More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4987 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4987  putative sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
661 aa  1329    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.244609 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0940  putative signal transduction histidine kinase  34.14 
 
 
614 aa  288  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3372  putative signal transduction histidine kinase  32.29 
 
 
618 aa  254  3e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3516  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.72 
 
 
614 aa  161  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.510113  hitchhiker  0.00329665 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0613  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.2 
 
 
645 aa  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.066657 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0380  histidine kinase  28.72 
 
 
657 aa  152  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.810149  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0803  putative signal transduction histidine kinase  28.87 
 
 
624 aa  151  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3160  two component sensor histidine kinase transcription regulator protein  26.73 
 
 
626 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3238  signal transduction histidine kinase-like protein  25.91 
 
 
619 aa  140  8.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4085  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 
652 aa  139  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1633  putative signal transduction histidine kinase  27.82 
 
 
636 aa  137  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0985206 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0448  putative signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 
615 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844769  normal  0.742785 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0378  putative signal transduction histidine kinase  29.47 
 
 
652 aa  134  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6034  histidine kinase  29.11 
 
 
659 aa  133  9e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5166  two-component sensor histidine kinase  26.57 
 
 
640 aa  127  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.312086  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0806  histidine kinase  26.04 
 
 
921 aa  124  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3594  histidine kinase  25.46 
 
 
626 aa  119  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2055  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3951  histidine kinase  24.52 
 
 
625 aa  117  6e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.283359 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2542  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.35 
 
 
476 aa  116  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0866412  normal  0.0241376 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3622  signal transduction histidine kinase-like protein  32.26 
 
 
483 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0396591  normal  0.169833 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0744  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.54 
 
 
660 aa  81.6  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1773  putative signal transduction histidine kinase  31.22 
 
 
277 aa  79  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0725  histidine kinase  32.66 
 
 
1036 aa  79  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.64 
 
 
526 aa  78.2  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5558  histidine kinase  29.11 
 
 
620 aa  75.9  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.810149  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1575  histidine kinase  25.84 
 
 
777 aa  76.3  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.179984 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0456  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.33 
 
 
775 aa  76.3  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00143274 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0235  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.95 
 
 
402 aa  74.3  0.000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3420  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.7 
 
 
440 aa  74.3  0.000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0662145 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2487  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.66 
 
 
412 aa  73.9  0.000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0021  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  24.95 
 
 
487 aa  73.6  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130425  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1239  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 
358 aa  73.6  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3405  histidine kinase  27.14 
 
 
488 aa  73.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.352666  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1285  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.4 
 
 
742 aa  72.8  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2136  histidine kinase  30.73 
 
 
638 aa  72.8  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.204065  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3381  putative signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
305 aa  72  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3119  ATPase domain-containing protein  30.22 
 
 
535 aa  72.4  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3101  histidine kinase  29.61 
 
 
1037 aa  71.6  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.377571  normal  0.147743 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2080  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.72 
 
 
370 aa  71.6  0.00000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1902  histidine kinase  28.44 
 
 
457 aa  71.6  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.723867  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06640  histidine kinase  31.25 
 
 
404 aa  71.2  0.00000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.106239  normal  0.143286 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3728  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.84 
 
 
488 aa  71.2  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20450  signal transduction histidine kinase  27.97 
 
 
441 aa  71.2  0.00000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0107895  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1485  two-component hybrid sensor and regulator  28.8 
 
 
575 aa  70.5  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2882  two-component hybrid sensor and regulator  28.35 
 
 
740 aa  70.9  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1352  putative membrane sensor histidine kinase  28.8 
 
 
575 aa  70.5  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0939  histidine kinase  31.13 
 
 
363 aa  70.5  0.00000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1006  histidine kinase  31.48 
 
 
967 aa  70.1  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0507  Histidine kinase  29.09 
 
 
373 aa  70.1  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1345  putative membrane sensor histidine kinase  28.8 
 
