126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5347 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5347  putative cytochrome c  100 
 
 		 272 aa  567  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0327  cytochrome c class I  75.37 
 
 		 269 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2236  cytochrome c, class I  54.32 
 
 		 327 aa  293  2e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1943  c-type cytochrome  50.19 
 
 		 327 aa  286  2.9999999999999996e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  55.02 
 
 		 773 aa  285  8e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  54.18 
 
 		 675 aa  278  8e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  53.78 
 
 		 675 aa  275  6e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  56.28 
 
 		 728 aa  274  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  51.75 
 
 		 708 aa  271  8.000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  54.11 
 
 		 669 aa  269  2.9999999999999997e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.78 
 
 		 726 aa  268  5.9999999999999995e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  53.01 
 
 		 699 aa  267  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.81 
 
 		 689 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  52.21 
 
 		 712 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  54.55 
 
 		 721 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  54.55 
 
 		 694 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  54.24 
 
 		 698 aa  263  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  54.55 
 
 		 721 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  50 
 
 		 691 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0690  cytochrome c class I  49.2 
 
 		 303 aa  258  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1441  putative cytochrome c  47.6 
 
 		 311 aa  256  4e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.668743  normal  0.951652 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1496  cytochrome c class I  51.27 
 
 		 308 aa  249  3e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.377921  normal  0.883223 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1188  cytochrome c, class I  79.14 
 
 		 139 aa  228  7e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0128  putative cytochrome C  46.22 
 
 		 352 aa  216  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0408235  normal  0.127267 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0320  cytochrome c family protein  43.58 
 
 		 369 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0353  cytochrome c family protein  43.58 
 
 		 357 aa  216  5e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3191  cytochrome c class I  47.3 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3537  cytochrome c class I  45.76 
 
 		 304 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  0.0523965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3822  cytochrome c family protein  45.76 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1948  cytochrome c, class I  45.76 
 
 		 304 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.510162  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2757  hypothetical protein  43.63 
 
 		 291 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0570414  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0286  OmpA/MotB  43.53 
 
 		 329 aa  206  4e-52  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32540  hypothetical protein  43.9 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.277482 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2825  cytochrome c, class I  44.19 
 
 		 329 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.137044  hitchhiker  0.000380249 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0259  cytochrome c class I  40.93 
 
 		 331 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0786  cytochrome c, class I  45.18 
 
 		 310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021722  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0193  cytochrome c, class I  41.89 
 
 		 327 aa  189  5e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6947  cytochrome c class I  39.29 
 
 		 358 aa  187  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2378  cytochrome c, class I  41.56 
 
 		 282 aa  185  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000643985  hitchhiker  0.0000202689 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0544  cytochrome c class I  37.29 
 
 		 355 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0624  cytochrome c, class I  37.87 
 
 		 355 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000503789  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4873  cytochrome c class I  39.51 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2599  cytochrome c family protein  37.13 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.349522  normal  0.253602 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0568  cytochrome c class I  36.96 
 
 		 355 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1476  cytochrome c class I  41.52 
 
 		 317 aa  179  4.999999999999999e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.993128  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4047  cytochrome c family protein  40.23 
 
 		 351 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0573  cytochrome c class I  36.96 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0408  cytochrome c, class I  42.79 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1184  cytochrome c, class I  37.4 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3606  cytochrome c family protein  39.85 
 
 		 352 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3431  cytochrome c, class I  39.46 
 
 		 351 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.237323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1309  diheme-containing SoxA-like protein  37.64 
 
 		 346 aa  172  5.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0527  cytochrome c family protein  39.92 
 
 		 352 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000661478  normal  0.247272 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0520  cytochrome c, class I  39.46 
 
 		 351 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4606  cytochrome c, class I  42.79 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000163718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1092  cytochrome c class I  39 
 
 		 333 aa  171  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003030  cytochrome c family protein  35.04 
 
 		 350 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3545  cytochrome c family protein  39.15 
 
