157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5112 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5112  hypothetical protein  100 
 
 
132 aa  273  4e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000923569  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3511  hypothetical protein  55.93 
 
 
131 aa  130  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5278  hypothetical protein  53.39 
 
 
135 aa  126  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0178  hypothetical protein  55.93 
 
 
134 aa  120  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.82614  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0146  protein of unknown function DUF35  53.33 
 
 
127 aa  120  5e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5775  protein of unknown function DUF35  53.57 
 
 
129 aa  120  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0423668  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0128  hypothetical protein  53.33 
 
 
127 aa  120  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0343  hypothetical protein  52.17 
 
 
119 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619973  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2582  hypothetical protein  51.28 
 
 
123 aa  107  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.709226  normal  0.0256768 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6844  hypothetical protein  47.83 
 
 
121 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5254  hypothetical protein  42.86 
 
 
133 aa  101  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51200  hypothetical protein  41.8 
 
 
128 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.719355  hitchhiker  0.00000582925 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4369  hypothetical protein  41.18 
 
 
127 aa  98.2  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1073  hypothetical protein  48.45 
 
 
128 aa  89.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2662  hypothetical protein  36.21 
 
 
136 aa  86.7  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5500  hypothetical protein  33.6 
 
 
132 aa  85.5  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4786  hypothetical protein  35.83 
 
 
144 aa  82.8  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.259655  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1758  hypothetical protein  36.04 
 
 
130 aa  82  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.799098  normal  0.109738 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4045  hypothetical protein  37.31 
 
 
141 aa  81.6  0.000000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.589309 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5005  hypothetical protein  31.93 
 
 
129 aa  79  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264526  normal  0.0828633 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4412  hypothetical protein  37.19 
 
 
132 aa  78.2  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000585754  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2351  hypothetical protein  33.88 
 
 
130 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.387375  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3114  hypothetical protein  33.06 
 
 
130 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0274298  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2276  hypothetical protein  38.84 
 
 
123 aa  77  0.00000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.501265 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3806  hypothetical protein  32.26 
 
 
132 aa  75.9  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3214  hypothetical protein  37.8 
 
 
145 aa  74.7  0.0000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.907218  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3276  hypothetical protein  37.8 
 
 
145 aa  74.7  0.0000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3225  hypothetical protein  37.8 
 
 
145 aa  74.7  0.0000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.730825  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5096  hypothetical protein  35.71 
 
 
128 aa  73.6  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4153  hypothetical protein  35.65 
 
 
132 aa  72.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280027  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2101  hypothetical protein  36.29 
 
 
139 aa  72.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.416637  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0317  protein of unknown function DUF35  40 
 
 
124 aa  71.2  0.000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3828  hypothetical protein  39.18 
 
 
132 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2934  hypothetical protein  30.7 
 
 
144 aa  70.9  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.431872  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0860  hypothetical protein  37.5 
 
 
138 aa  70.5  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3606  protein of unknown function DUF35  30.77 
 
 
130 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215549  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4265  hypothetical protein  34.17 
 
 
146 aa  69.7  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16799  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1501  hypothetical protein  27.78 
 
 
133 aa  68.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5301  hypothetical protein  33.33 
 
 
143 aa  69.3  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.653983 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1602  hypothetical protein  31.01 
 
 
143 aa  69.3  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3402  hypothetical protein  33.33 
 
 
136 aa  68.6  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0631046 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4566  putative thiolase subunit  38.14 
 
 
132 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00449482  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4493  hypothetical protein  32 
 
 
148 aa  67.4  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2378  hypothetical protein  34.86 
 
 
143 aa  67.4  0.00000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.301734  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0235  hypothetical protein  35.19 
 
 
136 aa  66.6  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.737012  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2337  protein of unknown function DUF35  34.92 
 
 
149 aa  66.2  0.0000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1979  protein of unknown function DUF35  29.55 
 
 
137 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0353441  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0032  hypothetical protein  33.94 
 
 
138 aa  65.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.662095  normal  0.14279 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2010  hypothetical protein  27.56 
 
 
137 aa  64.7  0.0000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.392361  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7489  hypothetical protein  31.58 
 
