More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4746 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_0237  AMP-dependent synthetase and ligase  61.4 
 
 		 602 aa  655    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0280787 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2153  AMP-dependent synthetase and ligase  59.3 
 
 		 591 aa  709    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0250663 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1823  AMP-dependent synthetase and ligase  57.34 
 
 		 590 aa  645    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal  0.0118022 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4042  AMP-dependent synthetase and ligase  75.92 
 
 		 582 aa  879    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  61.4 
 
 		 570 aa  706    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4746  putative o-succinylbenzoate--CoA synthetase  100 
 
 		 601 aa  1233    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0885272 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0558  AMP-dependent synthetase and ligase  54.1 
 
 		 584 aa  629  1e-179  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2654  AMP-dependent synthetase and ligase  54.75 
 
 		 587 aa  620  1e-176  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2032  AMP-dependent synthetase and ligase  50.62 
 
 		 551 aa  546  1e-154  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.367958 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6078  AMP-dependent synthetase and ligase  50.71 
 
 		 553 aa  543  1e-153  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.225727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0775  AMP-dependent synthetase and ligase  45.45 
 
 		 583 aa  473  1e-132  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3399  AMP-dependent synthetase and ligase  43.19 
 
 		 574 aa  441  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00771865 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1650  AMP-dependent synthetase and ligase  37.82 
 
 		 571 aa  362  1e-98  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.67945  normal  0.887385 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0681  AMP-dependent synthetase and ligase  37.69 
 
 		 570 aa  345  1e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.577585  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE01100  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  35.29 
 
 		 644 aa  342  1e-92  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0489  AMP-dependent synthetase and ligase  36.81 
 
 		 569 aa  341  2e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.248205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3598  AMP-dependent synthetase and ligase  37.89 
 
 		 578 aa  338  1.9999999999999998e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.158457  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  37.76 
 
 		 512 aa  325  1e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  37.38 
 
 		 521 aa  319  9e-86  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2124  AMP-dependent synthetase and ligase  33.51 
 
 		 565 aa  310  5.9999999999999995e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.370117  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3492  AMP-dependent synthetase and ligase  35.83 
 
 		 555 aa  307  3e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.117017  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  39.85 
 
 		 499 aa  303  5.000000000000001e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 		 539 aa  298  3e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 553 aa  293  7e-78  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.59 
 
 		 582 aa  291  2e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.35 
 
 		 563 aa  290  4e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  39.05 
 
 		 506 aa  290  4e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.53 
 
 		 561 aa  290  5.0000000000000004e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.53 
 
 		 561 aa  289  8e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.17 
 
 		 563 aa  289  9e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.48 
 
 		 561 aa  288  2e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.17 
 
 		 563 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.17 
 
 		 563 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  33.7 
 
 		 549 aa  286  5.999999999999999e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.17 
 
 		 582 aa  286  7e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.41 
 
 		 561 aa  286  8e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  34.26 
 
 		 523 aa  285  2.0000000000000002e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  34.07 
 
 		 552 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  34.92 
 
 		 520 aa  284  3.0000000000000004e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 		 557 aa  283  6.000000000000001e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  33.09 
 
 		 549 aa  283  6.000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  36.04 
 
 		 559 aa  281  3e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 		 506 aa  281  3e-74  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1261  AMP-dependent synthetase and ligase  33.85 
 
 		 546 aa  280  5e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0532703  hitchhiker  0.000000308481 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3960  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 		 523 aa  280  8e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.454538  normal  0.0173498 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  35.5 
 
 		 566 aa  279  9e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1389  AMP-binding domain protein  34.13 
 
 		 549 aa  279  1e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000722424  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  35.54 
 
 		 525 aa  279  1e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  35.04 
 
 		 544 aa  279  1e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4020  AMP-dependent synthetase and ligase  35.29 
 
 		 523 aa  278  2e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.165206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3946  AMP-dependent synthetase and ligase  35.29 
 
 		 523 aa  278  2e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0403  AMP-binding domain protein  32.41 
 
 		 550 aa  277  3e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.493287  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  33.58 
 
 		 552 aa  276  5e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  36.69 
 
 		 515 aa  276  6e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  33.96 
 
 		 516 aa  276  7e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2675  AMP-dependent synthetase and ligase  37.07 
 
 		 501 aa  276  8e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  36.06 
 
 		 549 aa  275  1.0000000000000001e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 569 aa  275  1.0000000000000001e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 		 508 aa  275  2.0000000000000002e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.05 
 
 		 526 aa  273  6e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1818  AMP-dependent synthetase and ligase  34.38 
 
 		 563 aa  273  8.000000000000001e-72  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.122494  normal  0.361334 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2692  AMP-binding domain protein  33.33 
 
 		 552 aa  273  8.000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.262026  normal  0.421392 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  36.25 
 
 		 565 aa  272  1e-71  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.97 
 
 		 513 aa  272  2e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.84 
 
 		 525 aa  271  2e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.53 
 
 		 529 aa  271  2e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3124  AMP-dependent synthetase and ligase  33.97 
 
 		 545 aa  271  2.9999999999999997e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.45 
 
 		 561 aa  271  2.9999999999999997e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  36.25 
 
 		 521 aa  270  4e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.72 
 
 		 514 aa  270  4e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.85 
 
 		 526 aa  269  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0663  AMP-binding domain protein  33.52 
 
 		 547 aa  269  1e-70  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.390649  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2607  AMP-binding domain protein  35.02 
 
 		 570 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  37.86 
 
 		 508 aa  269  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3025  AMP-binding domain protein  35.08 
 
 		 576 aa  268  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2479  acyl-CoA synthetase  34.9 
 
 		 557 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.282098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1862  AMP-dependent synthetase and ligase  32.85 
 
 		 554 aa  268  2.9999999999999995e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000194856  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  33.64 
 
 		 576 aa  268  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 		 500 aa  267  4e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  36.75 
 
 		 521 aa  267  5e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2941  acyl-CoA synthetase  34.78 
 
 		 557 aa  267  5e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.581775  normal  0.0544542 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0582  AMP-binding domain protein  34.53 
 
 		 587 aa  267  5e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.44238  normal  0.647319 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.25 
 
 		 579 aa  267  5e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3458  acyl-CoA synthetase  34.94 
 
 		 562 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1180  hypothetical protein  34.11 
 
 		 544 aa  266  5.999999999999999e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  37.45 
 
 		 505 aa  266  5.999999999999999e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22810  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  37.66 
 
 		 500 aa  266  1e-69  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1963  AMP-binding domain protein  32.6 
 
 		 560 aa  265  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.17114  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2646  AMP-binding domain protein  34.66 
 
 		 570 aa  265  2e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2721  AMP-binding domain protein  34.66 
 
 		 570 aa  265  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.443793  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  36.29 
 
 		 508 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1739  AMP-binding domain protein  34.66 
 
 		 570 aa  265  2e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.184325  hitchhiker  0.00142918 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2475  AMP-binding domain protein  33.92 
 
 		 574 aa  265  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0776889  normal  0.707205 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3009  AMP-binding domain protein  34.52 
 
 		 546 aa  264  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3108  AMP-binding domain protein  34.59 
 
 		 546 aa  264  3e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.580008  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1442  AMP-binding domain protein  33.15 
 
 		 550 aa  264  4e-69  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.684137  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2311  acyl-CoA synthetase  34.27 
 
 		 557 aa  264  4e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  34.87 
 
 		 490 aa  263  4.999999999999999e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3550  AMP-dependent synthetase and ligase  34.42 
 
 		 520 aa  264  4.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  36.79 
 
 		 577 aa  263  4.999999999999999e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>