More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5229 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5229  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  685    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0958531  normal  0.127084 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5154  AraC family transcriptional regulator  87.61 
 
 		 339 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3669  AraC family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 338 aa  432  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1198  AraC family transcriptional regulator  42.43 
 
 		 348 aa  285  5e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.462338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1176  AraC family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 345 aa  266  5e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.214328 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13099  virulence-regulating transcriptional regulator VirS  33.83 
 
 		 340 aa  196  6e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13768  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 353 aa  173  5e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 363 aa  153  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1284  helix-turn-helix domain-containing protein  31.01 
 
 		 337 aa  145  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  28.41 
 
 		 352 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 338 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0421  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 350 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 345 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 358 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 339 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 358 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 335 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 337 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 333 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 365 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 376 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5495  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 309 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.143439  normal  0.457572 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 365 aa  113  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 335 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  25.15 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 365 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 332 aa  106  7e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 347 aa  106  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 350 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 		 352 aa  103  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  27.95 
 
 		 340 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4253  helix-turn-helix domain-containing protein  25.79 
 
 		 362 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 345 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  27.33 
 
 		 390 aa  100  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 375 aa  99  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 337 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 345 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 347 aa  95.5  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  26.65 
 
 		 335 aa  94.4  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 347 aa  94  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 333 aa  94.4  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2480  transcriptional regulator, AraC family  26.2 
 
 		 336 aa  94.4  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  26.54 
 
 		 372 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4290  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 336 aa  93.6  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 362 aa  91.3  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  23.17 
 
 		 337 aa  91.3  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 342 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 353 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  27.33 
 
 		 353 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0045  helix-turn-helix domain-containing protein  26.85 
 
 		 373 aa  89.4  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 330 aa  89.4  9e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 336 aa  89  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  26.97 
 
 		 352 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 367 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0657  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 337 aa  88.2  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1288  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 373 aa  87  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  30.48 
 
 		 337 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 351 aa  87  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 344 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 353 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 353 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 338 aa  85.9  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  24.93 
 
 		 366 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 346 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0267  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  22.89 
 
 		 335 aa  84.3  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.128312  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05257  hypothetical protein  24.92 
 
 		 332 aa  83.6  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 353 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  25.76 
 
 		 348 aa  82.8  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1252  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 336 aa  82.8  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 349 aa  82.8  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 357 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 359 aa  82  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 337 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0400  transcriptional regulator, AraC family  27.19 
 
 		 358 aa  80.5  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  26.36 
 
 		 343 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  25.97 
 
 		 381 aa  80.5  0.00000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 336 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 340 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0043  helix-turn-helix domain-containing protein  26.4 
 
 		 360 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 327 aa  79.7  0.00000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1286  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 360 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  28.72 
 
 		 330 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 342 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 338 aa  79.3  0.00000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  22.95 
 
 		 360 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 341 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 351 aa  79  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  26.23 
 
 		 346 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3048  AraC family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 342 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.428431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2269  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 362 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 		 343 aa  77.8  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 343 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 327 aa  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>