 		 372 aa  166  4e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2105  cytochrome c, class I  33.81 
 
 		 315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0524  cytochrome c, class I  39.08 
 
 		 353 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4236  cytochrome c class I  40.54 
 
 		 343 aa  161  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185461  normal  0.468789 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2608  cytochrome c class I  35.94 
 
 		 361 aa  159  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2490  cytochrome c class I  39.15 
 
 		 343 aa  156  3e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0103358 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0653  cytochrome c  57.69 
 
 		 130 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.963006  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1187  cytochrome C  90.79 
 
 		 79 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1278  cytochrome c, class I  37.71 
 
 		 407 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0536255  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2583  cytochrome c class I  36.73 
 
 		 407 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.333903  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03090  putative cytochrome C signal peptide protein  35.09 
 
 		 363 aa  142  7e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.649207  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2708  cytochrome c, class I  34.27 
 
 		 343 aa  132  7.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.993605  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4179  cytochrome c, class I  31.56 
 
 		 347 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.402721  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2387  hypothetical protein  32.55 
 
 		 671 aa  123  3e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0416918 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0036  cytochrome c family protein  32.91 
 
 		 347 aa  109  5e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.170219  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0075  cytochrome c family protein  32.91 
 
 		 347 aa  108  6e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.667536  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0051  cytochrome c family protein  32.91 
 
 		 347 aa  108  7.000000000000001e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0885  cytochrome C  41.09 
 
 		 181 aa  104  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0884  cytochrome c family protein, degenerate  47.78 
 
 		 125 aa  89.4  5e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4159  putative sulfur oxidation protein (SoxA); cytochrome c precursor  27.78 
 
 		 288 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2754  Cytochrome c-like protein  29.03 
 
 		 300 aa  60.8  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0564833  hitchhiker  0.0019216 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3674  putative sulfur oxidation protein (SoxA)  28.23 
 
 		 274 aa  61.2  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.423535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1563  cytochrome c-like protein  30.23 
 
 		 145 aa  57.8  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0143  sulfur oxidation protein  27.52 
 
 		 286 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0063  putative cytochrome c  24.71 
 
 		 261 aa  54.7  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0814  sulfur oxidation protein SoxA  31.29 
 
 		 285 aa  54.3  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00022188  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3673  sulfur oxidation protein  25.5 
 
 		 286 aa  50.8  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2761  putative diheme cytochrome C  26.23 
 
 		 258 aa  50.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2076  cytochrome c class I  26.2 
 
 		 261 aa  49.7  0.00005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1925  sulfur oxidation protein SoxA  29.25 
 
 		 285 aa  49.7  0.00005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  34.26 
 
 		 217 aa  49.3  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1906  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  28.57 
 
 		 294 aa  48.9  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.556317  normal  0.0839186 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3714  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  28.57 
 
 		 294 aa  48.9  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.873772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3611  cytochrome c class I  35.19 
 
 		 217 aa  48.9  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00161979  hitchhiker  0.0000000311228 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0346  cytochrome c, class I  35.19 
 
 		 217 aa  48.9  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0101877 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15700  cytochrome c, mono- and diheme variants family  29.46 
 
 		 259 aa  47  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.871134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4153  diheme cytochrome c SoxA  29.27 
 
 		 290 aa  46.2  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3046  hypothetical protein  25 
 
 		 296 aa  46.6  0.0005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0694  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  25.5 
 
 		 282 aa  46.6  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3203  Mo-co oxidoreductase dimerization domain protein  33.72 
 
 		 182 aa  46.2  0.0006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.595677  hitchhiker  0.0000523602 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3444  hypothetical protein  33.72 
 
 		 182 aa  46.2  0.0006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16190  cytochrome c, mono- and diheme variants family  26.11 
 
 		 263 aa  45.8  0.0007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.188569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3135  cytochrome c, class I  28.06 
 
 		 289 aa  45.4  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>