 
139 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.840415  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0042  hypothetical protein  33.03 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0051  hypothetical protein  33.03 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0173713  normal  0.0421472 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2152  hypothetical protein  31.71 
 
 
311 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4268  hypothetical protein  33.94 
 
 
140 aa  63.5  0.0000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.450465 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1832  hypothetical protein  33.33 
 
 
138 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0184205  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0549  hypothetical protein  34.65 
 
 
132 aa  63.5  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1804  hypothetical protein  30.08 
 
 
140 aa  63.2  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.983 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3587  hypothetical protein  28.79 
 
 
137 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.400148 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1880  hypothetical protein  28.79 
 
 
137 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0682045 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5539  hypothetical protein  29.84 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3973  hypothetical protein  34.43 
 
 
125 aa  62  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.370228 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0859  hypothetical protein  31.48 
 
 
132 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0302426  normal  0.401608 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3885  hypothetical protein  36.84 
 
 
117 aa  60.8  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1392  hypothetical protein  30.08 
 
 
152 aa  61.2  0.000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2675  hypothetical protein  33.93 
 
 
417 aa  60.5  0.000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2788  hypothetical protein  33.64 
 
 
132 aa  60.1  0.000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159844  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0351  hypothetical protein  34.75 
 
 
141 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000546433  hitchhiker  0.00000644081 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0892  hypothetical protein  34.17 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.204366  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0843  hypothetical protein  34.74 
 
 
145 aa  60.1  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0340  protein of unknown function DUF35  35.35 
 
 
134 aa  59.3  0.00000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.0000262786  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3482  protein of unknown function DUF35  32 
 
 
319 aa  58.5  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.893274  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0899  hypothetical protein  32.73 
 
 
131 aa  58.5  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.312493  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8196  hypothetical protein  31.09 
 
 
319 aa  58.2  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3932  protein of unknown function DUF35  35 
 
 
144 aa  57  0.00000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1497  protein of unknown function DUF35  33.04 
 
 
417 aa  57  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2932  hypothetical protein  28.35 
 
 
137 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241273  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0836  hypothetical protein  30.17 
 
 
189 aa  56.6  0.0000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0582  hypothetical protein  32.56 
 
 
137 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00877368  normal  0.438267 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4054  hypothetical protein  33.33 
 
 
151 aa  55.5  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0163629  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3600  hypothetical protein  29.03 
 
 
140 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0665674  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1005  protein of unknown function DUF35  36.15 
 
 
133 aa  53.9  0.0000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.966695  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3568  hypothetical protein  37.66 
 
 
118 aa  53.9  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5644  hypothetical protein  30.19 
 
 
152 aa  53.9  0.0000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2508  protein of unknown function DUF35  31.43 
 
 
132 aa  53.1  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.347955  normal  0.395372 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1687  hypothetical protein  26.05 
 
 
137 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0475632  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4323  hypothetical protein  29.69 
 
 
541 aa  52.8  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.51495 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0854  protein of unknown function DUF35  30.3 
 
 
116 aa  52.4  0.000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0219431  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2138  hypothetical protein  25.81 
 
 
321 aa  52  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0458  hypothetical protein  29.17 
 
 
182 aa  52.8  0.000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0155  hypothetical protein  32.29 
 
 
130 aa  52.8  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6630  hypothetical protein  30.43 
 
 
120 aa  52  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0233518  normal  0.987358 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8760  protein of unknown function DUF35  30 
 
 
140 aa  51.6  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108371 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2840  protein of unknown function DUF35  30.51 
 
 
132 aa  51.6  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00189293  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2015  hypothetical protein  30.25 
 
 
136 aa  52  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.196649  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5453  hypothetical protein  30.19 
 
 
152 aa  51.2  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0654575  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1438  3-hydroxybutyryl-CoA epimerase  28.44 
 
 
576 aa  51.2  0.000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.410853  normal  0.0151032 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5850  hypothetical protein  30.19 
 
 
152 aa  51.2  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0806522  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1994  hypothetical protein  32.35 
 
 
120 aa  51.2  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.253194  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0510  hypothetical protein  32.04 
 
 
143 aa  50.8  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1695  hypothetical protein  29.25 
 
 
152 aa  50.4  0.000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>