More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4719 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4719  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
255 aa  513  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4881  AraC family transcriptional regulator  62.86 
 
 
263 aa  310  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000645238  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  45.82 
 
 
255 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 
255 aa  195  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  45 
 
 
255 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  44.96 
 
 
255 aa  192  6e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  43.72 
 
 
257 aa  191  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2262  AraC family transcriptional regulator  45.35 
 
 
257 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.302077  normal  0.0338598 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3735  AraC family transcriptional regulator  45.31 
 
 
255 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.724419  normal  0.587123 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3690  AraC family transcriptional regulator  45.17 
 
 
257 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.278242 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4528  AraC family transcriptional regulator  45.17 
 
 
257 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5558  AraC family transcriptional regulator  45.31 
 
 
255 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3835  AraC family transcriptional regulator  45.17 
 
 
257 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0110424  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4906  AraC family transcriptional regulator  46.51 
 
 
256 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.209639  hitchhiker  0.0012176 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2872  AraC family transcriptional regulator  43.78 
 
 
259 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6833  transcriptional regulator, AraC family  42.97 
 
 
259 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.540277 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1474  AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 
254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.705391  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22580  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 
254 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000567306  hitchhiker  0.000118862 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1906  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
254 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3800  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 
257 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000600898 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4017  AraC family transcriptional regulator  32.68 
 
 
255 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00173287 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1400  helix-turn-helix domain-containing protein  31.35 
 
 
255 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113749  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4511  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 
255 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0764519  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0083  transcriptional regulator, AraC family  33.62 
 
 
240 aa  99  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 
249 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  26.58 
 
 
257 aa  95.9  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0091  transcriptional regulator, AraC family  33.76 
 
 
240 aa  95.5  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.994797 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001016  transcriptional regulator AraC/XylS family  27.2 
 
 
270 aa  92.8  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0540486  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0168  AraC/XylS family transcriptional regulator  26.5 
 
 
287 aa  92  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000293268  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  32.22 
 
 
250 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0820  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  24.79 
 
 
259 aa  90.5  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1820  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 
248 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.167781  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  32.37 
 
 
250 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07095  hypothetical protein  25.94 
 
 
270 aa  86.7  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 
263 aa  85.5  8e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0234  transcription regulator protein  31.4 
 
 
248 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.942813 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3309  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 
239 aa  79  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4042  helix-turn-helix domain-containing protein  31.25 
 
 
263 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6428  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 
243 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.980502 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6085  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 
243 aa  76.3  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0923  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 
327 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.139126  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 
322 aa  75.1  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1153  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 
325 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2981  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183926  normal  0.873527 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0088  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 
327 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90451  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2251  AraC family transcription regulator  26.88 
 
 
390 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1528  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 
325 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.836546  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1008  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 
325 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.351707  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 
354 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4319  AraC family transcriptional regulator  42.57 
 
 
324 aa  73.2  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2599  AraC family transcriptional regulator  36.21 
 
 
315 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.39443 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  22.62 
 
 
285 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  26.83 
 
 
300 aa  72.4  0.000000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1861  helix-turn-helix domain-containing protein  27.78 
 
 
259 aa  72  0.000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0711253  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1054  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 
311 aa  71.6  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.597722 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5491  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 
320 aa  71.2  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1083  AraC family transcriptional regulator  33.86 
 
 
314 aa  71.6  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3696  helix-turn-helix domain-containing protein  37.89 
 
 
188 aa  71.2  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0625  transcription regulator protein  36.21 
 
 
321 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  39.33 
 
 
291 aa  70.5  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1506  helix-turn-helix domain-containing protein  24.8 
 
 
240 aa  71.2  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4375  AraC-like transcriptional regulator  36.21 
 
 
312 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2739  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 
307 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2748  AraC family transcriptional regulator  23.17 
 
 
275 aa  70.5  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195621  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0628  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 
319 aa  69.7  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.000338841  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1745  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 
331 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334108  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3759  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 
320 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.831602  hitchhiker  0.00901781 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1747  transcriptional regulator, AraC family  27.83 
 
 
231 aa  69.3  0.00000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.49476  normal  0.0537138 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3606  AraC-like transcriptional regulator  37.08 
 
 
295 aa  68.6  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1820  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 
284 aa  68.2  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0193  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  29.19 
 
 
305 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  29.2 
 
 
329 aa  67.8  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  37.72 
 
 
318 aa  67.4  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001029  transcriptional regulator  35.35 
 
 
307 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4229  transcriptional regulator  41.24 
 
 
312 aa  67.8  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  40.86 
 
 
306 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  40.86 
 
 
306 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2576  AraC-like transcriptional regulator  32.58 
 
 
313 aa  66.6  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.289552 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 
188 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0773  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3397  transcriptional regulator, AraC family  35.34 
 
 
311 aa  66.2  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.973047  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0877  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 
298 aa  66.2  0.0000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000000157744  decreased coverage  0.000000000198967 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1890  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 
310 aa  66.2  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  30.43 
 
 
330 aa  66.2  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2474  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 
310 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.446232  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4465  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 
309 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320825  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  41.3 
 
 
303 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.78 
 
 
164 aa  65.5  0.0000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0910  helix-turn-helix, AraC type  26.03 
 
 
243 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0115  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 
306 aa  65.5  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3538  transcriptional regulator, AraC family  33.62 
 
 
314 aa  65.5  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 
303 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 
306 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3127  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 
312 aa  65.1  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 
350 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 
318 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 
299 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 
332 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 
332 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  37 
 
 
295 aa  64.7  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>