 
575 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3993  histidine kinase  28.02 
 
 
456 aa  69.3  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.841388  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0347  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.57 
 
 
442 aa  69.3  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0286068  normal  0.880673 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2497  histidine kinase  27.38 
 
 
1031 aa  69.7  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0918719  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0213  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.19 
 
 
397 aa  69.7  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0384  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.8 
 
 
348 aa  69.3  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1524  Signal transduction histidine kinase-like protein  27.91 
 
 
370 aa  69.7  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.750952  normal  0.0186176 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1685  Histidine kinase  29.05 
 
 
397 aa  68.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.842631 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1400  histidine kinase  28.51 
 
 
413 aa  68.6  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.558809 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3230  histidine kinase  29.18 
 
 
1033 aa  67.8  0.0000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.704109  normal  0.047539 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1141  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.49 
 
 
445 aa  67.8  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.697723  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4257  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.25 
 
 
425 aa  67.8  0.0000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.944202  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04460  two-component system sensor protein  28.98 
 
 
378 aa  66.6  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1098  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.2 
 
 
398 aa  67  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0895  sensor histidine kinase  28.1 
 
 
451 aa  66.6  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.622783  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4277  histidine kinase  27.92 
 
 
659 aa  66.6  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.186124 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1617  ATP-binding region ATPase domain protein  25.73 
 
 
975 aa  66.6  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269144  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0966  Signal transduction histidine kinase  25 
 
 
332 aa  66.6  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.763704  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
682 aa  67  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.203059 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2849  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.36 
 
 
682 aa  67  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.790064  normal  0.747278 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3252  putative two-component system sensor kinase  30 
 
 
372 aa  66.2  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103313  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1248  signal transduction histidine kinase-like protein  26.32 
 
 
768 aa  66.2  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.52923  normal  0.223351 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3248  histidine kinase  27.43 
 
 
403 aa  65.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.298805  normal  0.646005 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2580  histidine kinase  30.17 
 
 
422 aa  65.5  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.880661  normal  0.0603036 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0649  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.67 
 
 
490 aa  65.5  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3575  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.98 
 
 
475 aa  65.1  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1551  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.04 
 
 
407 aa  65.1  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.538677  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6491  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.41 
 
 
576 aa  64.7  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194722  normal  0.40327 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2918  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24 
 
 
658 aa  64.7  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1610  putative signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 
485 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.149131 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1809  histidine kinase  28.06 
 
 
640 aa  64.7  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1077  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31 
 
 
566 aa  64.3  0.000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1093  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31 
 
 
566 aa  64.3  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.209887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1104  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31 
 
 
566 aa  64.3  0.000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0117  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF and PAS/PAC sensor  27.23 
 
 
2361 aa  64.3  0.000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1894  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
546 aa  63.9  0.000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.640259  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0276  Histidine kinase  25.29 
 
 
387 aa  63.9  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0550  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.9 
 
 
382 aa  63.9  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0560  histidine kinase  29.35 
 
 
670 aa  63.9  0.000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.618015  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2043  histidine kinase  27.04 
 
 
388 aa  63.5  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1580  histidine kinase  30.19 
 
 
349 aa  63.9  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3651  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 
345 aa  63.2  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.375417  normal  0.773266 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4921  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.08 
 
 
412 aa  63.5  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0892179  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3821  sensor histidine kinase, putative  26.87 
 
 
380 aa  63.2  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2472  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.05 
 
 
336 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.651291 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.41 
 
 
1229 aa  63.5  0.00000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6820  histidine kinase  25.21 
 
 
278 aa  63.5  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.519919  normal  0.0817727 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2549  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.49 
 
 
456 aa  62.8  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2388  histidine kinase  30.05 
 
 
653 aa  62.4  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.255891  normal  0.393123 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00300  signal transduction histidine kinase  28.02 
 
 
414 aa  62.8  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2671  histidine kinase  24.77 
 
 
375 aa  62.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.269624 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>