More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4910 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4910  exodeoxyribonuclease III  100 
 
 		 283 aa  582  1.0000000000000001e-165  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.38033  decreased coverage  0.000445359 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  73.14 
 
 		 270 aa  436  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5537  exodeoxyribonuclease III Xth  73.02 
 
 		 308 aa  434  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0199533 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  72.79 
 
 		 270 aa  431  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0921  exodeoxyribonuclease III  75.19 
 
 		 261 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09930  putative exonuclease III  74.52 
 
 		 266 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0994533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  74.03 
 
 		 265 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  72.48 
 
 		 264 aa  409  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  73.26 
 
 		 265 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  74.12 
 
 		 272 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2668  exodeoxyribonuclease III Xth  73.26 
 
 		 260 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3010  exodeoxyribonuclease III Xth  70.93 
 
 		 265 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2122  exodeoxyribonuclease III  63.57 
 
 		 262 aa  359  3e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443475  normal  0.589868 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  64.09 
 
 		 260 aa  356  1.9999999999999998e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1085  exodeoxyribonuclease III  62.65 
 
 		 259 aa  343  2e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.647883  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3728  exodeoxyribonuclease III Xth  64.84 
 
 		 256 aa  338  7e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  59.46 
 
 		 260 aa  336  1.9999999999999998e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3799  exodeoxyribonuclease III  60.78 
 
 		 256 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.602523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1207  exodeoxyribonuclease III (xth)  61.33 
 
 		 256 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3068  exodeoxyribonuclease III Xth  64.31 
 
 		 255 aa  333  3e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3456  exodeoxyribonuclease III Xth  56.57 
 
 		 303 aa  333  3e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2898  exodeoxyribonuclease III  63.04 
 
 		 284 aa  332  4e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  61.48 
 
 		 271 aa  331  9e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  58.89 
 
 		 255 aa  328  6e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  61.18 
 
 		 269 aa  327  1.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2180  exodeoxyribonuclease III (xth)  62.45 
 
 		 256 aa  327  1.0000000000000001e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4299  exodeoxyribonuclease III Xth  60.39 
 
 		 257 aa  325  6e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231101  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3423  exodeoxyribonuclease III  62.11 
 
 		 255 aa  323  2e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  56.25 
 
 		 258 aa  323  3e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0579  exodeoxyribonuclease III (xth)  59.22 
 
 		 274 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  56.42 
 
 		 259 aa  318  3.9999999999999996e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1491  exodeoxyribonuclease III Xth  59.53 
 
 		 264 aa  318  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.74554 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0877  exodeoxyribonuclease III Xth  58.2 
 
 		 264 aa  318  5e-86  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278743 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  56.92 
 
 		 261 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1386  exodeoxyribonuclease III Xth  55.94 
 
 		 263 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.031293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0156  exodeoxyribonuclease III  56.08 
 
 		 259 aa  298  6e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  50.19 
 
 		 261 aa  270  2e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  52.67 
 
 		 261 aa  268  8.999999999999999e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  52.51 
 
 		 259 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2657  exodeoxyribonuclease III  52.12 
 
 		 259 aa  260  2e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.107023  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  51.35 
 
 		 259 aa  259  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  51.74 
 
 		 259 aa  258  7e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2815  exodeoxyribonuclease III  51.15 
 
 		 261 aa  256  2e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0879261  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  48.69 
 
 		 266 aa  252  4.0000000000000004e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  52.06 
 
 		 266 aa  251  6e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  49.24 
 
 		 264 aa  252  6e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  49.05 
 
 		 263 aa  250  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  48.48 
 
 		 264 aa  249  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  48.66 
 
 		 260 aa  249  4e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  50 
 
 		 263 aa  248  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  49.25 
 
 		 270 aa  248  7e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  48.48 
 
 		 264 aa  248  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0897  exodeoxyribonuclease III  47.41 
 
 		 268 aa  246  4e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  47.73 
 
 		 263 aa  244  9e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  47.49 
 
 		 260 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  47.35 
 
 		 263 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  47.13 
 
 		 266 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  47.49 
 
 		 279 aa  243  1.9999999999999999e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1683  exodeoxyribonuclease III  49.62 
 
 		 258 aa  243  3e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.122396 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  47.49 
 
 		 258 aa  243  3.9999999999999997e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  49.8 
 
 		 264 aa  242  5e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  49.24 
 
 		 264 aa  241  1e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  46.97 
 
 		 267 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1920  exodeoxyribonuclease III  49.02 
 
 		 262 aa  240  2e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.19654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  46.59 
 
 		 276 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  48.29 
 
 		 262 aa  239  4e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  44.44 
 
 		 263 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  45.42 
 
 		 263 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  45.56 
 
 		 263 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  45.45 
 
 		 262 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  45.17 
 
 		 260 aa  224  9e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0660  exodeoxyribonuclease III  42.05 
 
 		 263 aa  223  4e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969043  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0692  exodeoxyribonuclease III  42.05 
 
 		 263 aa  223  4e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000190547  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0946  exodeoxyribonuclease III Xth  45.49 
 
 		 256 aa  219  3e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.416202  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  44.32 
 
 		 262 aa  213  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  38.97 
 
 		 277 aa  202  5e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  41.18 
 
 		 255 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1460  exodeoxyribonuclease III Xth  44.14 
 
 		 254 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178949  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0446  exodeoxyribonuclease III Xth  44.53 
 
 		 258 aa  196  5.000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.255564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  41.57 
 
 		 254 aa  194  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  36.58 
 
 		 256 aa  194  2e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  36.92 
 
 		 256 aa  191  8e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  39.84 
 
 		 254 aa  189  4e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  40.55 
 
 		 258 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2611  exodeoxyribonuclease III Xth  40.16 
 
 		 258 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.458401 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1526  exodeoxyribonuclease III  40.16 
 
 		 258 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541899  normal  0.12165 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1478  exodeoxyribonuclease III Xth  39.37 
 
 		 258 aa  186  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1297  exodeoxyribonuclease III  38.06 
 
 		 275 aa  185  9e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.295102  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2163  exodeoxyribonuclease III Xth  40.16 
 
 		 258 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1126  exodeoxyribonuclease III Xth  39.76 
 
 		 272 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00222533  normal  0.38819 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0172  exodeoxyribonuclease III  36.47 
 
 		 255 aa  183  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000298085 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2331  exodeoxyribonuclease III Xth  36.88 
 
 		 265 aa  183  3e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  39.37 
 
 		 258 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5932  exodeoxyribonuclease III (xth)  39.76 
 
 		 258 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342329  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2145  exodeoxyribonuclease III Xth  39.76 
 
 		 258 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  38.61 
 
 		 254 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0357  exodeoxyribonuclease III Xth  40.15 
 
 		 257 aa  181  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.462834  normal  0.596536 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0178  exodeoxyribonuclease III  40.15 
 
 		 257 aa  181  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  41.02 
 
 		 254 aa  180  2.9999999999999997e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.616331  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  37.98 
 
 		 322 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>