More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4547 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  100 
 
 		 385 aa  781    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  56.41 
 
 		 389 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  57 
 
 		 392 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  57 
 
 		 392 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  42.58 
 
 		 387 aa  276  3e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  42.42 
 
 		 367 aa  276  4e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  43.07 
 
 		 398 aa  266  5e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  40.64 
 
 		 393 aa  255  8e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  40.19 
 
 		 388 aa  252  6e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  41.29 
 
 		 378 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  39.95 
 
 		 387 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  41.18 
 
 		 386 aa  248  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  39.27 
 
 		 386 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  40.24 
 
 		 387 aa  243  6e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  39.9 
 
 		 391 aa  239  8e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  40.97 
 
 		 362 aa  232  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  36.62 
 
 		 379 aa  232  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  39.61 
 
 		 384 aa  229  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  39.71 
 
 		 382 aa  225  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  40.41 
 
 		 368 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  40.1 
 
 		 381 aa  223  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  37.53 
 
 		 357 aa  222  9e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  40.2 
 
 		 374 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  38.48 
 
 		 379 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  38.79 
 
 		 371 aa  212  7.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  38.42 
 
 		 381 aa  210  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  37.47 
 
 		 379 aa  207  4e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  35.59 
 
 		 362 aa  206  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  38.74 
 
 		 402 aa  205  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  38.04 
 
 		 368 aa  205  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  37.91 
 
 		 386 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  37.91 
 
 		 386 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  35.96 
 
 		 356 aa  196  7e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  35.93 
 
 		 354 aa  196  8.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  36.29 
 
 		 355 aa  192  7e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  36.19 
 
 		 401 aa  191  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  35.53 
 
 		 355 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  35.53 
 
 		 355 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  36.11 
 
 		 377 aa  186  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  33.77 
 
 		 355 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  35.71 
 
 		 352 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  35.24 
 
 		 367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  34.01 
 
 		 354 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  35.64 
 
 		 350 aa  179  9e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  34.94 
 
 		 361 aa  176  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2230  putative outer membrane porin  35.03 
 
 		 359 aa  176  7e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.856101  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1952  putative outer membrane porin  35.03 
 
 		 359 aa  176  7e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.832177  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1256  putative outer membrane porin  35.03 
 
 		 359 aa  176  7e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0969  putative outer membrane porin  35.03 
 
 		 359 aa  176  7e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.449227  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  35.28 
 
 		 353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  32.27 
 
 		 363 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  32.91 
 
 		 367 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  33.09 
 
 		 376 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  32.78 
 
 		 379 aa  173  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  35.84 
 
 		 358 aa  173  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  32.93 
 
 		 376 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  32.85 
 
 		 376 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1274  porin  34.52 
 
 		 359 aa  169  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.688217  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2917  outer membrane porin  34.52 
 
 		 359 aa  169  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  32.28 
 
 		 413 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  33.01 
 
 		 377 aa  168  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  31.67 
 
 		 358 aa  168  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  33.01 
 
 		 377 aa  168  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  33.01 
 
 		 377 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  33.17 
 
 		 378 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  33.01 
 
 		 377 aa  168  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  33.01 
 
 		 377 aa  168  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  33.01 
 
 		 377 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  33.01 
 
 		 377 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3041  outer membrane porin  35.39 
 
 		 359 aa  166  8e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  33.25 
 
 		 360 aa  166  9e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  34.26 
 
 		 352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  34.14 
 
 		 353 aa  164  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  32.48 
 
 		 449 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  32.99 
 
 		 363 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  32.99 
 
 		 363 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  32.99 
 
 		 363 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  32.74 
 
 		 363 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  32.74 
 
 		 363 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2803  outer membrane protein (porin)  34.79 
 
 		 387 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0760601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  31.55 
 
 		 354 aa  159  8e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  31.55 
 
 		 354 aa  159  8e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2192  OmpC family outer membrane porin  35.41 
 
 		 387 aa  159  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.711966 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  32.64 
 
 		 353 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  33.83 
 
 		 383 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  35.27 
 
 		 384 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  33.66 
 
 		 365 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  33.94 
 
 		 351 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  35.97 
 
 		 383 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  35.39 
 
 		 386 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0181  outer membrane protein (porin)  33.49 
 
 		 385 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5535  porin Gram-negative type  33.07 
 
 		 391 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.438233 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  32.49 
 
 		 363 aa  155  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  35.9 
 
 		 384 aa  155  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  33.25 
 
 		 386 aa  153  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  31.8 
 
 		 373 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  31.8 
 
 		 373 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  31.8 
 
 		 373 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  29.56 
 
 		 357 aa  152  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2236  porin  33.33 
 
 		 359 aa  152  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>