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 218 aa  84  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 218 aa  84  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 218 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  28.44 
 
 		 218 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 218 aa  84  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  25.71 
 
 		 250 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  27.43 
 
 		 255 aa  83.6  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  30.57 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  25.71 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  34.66 
 
 		 254 aa  83.6  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  26.27 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  25.71 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  25.71 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  25.71 
 
 		 250 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1374  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 231 aa  83.2  0.000000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0659803  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  26.53 
 
 		 248 aa  83.2  0.000000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  25.71 
 
 		 250 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1106  GntR domain-containing protein  33.93 
 
 		 251 aa  83.2  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>