131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4670 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4670  hydrogenase subunit C  100 
 
 
315 aa  618  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112602  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0917  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  85.62 
 
 
315 aa  538  9.999999999999999e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6066  formate hydrogenlyase subunit 4  78.06 
 
 
316 aa  489  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.214804  hitchhiker  0.000633847 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3291  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  80.83 
 
 
316 aa  484  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0328  formate hydrogenlyase subunit 4  77.74 
 
 
316 aa  481  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.346135  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0110  formate hydrogenlyase subunit 4  77.64 
 
 
975 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1262  formate hydrogenlyase subunit 4  78.27 
 
 
316 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.583518  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0178  formate hydrogenlyase subunit 4  78.71 
 
 
316 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1616  putative hydrogenase, membrane subunit  77.64 
 
 
316 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1531  putative hydrogenase, membrane subunit  77.64 
 
 
316 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1808  formate hydrogenlyase membrane subunit HyfD  58.06 
 
 
313 aa  323  2e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.63651  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2150  hydrogenase-4, C subunit  58.06 
 
 
313 aa  323  2e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1141  hydrogenase subunit  49.67 
 
 
312 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.887658  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3854  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  50 
 
 
316 aa  272  6e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1261  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  47.78 
 
 
316 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0930  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  48.64 
 
 
316 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150795  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2475  NADH dehydrogenase  47.22 
 
 
318 aa  262  4.999999999999999e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.636409 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0167  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  48.97 
 
 
317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440005  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1397  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  43.84 
 
 
318 aa  223  2e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2461  hydrogenase, membrane subunit 3-like protein (EchB-like)  44.07 
 
 
314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.823728 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0702  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  37.79 
 
 
311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.249973  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1306  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  36.6 
 
 
305 aa  204  1e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4704  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  42.76 
 
 
307 aa  199  6e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2986  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  40.67 
 
 
316 aa  195  7e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.045877  hitchhiker  0.00511814 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10085  formate hydrogenlyase hycD  40.88 
 
 
316 aa  191  2e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314852  normal  0.333416 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1690  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.94 
 
 
312 aa  189  7e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.178697  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0792  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  39.32 
 
 
299 aa  186  5e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1126  formate hydrogenlyase subunit 4  33.65 
 
 
313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.519574  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4287  hydrogenase, membrane subunit 3-like protein (EchB-like)  36.61 
 
 
328 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00137692  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2190  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  35.4 
 
 
313 aa  172  5e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.552986 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02572  hydrogenase 3, membrane subunit  34.23 
 
 
307 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533076  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02537  hypothetical protein  34.23 
 
 
307 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.478077  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0967  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  34.23 
 
 
307 aa  165  9e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2858  formate hydrogenlyase, subunit D  34.23 
 
 
307 aa  165  9e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3010  formate hydrogenlyase, subunit D  34.23 
 
 
307 aa  165  9e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0990  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  34.23 
 
 
307 aa  165  9e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0456069 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2847  formate hydrogenlyase, subunit D  34.23 
 
 
307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.115372 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3973  formate hydrogenlyase, subunit D  34.23 
 
 
307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3154  formate hydrogenlyase, subunit D  33.89 
 
 
307 aa  164  3e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2971  formate hydrogenlyase, subunit D  34.63 
 
 
307 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4468  putative formate hydrogenlyase HycD (FHL)  40.62 
 
 
316 aa  161  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3053  formate hydrogenlyase subunit D  34.28 
 
 
307 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.190103 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3037  formate hydrogenlyase subunit D  34.28 
 
 
307 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000217312 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3002  formate hydrogenlyase subunit D  34.28 
 
 
307 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00604695 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3160  formate hydrogenlyase, subunit D  34.28 
 
 
307 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.184477 
 
 
-
 
NC_002936  DET1574  hydrogenase, HycD subunit, putative  32.81 
 
 
313 aa  157  2e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1452  hydrogenase, HycD subunit  33.01 
 
 
316 aa  157  2e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1793  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33.87 
 
 
314 aa  156  3e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.116687  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1320  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  32.81 
 
 
313 aa  156  4e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0603  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  33.33 
 
 
317 aa  155  7e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.47269  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3195  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.81 
 
 
307 aa  151  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2709  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  32.62 
 
 
315 aa  149  6e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1070  NAD-dependent dehydrogenase subunit  32.57 
 
 
302 aa  149  6e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.36021e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3191  NAD-dependent dehydrogenase subunit  32.25 
 
 
302 aa  149  8e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20554  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0374  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.75 
 
 
302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00620608  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0337  NAD-dependent dehydrogenase subunit  34.23 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.419633  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0891  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  35.31 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3277  NAD-dependent dehydrogenase subunit  39.21 
 
 
308 aa  145  6e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2600  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.68 
 
 
302 aa  145  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3656  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.1 
 
 
302 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0153222  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1284  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  35.42 
 
 
315 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0584834  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3797  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.04 
 
 
302 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.492003  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3714  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.04 
 
 
302 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1821  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.38 
 
 
313 aa  139  4.999999999999999e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000380647  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0942  hydrogenase, component C-formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  30.65 
 
 
304 aa  138  1e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.121502  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1996  formate hydrogenlyase subunit 4 (HycD)  30.92 
 
 
317 aa  137  2e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.503426  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3782  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.72 
 
 
303 aa  136  4e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0166339  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2431  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  32.52 
 
 
311 aa  135  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0740  NAD-dependent dehydrogenase subunit  32.53 
 
 
302 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.618786  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2557  NAD-dependent dehydrogenase subunit  32.2 
 
 
303 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00950  formate hydrogenlyase subunit 4  31.23 
 
 
309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3433  hypothetical protein  38.36 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.845767  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3214  hypothetical protein  38.36 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.97087  normal  0.0411002 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0731  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.67 
 
 
320 aa  126  6e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0127528  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1432  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  28.43 
 
 
313 aa  124  3e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1186  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33.2 
 
 
315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2616  hydrogenase-4 component C  33.2 
 
 
315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3705  hydrogenase-4 component C  33.2 
 
 
315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.438396  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0778  formate hydrogenlyase subunit 4 (HycD)  27.33 
 
 
319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.24219  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2855  hydrogenase-4 component C  33.47 
 
 
314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2619  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.43 
 
 
301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0721168  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2765  hydrogenase-4 component C  33.05 
 
 
314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1913  hypothetical protein  30.2 
 
 
306 aa  113  5e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0777  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.56 
 
 
313 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.289576  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0131  hydrogenase-4 component C  29.67 
 
 
306 aa  108  1e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.103807  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1790  hydrogenase-4 component C  29.67 
 
 
306 aa  107  2e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00154252  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2630  hydrogenase-4 component C  32.93 
 
 
315 aa  103  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1863  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.36 
 
 
308 aa  101  1e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0153018  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0187  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.58 
 
 
312 aa  101  2e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2457  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.2 
 
 
349 aa  100  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.112935  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2785  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.65 
 
 
303 aa  98.2  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2793  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.65 
 
 
303 aa  98.2  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4574  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.83 
 
 
312 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0317  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.87 
 
 
300 aa  92  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.460489  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2591  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.68 
 
 
343 aa  78.6  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3193  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  29.96 
 
 
332 aa  75.5  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1881  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  29.06 
 
 
323 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1421  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  28.16 
 
 
323 aa  68.9  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245548  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3523  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27 
 
 
313 aa  68.6  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0960  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  25 
 
 
333 aa  68.6  0.0000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.298865  normal  0.545007 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>