More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5100 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
226 aa  441  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  68.2 
 
 
226 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  67.74 
 
 
226 aa  280  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  67.74 
 
 
226 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  62.44 
 
 
240 aa  260  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  56.73 
 
 
225 aa  208  5e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  53.55 
 
 
229 aa  201  8e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  51.67 
 
 
231 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  45.97 
 
 
268 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  52.86 
 
 
239 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  45.75 
 
 
222 aa  175  6e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  43.46 
 
 
223 aa  164  6.9999999999999995e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  44.55 
 
 
223 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  44.55 
 
 
223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  44.08 
 
 
223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  44.08 
 
 
223 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  42.72 
 
 
224 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
233 aa  160  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  43.27 
 
 
223 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
223 aa  159  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
223 aa  159  3e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  43.6 
 
 
223 aa  159  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
223 aa  159  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  42.4 
 
 
222 aa  159  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  42.44 
 
 
223 aa  158  7e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  39.27 
 
 
223 aa  156  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  42.33 
 
 
223 aa  151  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  40.85 
 
 
224 aa  149  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  41.46 
 
 
223 aa  149  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  40 
 
 
226 aa  144  8.000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  34.74 
 
 
226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
232 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  37.69 
 
 
222 aa  137  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
229 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  40.5 
 
 
227 aa  135  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  37.69 
 
 
222 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
217 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  41.4 
 
 
214 aa  129  4.0000000000000003e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
245 aa  128  9.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  36.7 
 
 
225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
206 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
267 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
222 aa  122  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  35.21 
 
 
230 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
247 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 
226 aa  121  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  39.11 
 
 
230 aa  118  9e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  38 
 
 
213 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  36.62 
 
 
232 aa  112  5e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
235 aa  107  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
234 aa  106  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 
219 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 
219 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
236 aa  105  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
229 aa  105  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
213 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 
229 aa  105  8e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 
229 aa  104  9e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
234 aa  102  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  30.92 
 
 
224 aa  102  7e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
260 aa  102  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
235 aa  100  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  41.94 
 
 
232 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
224 aa  98.2  9e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  34.63 
 
 
245 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 
226 aa  98.2  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  34.47 
 
 
245 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
257 aa  97.1  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
215 aa  95.9  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
215 aa  95.9  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  34.63 
 
 
257 aa  95.9  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_004310  BR1961  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
227 aa  95.1  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0634218  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1887  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
219 aa  95.1  7e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000514659  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
233 aa  95.1  7e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4183  regulatory protein GntR HTH  33.01 
 
 
222 aa  94.7  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  38.69 
 
 
229 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  38.69 
 
 
229 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  34.36 
 
 
242 aa  94  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
231 aa  94  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  31.68 
 
 
231 aa  93.2  3e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  34.6 
 
 
233 aa  92.8  4e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11670  transcriptional regulator  35.57 
 
 
210 aa  92.4  5e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.615947  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
232 aa  92  7e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
209 aa  92  7e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  29.47 
 
 
217 aa  92  7e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
222 aa  91.7  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
229 aa  91.7  8e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 
227 aa  91.7  8e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1008  putative glycosyltransferase  29.95 
 
 
219 aa  91.7  9e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.120442  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4095  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
223 aa  91.7  9e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0628  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
213 aa  90.9  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
222 aa  90.5  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
245 aa  90.1  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  38.02 
 
 
229 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  29.1 
 
 
221 aa  90.1  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
221 aa  90.1  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2320  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
207 aa  89.7  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  34.18 
 
 
218 aa  89.7  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4322  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 
252 aa  89.7  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
256 aa  90.1  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.336996 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>